转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 18 / 158 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003557 Chr03 NC_080389.1:54220784-54220791promoter 内 2975-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54218619-54219765(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237089-54237096promoter 内 2975-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54234924-54236070(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958120-31958127promoter 内 2968-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G001041 Chr01 NC_080387.1:21643125-21643132promoter 内 2965-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21637958-21642096(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G003520 Chr04 NC_080390.1:51579236-51579243promoter 内 2965-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51576554-51578207(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G002720 Chr04 NC_080390.1:42827313-42827320promoter 内 2964-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42828350-42829068(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G000579 Chr06 NC_080392.1:4962900-4962907promoter 内 2964-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4963937-4964655(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G002968 Chr03 NC_080389.1:46460389-46460396promoter 内 2961-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46461429-46465359(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000595 Chr04 NC_080390.1:6665972-6665979promoter 内 2959-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6662870-6664937(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G003090 Chr07 NC_080393.1:32635375-32635382promoter 内 2959-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32632226-32634340(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002841 Chr01 NC_080387.1:46982530-46982537promoter 内 2948-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46983583-46984509(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G002108 Chr01 NC_080387.1:37144997-37145004promoter 内 2947-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37141366-37143950(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G002394 Chr01 NC_080387.1:41245277-41245284promoter 内 2947-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41246331-41247259(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001722 Chr04 NC_080390.1:28484649-28484656promoter 内 2947-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28482472-28483602(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G003610 Chr01 NC_080387.1:54651361-54651368promoter 内 2943-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54652419-54653295(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1383039-1383046promoter 内 2940-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43053310-43053317promoter 内 2939-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43054372-43064125(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70680464-70680471promoter 内 2939-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70681526-70683890(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G003638 Chr01 NC_080387.1:54870884-54870891promoter 内 2936-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54871949-54872876(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G004348 Chr03 NC_080389.1:61751783-61751790promoter 内 2936-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61749799-61750725(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G000669 Chr06 NC_080392.1:5878953-5878960promoter 内 2936-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5877013-5877895(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G002454 Chr07 NC_080393.1:23062844-23062851promoter 内 2936-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23060904-23061786(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G003926 Chr02 NC_080388.1:61330669-61330676promoter 内 2930-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61331740-61332604(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000347 Chr04 NC_080390.1:3257452-3257459promoter 内 2923-2930 bp + 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3258530-3258973(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G002278 Chr03 NC_080389.1:35963078-35963085promoter 内 2922-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35964157-35965836(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G001952 Chr06 NC_080392.1:24134005-24134012promoter 内 2920-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24135086-24137747(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G002890 Chr07 NC_080393.1:29220049-29220056promoter 内 2920-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29214952-29218975(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G000993 Chr06 NC_080392.1:9809627-9809634promoter 内 2915-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9810713-9813662(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G002983 Chr04 NC_080390.1:46256091-46256098promoter 内 2909-2916 bp - 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46254345-46255006(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G001113 Chr05 NC_080391.1:9284151-9284158promoter 内 2900-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9282220-9283057(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G003690 Chr03 NC_080389.1:55841044-55841051promoter 内 2899-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55838321-55839949(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G003087 Chr07 NC_080393.1:32605112-32605119promoter 内 2898-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32602907-32604016(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28012294-28012301promoter 内 2894-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28010553-28011194(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000174 Chr04 NC_080390.1:1570793-1570800promoter 内 2889-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1571905-1573135(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49384131-49384138promoter 内 2886-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49382181-49383023(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G003348 Chr03 NC_080389.1:51820669-51820676promoter 内 2885-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51818628-51819560(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
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