转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 143 / 149 下载 TSV

上一页 143 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001363 Chr06 NC_080392.1:14197994-14198004promoter 内 660-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14201335-14204306(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr06G002164 Chr06 NC_080392.1:29758879-29758889promoter 内 639-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29762241-29766561(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G001070 Chr02 NC_080388.1:19056084-19056094promoter 内 610-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19059475-19059868(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G002007 Chr03 NC_080389.1:29981268-29981278promoter 内 600-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29974726-29977877(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr03G003295 Chr03 NC_080389.1:51074064-51074074promoter 内 594-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51077471-51078844(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr04G000023 Chr04 NC_080390.1:255490-255500promoter 内 548-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 258943-263908(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr01G000258 Chr01 NC_080387.1:4962677-4962687promoter 内 482-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4955894-4959168(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr05G001855 Chr05 NC_080391.1:18576859-18576869promoter 内 427-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18580433-18581610(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr03G001988 Chr03 NC_080389.1:29135008-29135018promoter 内 426-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29124350-29131443(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63467835-63467845promoter 内 406-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63471430-63473427(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr06G002545 Chr06 NC_080392.1:36518321-36518331promoter 内 268-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36513644-36514598(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr03G001941 Chr03 NC_080389.1:27634010-27634020promoter 内 237-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27621750-27630256(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr01G000920 Chr01 NC_080387.1:19436057-19436067promoter 内 212-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19430555-19432278(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr01G003880 Chr01 NC_080387.1:57136400-57136410promoter 内 172-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57127031-57132581(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr05G000078 Chr05 NC_080391.1:401780-401790promoter 内 153-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 397211-397942(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr07G002400 Chr07 NC_080393.1:22348365-22348375promoter 内 141-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22352225-22353625(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G003032 Chr02 NC_080388.1:51017776-51017786promoter 内 93-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51021684-51024146(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr01G000293 Chr01 NC_080387.1:5734673-5734683promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5738593-5739517(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G002187 Chr03 NC_080389.1:34165883-34165893promoter 内 30-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34160780-34161922(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr04G000591 Chr04 NC_080390.1:6611372-6611382promoter 内 3890-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 6609468-6611271(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr04G002210 Chr04 NC_080390.1:35766513-35766523promoter 内 1557-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 35768957-35769506(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr03G000582 Chr03 NC_080389.1:6493763-6493773promoter 内 3986-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6493778-6499935(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr03G000732 Chr03 NC_080389.1:8223069-8223079promoter 内 3956-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8216955-8223034(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr06G002704 Chr06 NC_080392.1:39022057-39022067promoter 内 3919-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39020807-39021985(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr06G000474 Chr06 NC_080392.1:3858889-3858899promoter 内 3884-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3854849-3858782(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr06G001118 Chr06 NC_080392.1:11253728-11253738promoter 内 3870-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11252518-11253607(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr06G001133 Chr06 NC_080392.1:11377183-11377193promoter 内 3870-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11375973-11377062(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29603493-29603503promoter 内 3798-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29603696-29605036(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT
SmilChr01G002708 Chr01 NC_080387.1:45346616-45346626promoter 内 3749-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45346868-45348686(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3658743-3658753promoter 内 3719-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT
SmilChr03G000140 Chr03 NC_080389.1:1531394-1531404promoter 内 3687-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1531708-1532933(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr03G000120 Chr03 NC_080389.1:1322814-1322824promoter 内 3678-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1302179-1322501(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT
SmilChr05G003991 Chr05 NC_080391.1:53747139-53747149promoter 内 3645-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53745515-53746793(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr01G004555 Chr01 NC_080387.1:63645641-63645651promoter 内 3634-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 63646008-63646901(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr01G003619 Chr01 NC_080387.1:54728764-54728774promoter 内 3579-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54729186-54734505(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr02G005215 Chr02 NC_080388.1:73349744-73349754promoter 内 3427-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73350318-73355226(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr02G002776 Chr02 NC_080388.1:47832358-47832368promoter 内 3354-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47833005-47834022(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68405421-68405431promoter 内 3332-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr05G000283 Chr05 NC_080391.1:2193134-2193144promoter 内 3155-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2188993-2192298(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT
SmilChr06G000518 Chr06 NC_080392.1:4272880-4272890promoter 内 3137-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4273744-4278996(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGC
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1322814-1322824promoter 内 3125-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1323690-1324707(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAG
SmilChr02G002566 Chr02 NC_080388.1:44653124-44653134promoter 内 2991-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44648304-44652124(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr07G001375 Chr07 NC_080393.1:10679462-10679472promoter 内 2978-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10674834-10678449(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr03G002873 Chr03 NC_080389.1:45408166-45408176promoter 内 2963-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45395002-45407138(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr07G000761 Chr07 NC_080393.1:5342575-5342585promoter 内 2879-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5343697-5344548(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr05G001811 Chr05 NC_080391.1:17921998-17922008promoter 内 2838-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17920739-17920845(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr02G003387 Chr02 NC_080388.1:54981474-54981484promoter 内 2825-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54980202-54980308(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr02G003755 Chr02 NC_080388.1:59206681-59206691promoter 内 2825-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59205409-59205515(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr04G000820 Chr04 NC_080390.1:10303957-10303967promoter 内 2825-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10305133-10305239(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr05G001316 Chr05 NC_080391.1:11324978-11324988promoter 内 2816-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11323731-11323803(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAT