转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 147 / 164 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000785 Chr04 NC_080390.1:9659048-9659062promoter 内 355-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9652815-9655416(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTTTGGTAGTTAAA
SmilChr06G002148 Chr06 NC_080392.1:29203257-29203271promoter 内 314-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29196834-29199584(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCAAATA
SmilChr04G001289 Chr04 NC_080390.1:20562786-20562800promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 20566476-20567639(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCATGTT
SmilChr05G000463 Chr05 NC_080391.1:3503893-3503907promoter 内 252-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3507642-3508662(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCTTGGTAGGTTTG
SmilChr08G002394 Chr08 NC_080394.1:22707630-22707644promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22711383-22712915(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACG
SmilChr01G003790 Chr01 NC_080387.1:56284673-56284687promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56288453-56290831(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACG
SmilChr01G005561 Chr01 NC_080387.1:72421823-72421837promoter 内 221-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72425603-72428599(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCTTGGTAGGTTTG
SmilChr01G001662 Chr01 NC_080387.1:30721479-30721493promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30713131-30717681(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTAGGGTAGGTTTA
SmilChr07G001250 Chr07 NC_080393.1:9650419-9650433promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9634170-9646590(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAACTACCAATTT
SmilChr03G002214 Chr03 NC_080389.1:34893950-34893964promoter 内 157-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34897794-34899346(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAAGTAGGTGTC
SmilChr03G004310 Chr03 NC_080389.1:61431973-61431987promoter 内 152-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61435822-61440148(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGTTAAA
SmilChr03G003122 Chr03 NC_080389.1:48385444-48385458promoter 内 150-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48379685-48381607(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCTTGGTAGGTTTG
SmilChr02G004016 Chr02 NC_080388.1:62460535-62460549promoter 内 147-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62454021-62456695(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGTTATG
SmilChr02G001018 Chr02 NC_080388.1:17953527-17953541promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17957398-17959035(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACG
SmilChr06G000352 Chr06 NC_080392.1:2683976-2683990promoter 内 71-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2675180-2680060(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAGCAGTAGGTGGA
SmilChr07G003012 Chr07 NC_080393.1:30971228-30971242promoter 内 53-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30963572-30967294(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACG
SmilChr02G003287 Chr02 NC_080388.1:54157544-54157558promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54152305-54153570(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACTTGGTAGTTGGT
SmilChr04G000577 Chr04 NC_080390.1:6426787-6426801promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 6426831-6429688(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACTATATC
SmilChr08G000371 Chr08 NC_080394.1:2555676-2555690promoter 内 2851-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 2556826-2558542(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTATCGGTAGGTGGT
SmilChr02G004944 Chr02 NC_080388.1:71403948-71403962promoter 内 618-632 bp + 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 71396097-71400579(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGACCTACCTATTG
SmilChr05G000652 Chr05 NC_080391.1:4918932-4918946promoter 内 602-616 bp - 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 4922331-4926878(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCAGAAA
SmilChr03G003096 Chr03 NC_080389.1:48012934-48012948promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48012061-48012923(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGAAGGTAGGTACT
SmilChr05G003920 Chr05 NC_080391.1:52961295-52961309promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52957964-52961256(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGCACCTACCCAAAG
SmilChr05G002928 Chr05 NC_080391.1:35282778-35282792promoter 内 3905-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35280631-35282696(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTGGTAGGTACT
SmilChr03G004438 Chr03 NC_080389.1:62523944-62523958promoter 内 3844-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62524101-62526501(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGTTGAT
SmilChr01G003972 Chr01 NC_080387.1:58158899-58158913promoter 内 3830-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58156146-58158742(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCATAGTAGGTGTA
SmilChr06G000459 Chr06 NC_080392.1:3710726-3710740promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3710910-3717691(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCCAGGTAGGTAGC
SmilChr02G002859 Chr02 NC_080388.1:48777555-48777569promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48772585-48777190(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGTTAGGTGAT
SmilChr05G002515 Chr05 NC_080391.1:27915304-27915318promoter 内 3601-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27915704-27918856(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAACCTACCTCACC
SmilChr07G001150 Chr07 NC_080393.1:8637553-8637567promoter 内 3546-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8635085-8637112(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTTATTT
SmilChr04G000019 Chr04 NC_080390.1:241171-241185promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 239940-240680(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCATAGTAGGTGTA
SmilChr05G004174 Chr05 NC_080391.1:55678584-55678598promoter 内 3424-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55676818-55678021(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTTGGTGGTTGAA
SmilChr03G004187 Chr03 NC_080389.1:60559065-60559079promoter 内 3421-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60555913-60558499(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTACCTACCTTCTC
SmilChr01G004755 Chr01 NC_080387.1:65753061-65753075promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 65753693-65755291(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTGATTC
SmilChr03G004186 Chr03 NC_080389.1:60559065-60559079promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60555913-60558336(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTACCTACCTTCTC
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SmilChr01G005498 Chr01 NC_080387.1:71878357-71878371promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71879521-71881653(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTATTT
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