转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 14 / 152 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001000 Chr06 NC_080392.1:9900871-9900889promoter 内 1670-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 9895619-9898558(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCAAAAATGGAAAAAA
SmilChr06G001686 Chr06 NC_080392.1:19176450-19176468promoter 内 1343-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 19171732-19173810(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGACA
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61274833-61274851promoter 内 1339-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 61266207-61272189(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr03G003827 Chr03 NC_080389.1:57375825-57375843promoter 内 1016-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 57378810-57384068(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr01G000135 Chr01 NC_080387.1:2281966-2281984promoter 内 316-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 2285651-2289043(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G002712 Chr02 NC_080388.1:46967686-46967704promoter 内 3876-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46967811-46970940(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr04G000409 Chr04 NC_080390.1:4279254-4279272promoter 内 3710-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4279545-4284572(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr01G005744 Chr01 NC_080387.1:73538744-73538762promoter 内 3701-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 73539044-73541642(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr01G005823 Chr01 NC_080387.1:74236076-74236094promoter 内 3666-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74231108-74235759(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr03G000592 Chr03 NC_080389.1:6586259-6586277promoter 内 3409-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 6583413-6585685(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr05G000939 Chr05 NC_080391.1:7561672-7561690promoter 内 3385-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 7562288-7564893(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr04G000800 Chr04 NC_080390.1:9883830-9883848promoter 内 3197-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9884634-9888506(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCAAAAATGGAAAAAA
SmilChr02G001343 Chr02 NC_080388.1:25000612-25000630promoter 内 3179-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 25001434-25004211(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr03G004619 Chr03 NC_080389.1:63894741-63894759promoter 内 3102-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 63895640-63897794(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr03G000491 Chr03 NC_080389.1:5261920-5261938promoter 内 2581-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5263340-5269150(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGACA
SmilChr01G003310 Chr01 NC_080387.1:51790656-51790674promoter 内 2573-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51785927-51789246(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr02G002711 Chr02 NC_080388.1:46967686-46967704promoter 内 1980-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46963126-46965683(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr05G000200 Chr05 NC_080391.1:1603609-1603627promoter 内 1882-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1599040-1601508(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr01G000410 Chr01 NC_080387.1:8347197-8347215promoter 内 1731-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 8341498-8344945(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G001342 Chr02 NC_080388.1:25000612-25000630promoter 内 1412-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 24995595-24998041(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr05G000403 Chr05 NC_080391.1:3043086-3043104promoter 内 1397-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 3039895-3040500(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr01G001040 Chr01 NC_080387.1:21633542-21633560promoter 内 1389-1407 bp - 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 21636154-21637788(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr02G002661 Chr02 NC_080388.1:46084456-46084474promoter 内 1032-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46070906-46081505(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr05G000202 Chr05 NC_080391.1:1603609-1603627promoter 内 1015-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1606595-1610064(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr05G002583 Chr05 NC_080391.1:29051577-29051595promoter 内 656-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 29044329-29048250(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G000396 Chr04 NC_080390.1:4103339-4103357promoter 内 248-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4107092-4109949(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr04G004018 Chr04 NC_080390.1:55439061-55439079promoter 内 135-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 55434285-55435213(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr01G003233 Chr01 NC_080387.1:51093706-51093724promoter 内 54-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51097653-51101873(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGCCAAAAAAGGAAACGT
SmilChr02G002825 Chr02 NC_080388.1:48355126-48355144promoter 内 3734-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 48355393-48357723(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTTTTCCTTTTTTGGGAA
SmilChr01G005467 Chr01 NC_080387.1:71662838-71662856promoter 内 2463-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 71658518-71661318(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AACTTTCCTTTTTTGGGAA
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48355126-48355144promoter 内 1862-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 48351833-48353005(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCCCAAAAAAGGAAAAGA
SmilChr06G001233 Chr06 NC_080392.1:12726326-12726344promoter 内 2728-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 12719820-12725071(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GCGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G001463 Chr04 NC_080390.1:24047769-24047787promoter 内 1843-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 24049927-24051291(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G002993 Chr04 NC_080390.1:46347114-46347132promoter 内 2411-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46348704-46355265(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G003731 Chr02 NC_080388.1:58951366-58951384promoter 内 772-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58942849-58948155(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACCAAAAAAGGAAAATG
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