靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00002845-RA_Salv |
SmilChr02G005238 |
SBP | XP_057792594.1 |
MP00634 |
TTGTACGGAC |
7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 17 / 133 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G002855 |
Chr07 | NC_080393.1:28703720-28703729promoter 内 2691-2700 bp |
+ | 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 28705030-28706032(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G003503 |
Chr01 | NC_080387.1:53615440-53615449promoter 内 2649-2658 bp |
- | 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 53616792-53616864(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GACCGTACAG |
SmilChr06G002857 |
Chr06 | NC_080392.1:41353313-41353322promoter 内 2641-2650 bp |
+ | 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 41354673-41359753(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
CTGTACGGTC |
SmilChr08G000425 |
Chr08 | NC_080394.1:3035100-3035109promoter 内 2625-2634 bp |
- | 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 3023808-3033733(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G004983 |
Chr01 | NC_080387.1:67889473-67889482promoter 内 2622-2631 bp |
- | 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 67882168-67888103(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G004383 |
Chr01 | NC_080387.1:62009219-62009228promoter 内 2592-2601 bp |
- | 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 62010628-62013104(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr01G004011 |
Chr01 | NC_080387.1:58525808-58525817promoter 内 2586-2595 bp |
- | 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 58522849-58524402(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G003521 |
Chr01 | NC_080387.1:53850170-53850179promoter 内 2573-2582 bp |
- | 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 53851598-53855012(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr06G001341 |
Chr06 | NC_080392.1:13971009-13971018promoter 内 2520-2529 bp |
+ | 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 13972490-13975342(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G000252 |
Chr01 | NC_080387.1:4752018-4752027promoter 内 2425-2434 bp |
- | 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 4753594-4756226(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GACCGTACAG |
SmilChr01G003439 |
Chr01 | NC_080387.1:52986888-52986897promoter 内 2314-2323 bp |
- | 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 52988575-52988647(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GACCGTACAG |
SmilChr02G001806 |
Chr02 | NC_080388.1:32898163-32898172promoter 内 2257-2266 bp |
+ | 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 32899907-32904815(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr03G003870 |
Chr03 | NC_080389.1:57800391-57800400promoter 内 2166-2175 bp |
- | 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 57802226-57804769(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr02G002461 |
Chr02 | NC_080388.1:42918351-42918360promoter 内 2120-2129 bp |
+ | 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 42920232-42921125(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr05G002478 |
Chr05 | NC_080391.1:27287850-27287859promoter 内 1998-2007 bp |
+ | 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 27289853-27292284(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr03G000878 |
Chr03 | NC_080389.1:9970894-9970903promoter 内 1981-1990 bp |
- | 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 9972914-9973365(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr04G001100 |
Chr04 | NC_080390.1:15761290-15761299promoter 内 1974-1983 bp |
- | 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 15757774-15759272(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G002179 |
Chr01 | NC_080387.1:37888158-37888167promoter 内 1863-1872 bp |
- | 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 37890296-37898608(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr03G002355 |
Chr03 | NC_080389.1:37179721-37179730promoter 内 1789-1798 bp |
- | 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 37173624-37177518(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr01G004378 |
Chr01 | NC_080387.1:61982379-61982388promoter 内 1752-1761 bp |
- | 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 61977416-61980139(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr02G001225 |
Chr02 | NC_080388.1:22523561-22523570promoter 内 1676-1685 bp |
+ | 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 22525886-22527885(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr02G001805 |
Chr02 | NC_080388.1:32898163-32898172promoter 内 1547-1556 bp |
+ | 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 32892547-32895718(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr02G004886 |
Chr02 | NC_080388.1:70947052-70947061promoter 内 1512-1521 bp |
+ | 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 70938481-70944572(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr02G002862 |
Chr02 | NC_080388.1:48797972-48797981promoter 内 1437-1446 bp |
+ | 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 48793922-48795417(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr02G004811 |
Chr02 | NC_080388.1:70276200-70276209promoter 内 1432-1441 bp |
+ | 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 70271070-70273640(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr01G002575 |
Chr01 | NC_080387.1:43886710-43886719promoter 内 1431-1440 bp |
+ | 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 43889280-43889404(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
SmilChr08G003144 |
Chr08 | NC_080394.1:31845779-31845788promoter 内 1412-1421 bp |
- | 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 31848368-31850429(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GACCGTACAG |
SmilChr08G004907 |
Chr08 | NC_080394.1:58060948-58060957promoter 内 1385-1394 bp |
- | 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 58063564-58064755(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr08G002189 |
Chr08 | NC_080394.1:19774237-19774246promoter 内 1367-1376 bp |
+ | 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 19768857-19771612(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
SmilChr01G005891 |
Chr01 | NC_080387.1:74849841-74849850promoter 内 1350-1359 bp |
+ | 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 74852492-74855151(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
CTGTACGGTC |
SmilChr04G002259 |
Chr04 | NC_080390.1:36542477-36542486promoter 内 1335-1344 bp |
+ | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 36545143-36559440(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
CTGTACGGTC |
SmilChr01G002987 |
Chr01 | NC_080387.1:48792323-48792332promoter 内 1301-1310 bp |
- | 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 48795023-48814661(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
GTCCGTACGT |
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- | 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 58732871-58736966(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
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+ | 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 34589675-34594593(+) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
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- | 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 54914167-54917557(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
ACGTACGGAC |
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MP00634 |
CTGTACGGTC |
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- | 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 196026-242241(-) |
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+ | 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 9821263-9822500(-) |
SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
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SMil_00002845-RA_Salv |
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SMil_00002845-RA_Salv |
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+ | 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 24192112-24198150(+) |
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SMil_00002845-RA_Salv |
MP00634 |
CTGTACGGTC |
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MP00634 |
CTGTACGGTC |
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MP00634 |
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