转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 19 / 167 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001785 Chr04 NC_080390.1:29276425-29276445promoter 内 990-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 29264863-29273434(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGGAACGGATAAGGTGAAG
SmilChr05G004239 Chr05 NC_080391.1:56217681-56217701promoter 内 951-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 56209447-56214651(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGAAAATGGATAAGAATGTA
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73015139-73015159promoter 内 876-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73018264-73019041(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr08G000596 Chr08 NC_080394.1:4429488-4429508promoter 内 494-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 4432995-4436215(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATCATTATCCATATTTCT
SmilChr08G000599 Chr08 NC_080394.1:4445460-4445480promoter 内 490-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 4448971-4450899(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATCATTATCCATATTTCT
SmilChr05G001029 Chr05 NC_080391.1:8441308-8441328promoter 内 258-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 8445051-8448787(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATGGATAAAAATGCA
SmilChr02G004267 Chr02 NC_080388.1:64886946-64886966promoter 内 3907-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64885815-64886872(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTTTTATCCAAAACTGT
SmilChr03G002673 Chr03 NC_080389.1:42447576-42447596promoter 内 3848-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42447729-42447802(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCTTACTTATCCATAAATTT
SmilChr03G002685 Chr03 NC_080389.1:42725406-42725426promoter 内 3843-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42725564-42725637(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCTTACTTATCCATAAATTT
SmilChr02G000621 Chr02 NC_080388.1:9175156-9175176promoter 内 3708-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9172242-9174883(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAGTTAGGATAAGATTAAA
SmilChr07G002740 Chr07 NC_080393.1:26902968-26902988promoter 内 3549-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26897429-26902536(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAACTTATCCAATTCTTT
SmilChr01G000270 Chr01 NC_080387.1:5329263-5329283promoter 内 3543-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5329721-5330807(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGGGTGTGGAGAAGGATAAG
SmilChr03G002257 Chr03 NC_080389.1:35526715-35526735promoter 内 3506-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35522220-35526240(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAATTTGGATAATAATAAT
SmilChr01G003181 Chr01 NC_080387.1:50593547-50593567promoter 内 3424-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50587005-50592990(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACGTATTGGATAAGATAGGT
SmilChr01G005147 Chr01 NC_080387.1:69255030-69255050promoter 内 3424-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69252152-69254473(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAGAATGGATAAAAAAAGG
SmilChr04G002338 Chr04 NC_080390.1:37732118-37732138promoter 内 3150-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37730213-37731287(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATTCTTATCCAAAACTAA
SmilChr02G004268 Chr02 NC_080388.1:64886946-64886966promoter 内 3104-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64887843-64905621(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAGTTTTGGATAAAAATAAT
SmilChr02G000425 Chr02 NC_080388.1:5427302-5427322promoter 内 3059-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5424566-5426380(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGCGCCTTATCCGGTTCTGG
SmilChr02G000426 Chr02 NC_080388.1:5427302-5427322promoter 内 2913-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5428390-5432739(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAGAACCGGATAAGGCGCGG
SmilChr04G004170 Chr04 NC_080390.1:56341976-56341996promoter 内 2846-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56343131-56349827(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAATCTTATCCAATCTCCT
SmilChr04G002339 Chr04 NC_080390.1:37732118-37732138promoter 内 2621-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37733498-37735638(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGTTTTGGATAAGAATAAA
SmilChr06G000487 Chr06 NC_080392.1:3997889-3997909promoter 内 2585-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3999305-4004780(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATCCTTATCTTATACTCC
SmilChr04G000144 Chr04 NC_080390.1:1247428-1247448promoter 内 2584-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1248845-1259176(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAAAGTGGATAAGCCTATA
SmilChr06G000157 Chr06 NC_080392.1:1095828-1095848promoter 内 2536-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1097293-1098918(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCACGTTATCCAGTACTTG
SmilChr04G000560 Chr04 NC_080390.1:6263348-6263368promoter 内 2454-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6261040-6261821(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAAATTGGATAAGGGTAAG
SmilChr06G001086 Chr06 NC_080392.1:10866931-10866951promoter 内 2314-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10868618-10872009(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTAAAGTAGATAAGGTTGAT
SmilChr07G002869 Chr07 NC_080393.1:28901297-28901317promoter 内 2267-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28895037-28899583(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATCCTTATCTGGATTTAC
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15672121-15672141promoter 内 2181-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15673941-15675703(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCAAAAAGGATAAGGCTCAT
SmilChr02G003174 Chr02 NC_080388.1:52870567-52870587promoter 内 2170-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52867986-52868756(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAAGTGGATAAAGAAAAA
SmilChr04G000983 Chr04 NC_080390.1:13253517-13253537promoter 内 2129-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13250427-13251665(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGAGCCTTATCCAATTATTC
SmilChr03G004680 Chr03 NC_080389.1:64233264-64233284promoter 内 2044-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64227198-64231327(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCCGGTATGGATAAGATCGAG
SmilChr05G002178 Chr05 NC_080391.1:23225597-23225617promoter 内 2008-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23221247-23223624(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAACCTTATCTTTTCCAAT
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8463822-8463842promoter 内 1968-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGAAGTGGATAAGGTGAAA
SmilChr06G002239 Chr06 NC_080392.1:31704506-31704526promoter 内 1800-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 31698820-31702325(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATACTGGATAATTATCAG
SmilChr07G003321 Chr07 NC_080393.1:35475267-35475287promoter 内 1768-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35469003-35473054(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGGAACCGGATAAGGCTCAA
SmilChr05G001232 Chr05 NC_080391.1:10417350-10417370promoter 内 1686-1706 bp - 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10407889-10415055(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAAATTGGATAAGATGGAA
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