靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00003923-RA_Salv |
SmilChr05G001980 |
ARF | XP_057766076.1 |
MP00153 |
GCCGACAAAA |
9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 14 / 131 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000784 |
Chr02 | NC_080388.1:12889403-12889412promoter 内 227-236 bp |
+ | 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 2 | 12884119-12885638(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr01G001241 |
Chr01 | NC_080387.1:24829361-24829370promoter 内 189-198 bp |
+ | 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 2 | 24816330-24825558(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G003066 |
Chr01 | NC_080387.1:49510983-49510992promoter 内 151-160 bp |
- | 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 2 | 49505497-49507142(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G001270 |
Chr02 | NC_080388.1:23257673-23257682promoter 内 3928-3937 bp |
- | 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 23248477-23257609(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G003495 |
Chr02 | NC_080388.1:56178080-56178089promoter 内 3875-3884 bp |
- | 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 56171950-56177963(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G003274 |
Chr01 | NC_080387.1:51458759-51458768promoter 内 3859-3868 bp |
+ | 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 51453792-51458626(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G004406 |
Chr01 | NC_080387.1:62162606-62162615promoter 内 3807-3816 bp |
- | 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 62160552-62162421(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G001421 |
Chr02 | NC_080388.1:26823340-26823349promoter 内 3732-3741 bp |
- | 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 26821704-26823080(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G003714 |
Chr01 | NC_080387.1:55481211-55481220promoter 内 3409-3418 bp |
+ | 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 55481803-55486554(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G003508 |
Chr02 | NC_080388.1:56269695-56269704promoter 内 3375-3384 bp |
+ | 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 56265476-56269078(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr02G000670 |
Chr02 | NC_080388.1:10339263-10339272promoter 内 3272-3281 bp |
- | 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 10339992-10340971(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr01G001442 |
Chr01 | NC_080387.1:28109736-28109745promoter 内 3252-3261 bp |
- | 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 28102489-28108996(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAACA |
SmilChr01G003574 |
Chr01 | NC_080387.1:54299365-54299374promoter 内 3214-3223 bp |
+ | 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 54300152-54302260(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G001765 |
Chr01 | NC_080387.1:32444554-32444563promoter 内 3190-3199 bp |
- | 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 32445365-32445886(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr01G004168 |
Chr01 | NC_080387.1:60181906-60181915promoter 内 3045-3054 bp |
- | 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 60182862-60184442(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr02G003381 |
Chr02 | NC_080388.1:54926623-54926632promoter 内 2937-2946 bp |
+ | 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 54927687-54930592(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAACA |
SmilChr02G005209 |
Chr02 | NC_080388.1:73321284-73321293promoter 内 2774-2783 bp |
- | 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 73322511-73325373(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G001512 |
Chr01 | NC_080387.1:28949694-28949703promoter 内 2761-2770 bp |
+ | 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 28946670-28948463(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr02G001551 |
Chr02 | NC_080388.1:28796171-28796180promoter 内 2696-2705 bp |
+ | 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 28792844-28794875(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G004062 |
Chr01 | NC_080387.1:59042287-59042296promoter 内 2598-2607 bp |
- | 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 59040510-59040893(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAACA |
SmilChr01G005014 |
Chr01 | NC_080387.1:68155191-68155200promoter 内 2505-2514 bp |
- | 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 68147387-68153704(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G001222 |
Chr01 | NC_080387.1:24508796-24508805promoter 内 2278-2287 bp |
- | 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 24490718-24507082(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G000108 |
Chr01 | NC_080387.1:1850849-1850858promoter 内 2185-2194 bp |
+ | 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 1852665-1854729(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G003630 |
Chr02 | NC_080388.1:57643812-57643821promoter 内 2184-2193 bp |
+ | 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 57636422-57642004(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr02G004257 |
Chr02 | NC_080388.1:64781277-64781286promoter 内 2131-2140 bp |
+ | 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 64783147-64783219(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr03G000692 |
Chr03 | NC_080389.1:7728322-7728331promoter 内 2115-2124 bp |
+ | 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 7730208-7731614(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G001552 |
Chr02 | NC_080388.1:28804670-28804679promoter 内 2071-2080 bp |
+ | 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 28806600-28807767(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G004402 |
Chr01 | NC_080387.1:62134560-62134569promoter 内 2024-2033 bp |
+ | 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 62136537-62138406(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAACA |
SmilChr01G001727 |
Chr01 | NC_080387.1:31815093-31815102promoter 内 1983-1992 bp |
+ | 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 31817111-31822515(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G001178 |
Chr01 | NC_080387.1:23831625-23831634promoter 内 1881-1890 bp |
+ | 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 23827198-23829514(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr02G002602 |
Chr02 | NC_080388.1:45153570-45153579promoter 内 1840-1849 bp |
- | 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 45155731-45157723(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G004698 |
Chr01 | NC_080387.1:65077952-65077961promoter 内 1773-1782 bp |
- | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 65080180-65085224(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr01G004917 |
Chr01 | NC_080387.1:67260906-67260915promoter 内 1758-1767 bp |
- | 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 67256752-67258672(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr01G003131 |
Chr01 | NC_080387.1:50143589-50143598promoter 内 1710-1719 bp |
+ | 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 50137159-50141307(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr03G000283 |
Chr03 | NC_080389.1:3220765-3220774promoter 内 1646-1655 bp |
+ | 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 3217644-3218419(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G001803 |
Chr01 | NC_080387.1:32956581-32956590promoter 内 1613-1622 bp |
+ | 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 32958969-32964067(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G001060 |
Chr02 | NC_080388.1:18839166-18839175promoter 内 1554-1563 bp |
- | 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 18841613-18842665(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr02G001026 |
Chr02 | NC_080388.1:18190257-18190266promoter 内 1516-1525 bp |
- | 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 18186984-18187781(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
SmilChr02G005163 |
Chr02 | NC_080388.1:72964303-72964312promoter 内 1389-1398 bp |
- | 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 72966915-72976046(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
SmilChr01G000288 |
Chr01 | NC_080387.1:5646901-5646910promoter 内 1362-1371 bp |
+ | 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 5649540-5652649(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ACCGACAAAA |
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Chr01 | NC_080387.1:46591104-46591113promoter 内 1258-1267 bp |
+ | 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 46593847-46601851(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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- | 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 75104660-75105923(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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Chr01 | NC_080387.1:24343718-24343727promoter 内 1208-1217 bp |
+ | 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 24346511-24350237(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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- | 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 74981743-74983403(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TTTTGTCGGT |
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SMil_00003923-RA_Salv |
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- | 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 18544204-18546483(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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- | 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 18548055-18550334(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
TGTTGTCGGC |
SmilChr01G003573 |
Chr01 | NC_080387.1:54299365-54299374promoter 内 896-905 bp |
+ | 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 54294405-54296269(-) |
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+ | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 40713249-40717348(+) |
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SmilChr02G005303 |
Chr02 | NC_080388.1:73975102-73975111promoter 内 889-898 bp |
- | 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.1/ 100 | 1 | 73969792-73971999(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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