转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 149 / 164 下载 TSV

上一页 149 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36617359-36617373promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36620790-36622199(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACGTGGTAGGTATT
SmilChr03G003022 Chr03 NC_080389.1:47122447-47122461promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47115833-47118989(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTATTTG
SmilChr02G003529 Chr02 NC_080388.1:56435913-56435927promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56431079-56432432(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGCAGGTAGGTTTG
SmilChr07G002982 Chr07 NC_080393.1:30375397-30375411promoter 内 496-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30378902-30379575(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGTAGTAGGTGAT
SmilChr03G004068 Chr03 NC_080389.1:59665551-59665565promoter 内 484-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59658877-59662048(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGAAGGTAGGTATT
SmilChr07G001152 Chr07 NC_080393.1:8637553-8637567promoter 内 374-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8641180-8643671(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATAAGTAGGTGAT
SmilChr08G000751 Chr08 NC_080394.1:5549214-5549228promoter 内 333-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5542918-5545560(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGAAGGTAGGTCTG
SmilChr07G003721 Chr07 NC_080393.1:45122319-45122333promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45126004-45127426(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGTAGTAGGTGAT
SmilChr07G001106 Chr07 NC_080393.1:8167274-8167288promoter 内 297-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8170978-8173076(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAATGGTAGGTTGT
SmilChr02G002994 Chr02 NC_080388.1:50625313-50625327promoter 内 296-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50620515-50621622(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTCAAGG
SmilChr08G000753 Chr08 NC_080394.1:5549214-5549228promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5553118-5557335(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGACCTACCTTCCA
SmilChr05G001485 Chr05 NC_080391.1:13624351-13624365promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13619180-13620448(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAGAGGTAGGTTAC
SmilChr05G002467 Chr05 NC_080391.1:27188989-27189003promoter 内 74-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27192916-27196060(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTACCTACCTCCGT
SmilChr06G001897 Chr06 NC_080392.1:22737449-22737463promoter 内 18-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22741432-22742247(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGTTTGA
SmilChr07G003680 Chr07 NC_080393.1:44274241-44274255promoter 内 15-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44267831-44270269(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCGGATC
SmilChr02G001584 Chr02 NC_080388.1:29587806-29587820promoter 内 3808-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 29587041-29587627(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTTCGGT
SmilChr04G002751 Chr04 NC_080390.1:43211946-43211960promoter 内 3666-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 43212281-43213665(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTCTAG
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42035587-42035601promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 42029806-42034925(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGGTATT
SmilChr05G000159 Chr05 NC_080391.1:1274612-1274626promoter 内 3283-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 1270695-1273908(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCTGCC
SmilChr07G001947 Chr07 NC_080393.1:16881599-16881613promoter 内 2298-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 16877673-16879910(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTGGTAGGTTTT
SmilChr03G004418 Chr03 NC_080389.1:62347321-62347335promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 62335748-62344448(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTGACCT
SmilChr08G002143 Chr08 NC_080394.1:19300820-19300834promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19300851-19303568(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr07G000463 Chr07 NC_080393.1:3266850-3266864promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3263487-3266811(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTTGTG
SmilChr03G003440 Chr03 NC_080389.1:52793142-52793156promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52793207-52796355(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTTAT
SmilChr01G005099 Chr01 NC_080387.1:68826045-68826059promoter 内 3664-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 68806204-68825722(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTAGGA
SmilChr06G002757 Chr06 NC_080392.1:40160252-40160266promoter 内 3662-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40160591-40161925(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr07G002065 Chr07 NC_080393.1:18776702-18776716promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18774292-18776370(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTGATA
SmilChr06G000581 Chr06 NC_080392.1:4985831-4985845promoter 内 3637-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4981630-4985481(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACTAACAA
SmilChr04G000376 Chr04 NC_080390.1:3788371-3788385promoter 内 3601-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3788771-3790013(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr01G004301 Chr01 NC_080387.1:61186380-61186394promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61186800-61187971(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr01G004302 Chr01 NC_080387.1:61196121-61196135promoter 内 3581-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61196541-61197712(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr04G000377 Chr04 NC_080390.1:3794820-3794834promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3795301-3796462(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr03G002775 Chr03 NC_080389.1:44146363-44146377promoter 内 3491-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44144140-44145867(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGGGGTAGGTATT
SmilChr06G001153 Chr06 NC_080392.1:11664970-11664984promoter 内 3450-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11665521-11668520(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAGTGGTAGGAGGG
SmilChr06G000522 Chr06 NC_080392.1:4301692-4301706promoter 内 3305-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4302388-4303335(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGTTATG
SmilChr05G000164 Chr05 NC_080391.1:1309937-1309951promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1306150-1309232(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCTGCC
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75323833-75323847promoter 内 3244-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGTTAA
SmilChr07G003044 Chr07 NC_080393.1:31558421-31558435promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31556424-31557646(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAGAGG
SmilChr05G002205 Chr05 NC_080391.1:23517301-23517315promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23518111-23519943(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCATAA
SmilChr03G004687 Chr03 NC_080389.1:64262975-64262989promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64263804-64269899(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTCGTTAGGTGAA
SmilChr06G001963 Chr06 NC_080392.1:24471812-24471826promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24472679-24474170(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTAACTACCAAGTG
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2724383-2724397promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2725276-2727534(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCTATTA
SmilChr07G003875 Chr07 NC_080393.1:48289312-48289326promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48286736-48288428(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTGCTCT
SmilChr01G005356 Chr01 NC_080387.1:70787075-70787089promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70787978-70793341(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAGAGTAGGTGCA
SmilChr07G003398 Chr07 NC_080393.1:36872231-36872245promoter 内 3085-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36870640-36871329(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTACTAG
SmilChr02G001581 Chr02 NC_080388.1:29535113-29535127promoter 内 3070-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29531658-29534196(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGGAAGTAGGTGTT
SmilChr03G001535 Chr03 NC_080389.1:19212575-19212589promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19213537-19214357(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTGGAAT
SmilChr06G001609 Chr06 NC_080392.1:17936385-17936399promoter 内 3017-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17934423-17935415(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGTATTAGGTGAA
SmilChr08G001650 Chr08 NC_080394.1:13708622-13708636promoter 内 3006-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13709617-13710488(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAGCTCACA
SmilChr07G004508 Chr07 NC_080393.1:57746076-57746090promoter 内 2996-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57743332-57745085(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATACCTACCCCCAA