转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 16 / 134 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005418 Chr02 NC_080388.1:74643136-74643150promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 74637606-74640149(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAGTAATGATTAA
SmilChr03G001435 Chr03 NC_080389.1:17035590-17035604promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17027282-17031865(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAATAATGATTAT
SmilChr02G002129 Chr02 NC_080388.1:38147741-38147755promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38142935-38143879(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCATT
SmilChr02G000552 Chr02 NC_080388.1:7742934-7742948promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 7 7741022-7742327(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCGTA
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7742934-7742948promoter 内 1889-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 7 7745046-7753213(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGATAATGATTAC
SmilChr01G000426 Chr01 NC_080387.1:8556357-8556371promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 6 8556952-8560394(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGATAATGATTAC
SmilChr03G000839 Chr03 NC_080389.1:9587389-9587403promoter 内 2482-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 6 9588908-9589567(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24615434-24615448promoter 内 3063-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 24613175-24614510(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53171874-53171888promoter 内 2749-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 53167782-53170636(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr03G000603 Chr03 NC_080389.1:6680347-6680361promoter 内 2225-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 6682123-6685929(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr03G000234 Chr03 NC_080389.1:2799750-2799764promoter 内 1772-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 2794881-2797535(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCGTA
SmilChr02G000474 Chr02 NC_080388.1:6506775-6506789promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 6502083-6504399(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr03G000396 Chr03 NC_080389.1:4315532-4315546promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 4318279-4319415(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr02G003031 Chr02 NC_080388.1:51015714-51015728promoter 内 3424-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 51009806-51015151(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGAATT
SmilChr03G000732 Chr03 NC_080389.1:8223890-8223904promoter 内 3131-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 8216955-8223034(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGCAATGATTGT
SmilChr02G000548 Chr02 NC_080388.1:7598443-7598457promoter 内 3062-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 7596257-7597518(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr02G005244 Chr02 NC_080388.1:73607417-73607431promoter 内 1508-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 73603363-73604938(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCCAAG
SmilChr03G001800 Chr03 NC_080389.1:24615434-24615448promoter 内 1095-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 24610358-24612542(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr03G001747 Chr03 NC_080389.1:23656060-23656074promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 23659269-23660906(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr02G000277 Chr02 NC_080388.1:3555822-3555836promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 3553646-3555779(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAT
SmilChr02G003154 Chr02 NC_080388.1:52586700-52586714promoter 内 3395-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 52587306-52592644(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGAATT
SmilChr03G002737 Chr03 NC_080389.1:43500272-43500286promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 43500931-43503338(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCGTA
SmilChr03G002753 Chr03 NC_080389.1:43755640-43755654promoter 内 3246-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 43756395-43758734(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCGTA
SmilChr02G004196 Chr02 NC_080388.1:64303161-64303175promoter 内 3196-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 64301581-64302370(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATATAATGATGAC
SmilChr01G004331 Chr01 NC_080387.1:61457631-61457645promoter 内 2642-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 61454574-61456286(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGATAATGATTAC
SmilChr03G000471 Chr03 NC_080389.1:5029975-5029989promoter 内 2554-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 5025100-5028542(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATGATAATGATGGC
SmilChr01G000672 Chr01 NC_080387.1:14868955-14868969promoter 内 1040-1054 bp + 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 14864657-14866008(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTATAACT
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37805858-37805872promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 37799636-37802183(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACATCA
SmilChr02G004198 Chr02 NC_080388.1:64303161-64303175promoter 内 116-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 64307046-64308875(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTATATAA
SmilChr02G000554 Chr02 NC_080388.1:7777710-7777724promoter 内 21-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 7773397-7773744(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACAAAA
SmilChr01G004641 Chr01 NC_080387.1:64448339-64448353promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64448361-64453072(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGTAATGATGAG
SmilChr02G003075 Chr02 NC_080388.1:51653371-51653385promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 51645944-51653026(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTGATGATTAT
SmilChr01G003281 Chr01 NC_080387.1:51499681-51499695promoter 内 3506-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 51500176-51506971(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTAATAATGATGAC
SmilChr01G004026 Chr01 NC_080387.1:58670712-58670726promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 58667914-58670039(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATCTAATGATGAG
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51982016-51982030promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 51979530-51981283(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGCAATGATTGT
SmilChr01G003489 Chr01 NC_080387.1:53448721-53448735promoter 内 3061-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 53449661-53451844(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCGATAATGATTAC
SmilChr01G006047 Chr01 NC_080387.1:75969002-75969016promoter 内 2163-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75970840-75976116(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTGCT
SmilChr03G000210 Chr03 NC_080389.1:2430312-2430326promoter 内 2103-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 2432210-2435614(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCATG
SmilChr01G006050 Chr01 NC_080387.1:76013383-76013397promoter 内 2048-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 76010308-76011444(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCAGTAATGATTAT
SmilChr02G004353 Chr02 NC_080388.1:65802844-65802858promoter 内 2027-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 65796321-65800884(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACATCA
SmilChr01G003888 Chr01 NC_080387.1:57196015-57196029promoter 内 1696-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 57198320-57204154(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATTTTT
SmilChr02G003951 Chr02 NC_080388.1:61682300-61682314promoter 内 1686-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 61675241-61679999(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGAGTAATGATGGA
SmilChr02G001606 Chr02 NC_080388.1:29907339-29907353promoter 内 1460-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 29904162-29904812(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGGT
SmilChr01G005792 Chr01 NC_080387.1:74013783-74013797promoter 内 1101-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 74016683-74025384(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGGTGATGATTAT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67112205-67112219promoter 内 945-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 67115261-67119955(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATGATAATGATGAT
SmilChr02G000991 Chr02 NC_080388.1:17435710-17435724promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 17430722-17431820(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGATAATGATTAC
SmilChr02G001599 Chr02 NC_080388.1:29825166-29825180promoter 内 3905-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 29825262-29827982(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTATCATG
SmilChr01G001766 Chr01 NC_080387.1:32489044-32489058promoter 内 3893-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 32489152-32500937(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTATCATG
SmilChr01G005449 Chr01 NC_080387.1:71558956-71558970promoter 内 3859-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 71559098-71562935(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGGT
SmilChr01G000889 Chr01 NC_080387.1:18945882-18945896promoter 内 3718-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 18935863-18945613(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAGTAATGATGAG