转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 149 / 153 下载 TSV

上一页 149 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003223 Chr04 NC_080390.1:49049462-49049471promoter 内 325-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49040326-49045795(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGGTCGGAAA
SmilChr02G004151 Chr02 NC_080388.1:63830539-63830548promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63824145-63826815(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGGTCGGAAA
SmilChr01G001439 Chr01 NC_080387.1:28054264-28054273promoter 内 177-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28050333-28050449(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr01G004667 Chr01 NC_080387.1:64792623-64792632promoter 内 170-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64786058-64788801(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr02G002562 Chr02 NC_080388.1:44571257-44571266promoter 内 114-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44564245-44567379(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGGTCGGAAA
SmilChr01G000839 Chr01 NC_080387.1:18138046-18138055promoter 内 93-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18111466-18134147(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr05G000788 Chr05 NC_080391.1:6155333-6155342promoter 内 45-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6150259-6151386(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr04G001443 Chr04 NC_080390.1:23720109-23720118promoter 内 16-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23724094-23726709(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr02G001145 Chr02 NC_080388.1:20838012-20838021promoter 内 15-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20831301-20834035(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACCT
SmilChr01G006008 Chr01 NC_080387.1:75638115-75638124promoter 内 3800-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75637045-75637923(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr04G003266 Chr04 NC_080390.1:49379017-49379026promoter 内 3772-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49377857-49378797(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr01G004783 Chr01 NC_080387.1:66029249-66029258promoter 内 3528-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 66028084-66028785(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr04G002528 Chr04 NC_080390.1:40363377-40363386promoter 内 3509-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40362097-40362894(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76049003-76049012promoter 内 3334-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr01G002651 Chr01 NC_080387.1:44830374-44830383promoter 内 3246-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44831129-44832049(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr05G001651 Chr05 NC_080391.1:15559613-15559622promoter 内 3209-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15556863-15558830(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr01G005100 Chr01 NC_080387.1:68811070-68811079promoter 内 3142-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68808004-68810220(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr01G004024 Chr01 NC_080387.1:58649751-58649760promoter 内 3098-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58648182-58648857(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr04G002183 Chr04 NC_080390.1:35276322-35276331promoter 内 3042-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35277281-35278794(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr03G001234 Chr03 NC_080389.1:14251757-14251766promoter 内 3033-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14249971-14250798(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G000781 Chr02 NC_080388.1:12838052-12838061promoter 内 2869-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12835022-12836929(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G004091 Chr02 NC_080388.1:63180186-63180195promoter 内 2776-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63178134-63178970(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr02G003010 Chr02 NC_080388.1:50730424-50730433promoter 内 2681-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50724003-50729113(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G005369 Chr02 NC_080388.1:74375133-74375142promoter 内 2599-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74372779-74373740(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G003094 Chr02 NC_080388.1:51818583-51818592promoter 内 2403-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51820181-51822612(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr03G002419 Chr03 NC_080389.1:38426492-38426501promoter 内 2334-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38421229-38424834(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr02G003177 Chr02 NC_080388.1:52919105-52919114promoter 内 2305-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52920801-52925928(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr05G000520 Chr05 NC_080391.1:4009316-4009325promoter 内 2290-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3998101-4007614(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr01G004232 Chr01 NC_080387.1:60691566-60691575promoter 内 2202-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60693365-60694407(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr03G000029 Chr03 NC_080389.1:373429-373438promoter 内 2155-2164 bp - 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 375275-377717(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr02G000782 Chr02 NC_080388.1:12838052-12838061promoter 内 2117-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12839936-12842759(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr02G005283 Chr02 NC_080388.1:73870029-73870038promoter 内 2056-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73866389-73868093(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G004788 Chr02 NC_080388.1:70036112-70036121promoter 内 2050-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70032069-70034170(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CATCCGACAT
SmilChr01G000227 Chr01 NC_080387.1:4149451-4149460promoter 内 1537-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4146340-4146996(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr01G005101 Chr01 NC_080387.1:68811070-68811079promoter 内 1469-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68813602-68815717(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
SmilChr02G000459 Chr02 NC_080388.1:6151324-6151333promoter 内 1377-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6153948-6155631(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATG
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