转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 17 / 133 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002855 Chr07 NC_080393.1:28703720-28703729promoter 内 2691-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 28705030-28706032(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G003503 Chr01 NC_080387.1:53615440-53615449promoter 内 2649-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53616792-53616864(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAG
SmilChr06G002857 Chr06 NC_080392.1:41353313-41353322promoter 内 2641-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41354673-41359753(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGTC
SmilChr08G000425 Chr08 NC_080394.1:3035100-3035109promoter 内 2625-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3023808-3033733(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G004983 Chr01 NC_080387.1:67889473-67889482promoter 内 2622-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67882168-67888103(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G004383 Chr01 NC_080387.1:62009219-62009228promoter 内 2592-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62010628-62013104(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58525808-58525817promoter 内 2586-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G003521 Chr01 NC_080387.1:53850170-53850179promoter 内 2573-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53851598-53855012(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr06G001341 Chr06 NC_080392.1:13971009-13971018promoter 内 2520-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 13972490-13975342(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G000252 Chr01 NC_080387.1:4752018-4752027promoter 内 2425-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4753594-4756226(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAG
SmilChr01G003439 Chr01 NC_080387.1:52986888-52986897promoter 内 2314-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52988575-52988647(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAG
SmilChr02G001806 Chr02 NC_080388.1:32898163-32898172promoter 内 2257-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32899907-32904815(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr03G003870 Chr03 NC_080389.1:57800391-57800400promoter 内 2166-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 57802226-57804769(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G002461 Chr02 NC_080388.1:42918351-42918360promoter 内 2120-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42920232-42921125(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr05G002478 Chr05 NC_080391.1:27287850-27287859promoter 内 1998-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27289853-27292284(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9970894-9970903promoter 内 1981-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr04G001100 Chr04 NC_080390.1:15761290-15761299promoter 内 1974-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15757774-15759272(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G002179 Chr01 NC_080387.1:37888158-37888167promoter 内 1863-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37890296-37898608(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr03G002355 Chr03 NC_080389.1:37179721-37179730promoter 内 1789-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37173624-37177518(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr01G004378 Chr01 NC_080387.1:61982379-61982388promoter 内 1752-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61977416-61980139(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr02G001225 Chr02 NC_080388.1:22523561-22523570promoter 内 1676-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22525886-22527885(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr02G001805 Chr02 NC_080388.1:32898163-32898172promoter 内 1547-1556 bp + 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32892547-32895718(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G004886 Chr02 NC_080388.1:70947052-70947061promoter 内 1512-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70938481-70944572(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G002862 Chr02 NC_080388.1:48797972-48797981promoter 内 1437-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48793922-48795417(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70276200-70276209promoter 内 1432-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43886710-43886719promoter 内 1431-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr08G003144 Chr08 NC_080394.1:31845779-31845788promoter 内 1412-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 31848368-31850429(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GACCGTACAG
SmilChr08G004907 Chr08 NC_080394.1:58060948-58060957promoter 内 1385-1394 bp - 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58063564-58064755(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr08G002189 Chr08 NC_080394.1:19774237-19774246promoter 内 1367-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 19768857-19771612(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74849841-74849850promoter 内 1350-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGTC
SmilChr04G002259 Chr04 NC_080390.1:36542477-36542486promoter 内 1335-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36545143-36559440(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGTC
SmilChr01G002987 Chr01 NC_080387.1:48792323-48792332promoter 内 1301-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48795023-48814661(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G003713 Chr02 NC_080388.1:58739727-58739736promoter 内 1231-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58732871-58736966(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr08G003329 Chr08 NC_080394.1:34586901-34586910promoter 内 1227-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34589675-34594593(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr02G003379 Chr02 NC_080388.1:54920371-54920380promoter 内 1178-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54914167-54917557(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
SmilChr02G001419 Chr02 NC_080388.1:26820939-26820948promoter 内 1160-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 26816483-26818107(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGTC
SmilChr02G000023 Chr02 NC_080388.1:245092-245101promoter 内 1141-1150 bp - 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 196026-242241(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
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SmilChr04G002811 Chr04 NC_080390.1:44114540-44114549promoter 内 896-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44108660-44111444(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ACGTACGGAC
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SmilChr01G003818 Chr01 NC_080387.1:56534208-56534217promoter 内 403-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56537806-56542793(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr02G001342 Chr02 NC_080388.1:25001650-25001659promoter 内 383-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24995595-24998041(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT
SmilChr05G002476 Chr05 NC_080391.1:27287850-27287859promoter 内 359-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27279946-27284217(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTCCGTACGT