转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 15 / 121 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001381 Chr04 NC_080390.1:22420357-22420371promoter 内 3415-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 22403394-22419785(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGGCT
SmilChr01G004029 Chr01 NC_080387.1:58704694-58704708promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 58701536-58703925(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAATCTC
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4444443-4444457promoter 内 1630-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 4441547-4442086(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGAG
SmilChr03G000800 Chr03 NC_080389.1:9149238-9149252promoter 内 1352-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 9151887-9154565(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGAACCT
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6346472-6346486promoter 内 1052-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 6341401-6343537(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTTCAGATCTGTG
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4444443-4444457promoter 内 914-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 4440018-4441370(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGAG
SmilChr03G003774 Chr03 NC_080389.1:56916630-56916644promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 56910855-56913020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAATCTC
SmilChr04G000811 Chr04 NC_080390.1:10131422-10131436promoter 内 3465-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 10131958-10141812(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCCAGATCTGAG
SmilChr01G005271 Chr01 NC_080387.1:70149433-70149447promoter 内 3261-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 70150173-70151000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGGCT
SmilChr02G000169 Chr02 NC_080388.1:2179574-2179588promoter 内 3208-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 2177866-2178795(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGAG
SmilChr04G000810 Chr04 NC_080390.1:10131422-10131436promoter 内 2712-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 10128874-10130147(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAAAA
SmilChr03G000379 Chr03 NC_080389.1:4239012-4239026promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 4234526-4237623(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCAGATCTGGC
SmilChr02G003159 Chr02 NC_080388.1:52634427-52634441promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 52635922-52637445(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCCTAGATCTGAG
SmilChr01G004426 Chr01 NC_080387.1:62362860-62362874promoter 内 2240-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 62364621-62371979(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTCAGATCTGCG
SmilChr03G003185 Chr03 NC_080389.1:49302703-49302717promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 49295783-49300810(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTCCAGATCTGAG
SmilChr03G001088 Chr03 NC_080389.1:12578668-12578682promoter 内 1588-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 12581081-12582292(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATACGGATCTGAA
SmilChr02G004033 Chr02 NC_080388.1:62624997-62625011promoter 内 1169-1183 bp - 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 62627829-62630397(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGAGAC
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24523665-24523679promoter 内 805-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 24519500-24520483(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGACTCT
SmilChr02G002571 Chr02 NC_080388.1:44729379-44729393promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 44725036-44725710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGCTTCC
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55892971-55892985promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 55896948-55897020(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCAGATCTGGC
SmilChr04G003098 Chr04 NC_080390.1:47578466-47578480promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47578574-47579306(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAATTAGATCTGAG
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2923514-2923528promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2924175-2925187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTGGATCTGAT
SmilChr02G000748 Chr02 NC_080388.1:12150069-12150083promoter 内 2644-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 12151426-12151770(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCTAGATCTCGG
SmilChr02G003296 Chr02 NC_080388.1:54232081-54232095promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 54233447-54235258(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTCGGATCTGAT
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12578668-12578682promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTATTT
SmilChr05G001133 Chr05 NC_080391.1:9460741-9460755promoter 内 1654-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9463088-9465615(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGAAATC
SmilChr04G000711 Chr04 NC_080390.1:8302819-8302833promoter 内 670-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8306150-8307202(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGCCCT
SmilChr01G005492 Chr01 NC_080387.1:71843389-71843403promoter 内 603-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71834680-71840005(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTGGATCTGAT
SmilChr05G001174 Chr05 NC_080391.1:9844817-9844831promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9839921-9841295(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCGGGATCTGAG
SmilChr03G000143 Chr03 NC_080389.1:1577221-1577235promoter 内 138-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1569688-1573372(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCTAGATCTCAG
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25492790-25492804promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGACTA
SmilChr01G003186 Chr01 NC_080387.1:50617568-50617582promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50611651-50613628(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAATTCT
SmilChr04G000914 Chr04 NC_080390.1:11904578-11904592promoter 内 1282-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 7 11900446-11901873(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTTC
SmilChr05G000562 Chr05 NC_080391.1:4221986-4222000promoter 内 337-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 4217629-4218336(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCCAGATCTGCA
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7244576-7244590promoter 内 2058-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 7246519-7247247(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr05G000246 Chr05 NC_080391.1:1895252-1895266promoter 内 1015-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 1881277-1892280(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGTCAC
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66651664-66651678promoter 内 458-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 66645360-66648135(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGAAGCT
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3957872-3957886promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 3953502-3956539(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr02G005401 Chr02 NC_080388.1:74565002-74565016promoter 内 2199-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 74566804-74569571(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTAAT
SmilChr02G005412 Chr02 NC_080388.1:74601194-74601208promoter 内 2199-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 74602996-74605763(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTAAT
SmilChr01G002673 Chr01 NC_080387.1:44953226-44953240promoter 内 2181-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 44950853-44951420(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44953226-44953240promoter 内 2132-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 44955095-44955667(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr04G003383 Chr04 NC_080390.1:50373020-50373034promoter 内 1583-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 50370020-50370616(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGGAATC
SmilChr01G000037 Chr01 NC_080387.1:601159-601173promoter 内 859-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 604301-606337(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGAAACA
SmilChr02G001822 Chr02 NC_080388.1:33110944-33110958promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 33104793-33107590(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGTCCT
SmilChr03G003142 Chr03 NC_080389.1:48636718-48636732promoter 内 222-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 48631919-48632953(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr02G001892 Chr02 NC_080388.1:34227653-34227667promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 34227728-34230415(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr04G000216 Chr04 NC_080390.1:1899195-1899209promoter 内 3872-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 1899324-1903515(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr03G000308 Chr03 NC_080389.1:3520720-3520734promoter 内 3630-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 3517678-3520363(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr01G003570 Chr01 NC_080387.1:54275260-54275274promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 54266905-54274470(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT