转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 149 / 153 下载 TSV

上一页 149 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004230 Chr01 NC_080387.1:60687859-60687869promoter 内 1032-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60683153-60684900(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGGT
SmilChr05G003466 Chr05 NC_080391.1:46049796-46049806promoter 内 1015-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46045839-46046820(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAG
SmilChr03G002453 Chr03 NC_080389.1:38904209-38904219promoter 内 866-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 38894974-38901084(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTAGTACAAT
SmilChr03G001046 Chr03 NC_080389.1:12193600-12193610promoter 内 861-871 bp - 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12187211-12190470(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGGT
SmilChr01G003310 Chr01 NC_080387.1:51792486-51792496promoter 内 751-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51785927-51789246(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCAGTACAAT
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12193600-12193610promoter 内 611-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12196990-12199512(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACCAGTACAAT
SmilChr02G003752 Chr02 NC_080388.1:59154760-59154770promoter 内 532-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 59158229-59162643(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTAGTACAAT
SmilChr03G001711 Chr03 NC_080389.1:22893883-22893893promoter 内 505-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22897379-22900731(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAG
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22900956-22900966promoter 内 478-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTAAG
SmilChr03G003523 Chr03 NC_080389.1:53847437-53847447promoter 内 377-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53840875-53843823(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGGT
SmilChr04G000990 Chr04 NC_080390.1:13532455-13532465promoter 内 253-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13536203-13540538(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTAGTACAAT
SmilChr03G003099 Chr03 NC_080389.1:48039964-48039974promoter 内 184-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48043781-48046009(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTAGTACAAT
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39474594-39474604promoter 内 3988-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39474607-39477573(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45144342-45144352promoter 内 3914-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGGA
SmilChr02G001934 Chr02 NC_080388.1:34758826-34758836promoter 内 3871-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34757596-34758706(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAAAGTACAAT
SmilChr03G002580 Chr03 NC_080389.1:41044142-41044152promoter 内 3871-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41033686-41044022(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAAAGTACAAT
SmilChr02G001751 Chr02 NC_080388.1:32189088-32189098promoter 内 3864-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32189225-32190205(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr02G001853 Chr02 NC_080388.1:33750410-33750420promoter 内 3716-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33750695-33751658(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAAAGTACAAT
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37316114-37316124promoter 内 3511-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2040112-2040122promoter 内 3410-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2037174-2039531(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr03G000294 Chr03 NC_080389.1:3383688-3383698promoter 内 3148-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3379657-3382845(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAAAGTACAAT
SmilChr03G004386 Chr03 NC_080389.1:62066351-62066361promoter 内 3138-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62067214-62071808(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGGA
SmilChr01G005640 Chr01 NC_080387.1:72840085-72840095promoter 内 3103-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72834342-72839197(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr02G004258 Chr02 NC_080388.1:64795398-64795408promoter 内 3071-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64796328-64798662(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr02G005268 Chr02 NC_080388.1:73763864-73763874promoter 内 3061-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 73760188-73762934(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25140211-25140221promoter 内 3005-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25141207-25144288(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAAAGTACAAT
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082149-49082159promoter 内 2905-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr02G003282 Chr02 NC_080388.1:54135443-54135453promoter 内 2904-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54133913-54134356(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr04G000698 Chr04 NC_080390.1:8147113-8147123promoter 内 2830-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8141791-8145952(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCTCGTACAAA
SmilChr05G000434 Chr05 NC_080391.1:3280137-3280147promoter 内 2827-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3277110-3278973(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr04G003007 Chr04 NC_080390.1:46442364-46442374promoter 内 2799-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46443566-46448065(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr05G001937 Chr05 NC_080391.1:19723156-19723166promoter 内 2791-2801 bp + 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19724366-19724698(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr04G003209 Chr04 NC_080390.1:48947274-48947284promoter 内 2770-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48941580-48946053(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr04G003799 Chr04 NC_080390.1:54175397-54175407promoter 内 2754-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54176644-54180166(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
SmilChr01G001388 Chr01 NC_080387.1:27291270-27291280promoter 内 2680-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27283075-27289959(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTTTC
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