转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 152 / 160 下载 TSV

上一页 152 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G002176 Chr04 NC_080390.1:35151075-35151085promoter 内 670-680 bp - 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35154406-35159898(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G001915 Chr01 NC_080387.1:34280504-34280514promoter 内 666-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34283839-34285760(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAA
SmilChr01G003693 Chr01 NC_080387.1:55294136-55294146promoter 内 653-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55297484-55299992(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAA
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18814443-18814453promoter 内 643-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18817801-18819608(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAC
SmilChr01G005718 Chr01 NC_080387.1:73370988-73370998promoter 内 639-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73374350-73376322(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGACGTAACAT
SmilChr04G002372 Chr04 NC_080390.1:38218821-38218831promoter 内 635-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38222187-38234717(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr05G003069 Chr05 NC_080391.1:38567754-38567764promoter 内 592-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38560297-38564355(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr04G002672 Chr04 NC_080390.1:42116460-42116470promoter 内 590-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42119871-42119944(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAC
SmilChr05G001386 Chr05 NC_080391.1:12439321-12439331promoter 内 547-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12426322-12435877(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G005208 Chr02 NC_080388.1:73314660-73314670promoter 内 514-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73318147-73322357(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr04G003596 Chr04 NC_080390.1:52391918-52391928promoter 内 510-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52395409-52397097(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G000220 Chr02 NC_080388.1:2877782-2877792promoter 内 503-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2871517-2874294(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr03G001150 Chr03 NC_080389.1:13253402-13253412promoter 内 502-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13256901-13258244(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr04G000784 Chr04 NC_080390.1:9646271-9646281promoter 内 497-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9649775-9652324(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr04G003198 Chr04 NC_080390.1:48830975-48830985promoter 内 496-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48834480-48834959(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr05G002778 Chr05 NC_080391.1:32382757-32382767promoter 内 474-484 bp - 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32365882-32379240(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51744301-51744311promoter 内 470-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57584643-57584653promoter 内 460-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57588184-57590043(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G005185 Chr01 NC_080387.1:69565773-69565783promoter 内 443-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69569331-69575575(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTTTTACGTGT
SmilChr05G000285 Chr05 NC_080391.1:2208405-2208415promoter 内 440-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2202419-2204854(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGAT
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31319073-31319083promoter 内 413-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31322661-31326472(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003426 Chr01 NC_080387.1:52919581-52919591promoter 内 406-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52923176-52926445(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATCTTACGTGG
SmilChr03G002262 Chr03 NC_080389.1:35612021-35612031promoter 内 403-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35615619-35619293(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G001943 Chr02 NC_080388.1:35056314-35056324promoter 内 399-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35059916-35063956(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G002659 Chr01 NC_080387.1:44845628-44845638promoter 内 396-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44841936-44842033(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56079411-56079421promoter 内 396-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56083016-56085836(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGAT
SmilChr04G003363 Chr04 NC_080390.1:50222928-50222938promoter 内 391-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50212442-50219328(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003681 Chr01 NC_080387.1:55211326-55211336promoter 内 390-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55214937-55217804(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr04G003715 Chr04 NC_080390.1:53451640-53451650promoter 内 385-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53438018-53448034(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGA
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72602450-72602460promoter 内 382-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72597857-72598841(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGA
SmilChr01G004959 Chr01 NC_080387.1:67684015-67684025promoter 内 369-379 bp - 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67687647-67692378(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATCTTACGTGG
SmilChr04G003947 Chr04 NC_080390.1:55066389-55066399promoter 内 303-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55060577-55062701(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGA
SmilChr02G000108 Chr02 NC_080388.1:1383999-1384009promoter 内 297-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1377569-1380305(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003117 Chr01 NC_080387.1:49973622-49973632promoter 内 282-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49967805-49969913(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36934085-36934095promoter 内 258-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTTTTACGTGT
SmilChr01G001335 Chr01 NC_080387.1:26534065-26534075promoter 内 238-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26537828-26539671(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
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