转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 158 / 161 下载 TSV

上一页 158 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002425 Chr04 NC_080390.1:38876003-38876016promoter 内 889-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38879115-38881302(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTTTTGACTTTCT
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11530392-11530405promoter 内 887-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11533506-11537729(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAACAA
SmilChr01G000054 Chr01 NC_080387.1:848155-848168promoter 内 885-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 851271-853373(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACAAGTCAACTTG
SmilChr01G000129 Chr01 NC_080387.1:2194213-2194226promoter 内 872-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2188602-2191097(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAAAGTCAAACAA
SmilChr02G003737 Chr02 NC_080388.1:59011194-59011207promoter 内 870-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59014325-59019945(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATTTTGACTTTTA
SmilChr01G000860 Chr01 NC_080387.1:18505477-18505490promoter 内 846-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18508632-18509078(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCTAAGTCAAAGAC
SmilChr06G001816 Chr06 NC_080392.1:21320687-21320700promoter 内 782-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21323906-21326413(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTGACCTGTG
SmilChr03G002273 Chr03 NC_080389.1:35880067-35880080promoter 内 700-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35874709-35876779(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTCTG
SmilChr07G004239 Chr07 NC_080393.1:54809070-54809083promoter 内 631-644 bp - 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54802035-54805713(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATTTTGACTTTTA
SmilChr05G000346 Chr05 NC_080391.1:2587042-2587055promoter 内 588-601 bp - 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2579215-2583642(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGTTGACTTAAC
SmilChr05G001946 Chr05 NC_080391.1:19820994-19821007promoter 内 547-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19824448-19825367(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAAAGA
SmilChr05G003637 Chr05 NC_080391.1:48754423-48754436promoter 内 509-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48749092-48750944(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTATTTGACTTTCA
SmilChr07G001157 Chr07 NC_080393.1:8673608-8673621promoter 内 499-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8668484-8670119(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAAAGTCAAATGT
SmilChr04G002633 Chr04 NC_080390.1:41729528-41729541promoter 内 497-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41733032-41736387(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTTTTGACTTTGG
SmilChr06G002251 Chr06 NC_080392.1:31935496-31935509promoter 内 465-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31929138-31931973(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAAAGAT
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47435286-47435299promoter 内 447-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47438840-47442897(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTAAGTCAAAGCT
SmilChr07G001005 Chr07 NC_080393.1:7318321-7318334promoter 内 443-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7321879-7326145(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGGTTGACTATCC
SmilChr01G001850 Chr01 NC_080387.1:33424819-33424832promoter 内 416-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33428404-33431711(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTTTTGACTTTGG
SmilChr04G003647 Chr04 NC_080390.1:52981008-52981021promoter 内 388-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52975421-52977408(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAAAACA
SmilChr01G001318 Chr01 NC_080387.1:26220011-26220024promoter 内 369-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26215736-26216392(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAATGGT
SmilChr05G003901 Chr05 NC_080391.1:52761177-52761190promoter 内 295-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52754124-52757484(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTAAGTCAACTCA
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72353319-72353332promoter 内 284-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71365587-72349615(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACCTATA
SmilChr04G002043 Chr04 NC_080390.1:33155620-33155633promoter 内 209-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33148031-33151841(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGATTTGACTTCTG
SmilChr04G002173 Chr04 NC_080390.1:35123082-35123095promoter 内 193-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35126890-35132312(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCATTGACTTTAT
SmilChr04G003573 Chr04 NC_080390.1:52153774-52153787promoter 内 172-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52149441-52149958(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTGAAGTCAACACA
SmilChr04G003803 Chr04 NC_080390.1:54190403-54190416promoter 内 88-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54194316-54196224(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTCAA
SmilChr04G001035 Chr04 NC_080390.1:14710433-14710446promoter 内 76-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14714358-14715337(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTCTGA
SmilChr05G000628 Chr05 NC_080391.1:4742483-4742496promoter 内 52-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4735616-4738547(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATG
SmilChr01G003740 Chr01 NC_080387.1:55721005-55721018promoter 内 36-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55715353-55717053(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGAGTCAACTTT
SmilChr05G003280 Chr05 NC_080391.1:42736717-42736730promoter 内 33-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42728929-42732762(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTTTTGACTTTCG
SmilChr03G003111 Chr03 NC_080389.1:48237157-48237170promoter 内 31-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48241127-48242517(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAAGTCAATGCC
SmilChr04G000880 Chr04 NC_080390.1:11195554-11195567promoter 内 12-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11199543-11203389(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAATGTG
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64063433-64063446promoter 内 2471-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 3 64059365-64061916(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33568315-33568328promoter 内 2037-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 3 33570279-33572198(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr04G000227 Chr04 NC_080390.1:2027304-2027317promoter 内 3934-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 2025420-2027250(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr05G000389 Chr05 NC_080391.1:2921964-2921977promoter 内 3820-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 2919259-2921796(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr01G005806 Chr01 NC_080387.1:74108905-74108918promoter 内 3800-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 74108120-74108717(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAATTT
SmilChr07G004107 Chr07 NC_080393.1:52705114-52705127promoter 内 3768-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 52699102-52704894(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAATTT
SmilChr01G005808 Chr01 NC_080387.1:74113068-74113081promoter 内 3741-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 74111236-74112821(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
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SmilChr07G004143 Chr07 NC_080393.1:53240408-53240421promoter 内 3573-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 53240836-53246553(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATTTGACTTTCA
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SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53231778-53231791promoter 内 3043-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 53232736-53233425(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAATTT
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SmilChr02G003288 Chr02 NC_080388.1:54164117-54164130promoter 内 2608-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 54154374-54162737(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53231778-53231791promoter 内 2284-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 53233495-53234247(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAATTT
SmilChr01G003306 Chr01 NC_080387.1:51743157-51743170promoter 内 2196-2209 bp - 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 51744962-51753039(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT
SmilChr06G001714 Chr06 NC_080392.1:19744335-19744348promoter 内 2178-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 19736709-19742525(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTT