转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 14 / 131 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000784 Chr02 NC_080388.1:12889403-12889412promoter 内 227-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 12884119-12885638(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24829361-24829370promoter 内 189-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 24816330-24825558(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G003066 Chr01 NC_080387.1:49510983-49510992promoter 内 151-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 49505497-49507142(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G001270 Chr02 NC_080388.1:23257673-23257682promoter 内 3928-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23248477-23257609(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G003495 Chr02 NC_080388.1:56178080-56178089promoter 内 3875-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 56171950-56177963(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51458759-51458768promoter 内 3859-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62162606-62162615promoter 内 3807-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 62160552-62162421(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26823340-26823349promoter 内 3732-3741 bp - 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G003714 Chr01 NC_080387.1:55481211-55481220promoter 内 3409-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 55481803-55486554(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G003508 Chr02 NC_080388.1:56269695-56269704promoter 内 3375-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 56265476-56269078(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr02G000670 Chr02 NC_080388.1:10339263-10339272promoter 内 3272-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 10339992-10340971(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr01G001442 Chr01 NC_080387.1:28109736-28109745promoter 内 3252-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 28102489-28108996(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACA
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54299365-54299374promoter 内 3214-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 54300152-54302260(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G001765 Chr01 NC_080387.1:32444554-32444563promoter 内 3190-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 32445365-32445886(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60181906-60181915promoter 内 3045-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr02G003381 Chr02 NC_080388.1:54926623-54926632promoter 内 2937-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 54927687-54930592(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACA
SmilChr02G005209 Chr02 NC_080388.1:73321284-73321293promoter 内 2774-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 73322511-73325373(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G001512 Chr01 NC_080387.1:28949694-28949703promoter 内 2761-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 28946670-28948463(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr02G001551 Chr02 NC_080388.1:28796171-28796180promoter 内 2696-2705 bp + 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 28792844-28794875(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042287-59042296promoter 内 2598-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACA
SmilChr01G005014 Chr01 NC_080387.1:68155191-68155200promoter 内 2505-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 68147387-68153704(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24508796-24508805promoter 内 2278-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 24490718-24507082(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G000108 Chr01 NC_080387.1:1850849-1850858promoter 内 2185-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 1852665-1854729(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G003630 Chr02 NC_080388.1:57643812-57643821promoter 内 2184-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 57636422-57642004(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64781277-64781286promoter 内 2131-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 64783147-64783219(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7728322-7728331promoter 内 2115-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28804670-28804679promoter 内 2071-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 28806600-28807767(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G004402 Chr01 NC_080387.1:62134560-62134569promoter 内 2024-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 62136537-62138406(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAACA
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31815093-31815102promoter 内 1983-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 31817111-31822515(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23831625-23831634promoter 内 1881-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23827198-23829514(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr02G002602 Chr02 NC_080388.1:45153570-45153579promoter 内 1840-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45155731-45157723(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G004698 Chr01 NC_080387.1:65077952-65077961promoter 内 1773-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 65080180-65085224(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr01G004917 Chr01 NC_080387.1:67260906-67260915promoter 内 1758-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 67256752-67258672(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
SmilChr01G003131 Chr01 NC_080387.1:50143589-50143598promoter 内 1710-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 50137159-50141307(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGTTGTCGGC
SmilChr03G000283 Chr03 NC_080389.1:3220765-3220774promoter 内 1646-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3217644-3218419(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGGT
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32956581-32956590promoter 内 1613-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 32958969-32964067(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAAAA
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