转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 146 / 146 下载 TSV

上一页 146 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64347246-64347259promoter 内 2327-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64342311-64345585(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTTTTTGACTTTTC
SmilChr04G001445 Chr04 NC_080390.1:23757328-23757341promoter 内 2326-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23759003-23759087(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATAAGTCAAATGT
SmilChr02G001270 Chr02 NC_080388.1:23259282-23259295promoter 内 2315-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23248477-23257609(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTTTTTGACTTTTC
SmilChr04G003273 Chr04 NC_080390.1:49421718-49421731promoter 内 2184-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49418987-49419914(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGAAGTCAATGTC
SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55432555-55432568promoter 内 2148-2161 bp + 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55434408-55435001(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACGTTGACCACTT
SmilChr02G003425 Chr02 NC_080388.1:55454017-55454030promoter 内 2120-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55455898-55457804(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAAACCT
SmilChr01G001265 Chr01 NC_080387.1:25347628-25347641promoter 内 2066-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 25343733-25345706(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATATAGTCAACATT
SmilChr04G000930 Chr04 NC_080390.1:12125375-12125388promoter 内 2061-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12122498-12123448(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATAAGTCAAATGT
SmilChr02G003041 Chr02 NC_080388.1:51148442-51148455promoter 内 2038-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51150405-51151238(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATTTGACTTATG
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51441894-51441907promoter 内 2002-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51433922-51439908(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTATAT
SmilChr01G003866 Chr01 NC_080387.1:56900518-56900531promoter 内 1976-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56902543-56911371(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTAAGTCAAAGTT
SmilChr02G004598 Chr02 NC_080388.1:68511058-68511071promoter 内 1976-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68500176-68509046(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTAAGTCAAAGTT
SmilChr03G001312 Chr03 NC_080389.1:15399020-15399033promoter 内 1926-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15395343-15396958(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCATGTCAACGTC
SmilChr02G001458 Chr02 NC_080388.1:27267683-27267696promoter 内 1827-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27269857-27271157(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATAAGTCAAATCT
SmilChr02G002496 Chr02 NC_080388.1:43389755-43389768promoter 内 1792-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 43391964-43392782(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAAAAG
SmilChr02G000871 Chr02 NC_080388.1:14999574-14999587promoter 内 1772-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15001803-15003549(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATTTGACTTTGA
SmilChr02G002015 Chr02 NC_080388.1:36310535-36310548promoter 内 1735-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 36306972-36308282(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACGTTGACATGAT
SmilChr04G003603 Chr04 NC_080390.1:52472077-52472090promoter 内 1686-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 52474392-52474475(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGAGTCAACCGG
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40009043-40009056promoter 内 1543-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAACAAA
SmilChr01G001162 Chr01 NC_080387.1:23612269-23612282promoter 内 1495-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23614775-23616980(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTAAGTCAAAGCA
SmilChr03G000654 Chr03 NC_080389.1:7258710-7258723promoter 内 1478-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7261233-7262247(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACGTTGACATGAT
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28555375-28555388promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTTCAA
SmilChr03G003630 Chr03 NC_080389.1:54970227-54970240promoter 内 1390-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54972838-54974617(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATTTGACTTATG
SmilChr02G003058 Chr02 NC_080388.1:51375748-51375761promoter 内 1283-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51370610-51373043(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGCAGTCAACGAC
SmilChr03G003280 Chr03 NC_080389.1:50800099-50800112promoter 内 1215-1228 bp + 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50802885-50804174(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTTCAA
SmilChr02G005010 Chr02 NC_080388.1:71899418-71899431promoter 内 1206-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 71902213-71908333(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATTTTGACTTTCC
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62116083-62116096promoter 内 1147-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGGAGTCAACCTC
SmilChr01G003694 Chr01 NC_080387.1:55305723-55305736promoter 内 1146-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55300022-55302881(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGAAGTCAATGTC
SmilChr02G003152 Chr02 NC_080388.1:52550286-52550299promoter 内 1126-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 52553161-52553772(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTATAT
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47858573-47858586promoter 内 873-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47861701-47866822(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTTTTGACTTTGT
SmilChr03G002834 Chr03 NC_080389.1:44863635-44863648promoter 内 867-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44856633-44860514(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTTTTTGACTTTTC
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46027136-46027149promoter 内 822-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46021666-46023970(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGTTTTGACTTGTG
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51230762-51230775promoter 内 712-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51223504-51227486(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATGTTGACTATAA
SmilChr02G004467 Chr02 NC_080388.1:67070310-67070323promoter 内 651-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67073660-67076530(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGTTTGACTTCTC
SmilChr02G005140 Chr02 NC_080388.1:72820438-72820451promoter 内 591-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72823848-72828130(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTAAGTCAAAGCA
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