转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 147 / 149 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000879 Chr02 NC_080388.1:15161302-15161312promoter 内 2190-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15140088-15159501(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr02G002066 Chr02 NC_080388.1:37212637-37212647promoter 内 2070-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37214568-37216041(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr05G003410 Chr05 NC_080391.1:45252892-45252902promoter 内 1980-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45254913-45256355(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr01G003133 Chr01 NC_080387.1:50144398-50144408promoter 内 1817-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50146582-50147477(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr04G000281 Chr04 NC_080390.1:2584152-2584162promoter 内 1810-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2586343-2586736(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr04G003937 Chr04 NC_080390.1:54992750-54992760promoter 内 1742-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54995009-54998521(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr05G003066 Chr05 NC_080391.1:38519525-38519535promoter 内 1636-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38521890-38524178(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37317993-37318003promoter 内 1632-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr06G001677 Chr06 NC_080392.1:19043774-19043784promoter 内 1535-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19046240-19046911(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAT
SmilChr03G002738 Chr03 NC_080389.1:43525795-43525805promoter 内 1441-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43519917-43523245(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr05G003104 Chr05 NC_080391.1:39486227-39486237promoter 内 1423-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39482617-39483659(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr02G002657 Chr02 NC_080388.1:46016124-46016134promoter 内 1261-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46011853-46013394(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr04G000282 Chr04 NC_080390.1:2584152-2584162promoter 内 1232-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2586921-2587785(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr04G001580 Chr04 NC_080390.1:26260874-26260884promoter 内 1200-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26257039-26258083(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr01G003263 Chr01 NC_080387.1:51319732-51319742promoter 内 1187-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51322546-51323993(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr05G000002 Chr05 NC_080391.1:6307-6317promoter 内 989-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3232-3305(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr03G004256 Chr03 NC_080389.1:61042316-61042326promoter 内 963-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61045354-61047256(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr01G003131 Chr01 NC_080387.1:50144398-50144408promoter 内 900-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50137159-50141307(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr05G000001 Chr05 NC_080391.1:6307-6317promoter 内 795-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 80-3111(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr04G001312 Chr04 NC_080390.1:20958759-20958769promoter 内 654-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20962106-20967363(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAT
SmilChr02G003315 Chr02 NC_080388.1:54408264-54408274promoter 内 626-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54399664-54404899(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr05G004159 Chr05 NC_080391.1:55495918-55495928promoter 内 464-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55499455-55503937(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr04G001857 Chr04 NC_080390.1:30245770-30245780promoter 内 379-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30249392-30251543(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr02G001739 Chr02 NC_080388.1:31959720-31959730promoter 内 334-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31954366-31956063(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr01G004187 Chr01 NC_080387.1:60293177-60293187promoter 内 295-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60296883-60301401(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr07G002777 Chr07 NC_080393.1:27635611-27635621promoter 内 233-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27639379-27640892(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr06G003292 Chr06 NC_080392.1:45472130-45472140promoter 内 127-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45476004-45477720(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr02G002347 Chr02 NC_080388.1:41234980-41234990promoter 内 121-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41238860-41241625(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr05G004246 Chr05 NC_080391.1:56256647-56256657promoter 内 3919-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56256729-56257476(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCT
SmilChr01G003169 Chr01 NC_080387.1:50478137-50478147promoter 内 3692-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50478446-50479200(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr01G005374 Chr01 NC_080387.1:70967626-70967636promoter 内 3599-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70968028-70970769(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCT
SmilChr01G001086 Chr01 NC_080387.1:22305115-22305125promoter 内 3356-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22305760-22308579(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAC
SmilChr01G006067 Chr01 NC_080387.1:76076698-76076708promoter 内 3345-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 76077354-76078168(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCCGCTGTCA
SmilChr01G002401 Chr01 NC_080387.1:41356543-41356553promoter 内 3253-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41357291-41358965(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAA
SmilChr01G001137 Chr01 NC_080387.1:23165171-23165181promoter 内 3139-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23166033-23167776(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGAC
SmilChr05G004245 Chr05 NC_080391.1:56256647-56256657promoter 内 2964-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56253565-56255620(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr05G001930 Chr05 NC_080391.1:19639868-19639878promoter 内 2932-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19635051-19638809(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr03G002172 Chr03 NC_080389.1:33775903-33775913promoter 内 2887-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33777017-33780060(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr06G001080 Chr06 NC_080392.1:10752221-10752231promoter 内 2871-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10753351-10754692(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGAC
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50478137-50478147promoter 内 2783-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50470002-50476929(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCT
SmilChr02G004122 Chr02 NC_080388.1:63494852-63494862promoter 内 2721-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63492296-63493582(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCCGCTGTCA
SmilChr01G004985 Chr01 NC_080387.1:67904540-67904550promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67897017-67903266(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGAC
SmilChr05G000642 Chr05 NC_080391.1:4869553-4869563promoter 内 2660-2670 bp + 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4862355-4868222(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr06G002857 Chr06 NC_080392.1:41353308-41353318promoter 内 2636-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41354673-41359753(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAC
SmilChr02G000008 Chr02 NC_080388.1:66515-66525promoter 内 2557-2567 bp - 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63884-65081(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAC
SmilChr04G004083 Chr04 NC_080390.1:55879184-55879194promoter 内 2271-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55874993-55877464(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAA
SmilChr05G001271 Chr05 NC_080391.1:10863876-10863886promoter 内 1972-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10865905-10871224(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAA
SmilChr02G001786 Chr02 NC_080388.1:32633804-32633814promoter 内 1897-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32635908-32639947(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAC
SmilChr05G003702 Chr05 NC_080391.1:50110514-50110524promoter 内 1780-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50112735-50115205(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGAC
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898397-53898407promoter 内 1664-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCT