转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 19 / 161 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2550116-2550130promoter 内 2653-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 2548627-2548782(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTCTGCCGACGATG
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2550116-2550130promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 2545090-2548398(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTCTGCCGACGATG
SmilChr01G003665 Chr01 NC_080387.1:55071088-55071102promoter 内 3278-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 55067997-55070379(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCAGTGCCGACACCG
SmilChr03G003035 Chr03 NC_080389.1:47254492-47254506promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 47255389-47259511(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTTGCCGACATTC
SmilChr05G000360 Chr05 NC_080391.1:2690184-2690198promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 2686892-2688531(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCAGTGG
SmilChr08G003249 Chr08 NC_080394.1:33457789-33457803promoter 内 2260-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 33455613-33456062(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGCGTCGGCAGCCG
SmilChr08G004216 Chr08 NC_080394.1:51549503-51549517promoter 内 2135-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 51544308-51547651(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCACTGG
SmilChr03G003610 Chr03 NC_080389.1:54727228-54727242promoter 内 2057-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 54724309-54725298(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATGTCGGCGGTGG
SmilChr02G004710 Chr02 NC_080388.1:69366939-69366953promoter 内 1802-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 69363678-69364754(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGTGTCGGCGCCAG
SmilChr03G003611 Chr03 NC_080389.1:54727228-54727242promoter 内 1719-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 54729510-54733400(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATGA
SmilChr07G003958 Chr07 NC_080393.1:50208679-50208693promoter 内 1273-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 50211407-50212162(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCACTGG
SmilChr06G000849 Chr06 NC_080392.1:8045046-8045060promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 8036458-8041672(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCGGTGT
SmilChr06G003201 Chr06 NC_080392.1:44866234-44866248promoter 内 591-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 44857057-44862838(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCCTGCCGACGGCG
SmilChr02G004537 Chr02 NC_080388.1:67965385-67965399promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 67957432-67961793(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTGTCGGCGCCCG
SmilChr07G000413 Chr07 NC_080393.1:2863288-2863302promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 2855138-2859320(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGGTGCCGACAGAC
SmilChr02G005137 Chr02 NC_080388.1:72807992-72808006promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 72808008-72808742(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGTTGCCGACAGAA
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25197322-25197336promoter 内 3662-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTCGCCGACATAT
SmilChr07G001888 Chr07 NC_080393.1:16324919-16324933promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16324486-16324567(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGTCGCCGACATGG
SmilChr05G002146 Chr05 NC_080391.1:22631115-22631129promoter 内 3533-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 22631583-22654065(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATGA
SmilChr04G003651 Chr04 NC_080390.1:53002591-53002605promoter 内 3476-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53003116-53005290(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTGCGCCGACACCA
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49472515-49472529promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCACCGCCGACAAAT
SmilChr04G002740 Chr04 NC_080390.1:43069215-43069229promoter 内 3362-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43068506-43068590(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTACCGCCGACACCA
SmilChr05G002145 Chr05 NC_080391.1:22631115-22631129promoter 内 3079-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 22620611-22630207(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G002221 Chr03 NC_080389.1:34982583-34982597promoter 内 3030-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 34983554-35016343(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACTGCCGACATCT
SmilChr02G002449 Chr02 NC_080388.1:42743693-42743707promoter 内 3016-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 42744678-42752394(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCAAAGA
SmilChr04G003280 Chr04 NC_080390.1:49472515-49472529promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49473533-49475517(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCGGTGC
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71919380-71919394promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71914545-71918322(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACCGCCGACATGA
SmilChr07G000761 Chr07 NC_080393.1:5342539-5342553promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5343697-5344548(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGTCGA
SmilChr07G000760 Chr07 NC_080393.1:5343952-5343966promoter 内 2760-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5342012-5342725(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGTCGA
SmilChr01G002733 Chr01 NC_080387.1:45684358-45684372promoter 内 2722-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45685637-45692581(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTAGCCGACACAC
SmilChr07G001889 Chr07 NC_080393.1:16324919-16324933promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16326499-16329728(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGTCGGCGACGC
SmilChr07G000416 Chr07 NC_080393.1:2863288-2863302promoter 内 2289-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2865000-2877630(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCTGTCGGCACCGG
SmilChr05G003360 Chr05 NC_080391.1:44395741-44395755promoter 内 2240-2254 bp - 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44392465-44393994(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCCGTCGGCAAAGG
SmilChr07G004647 Chr07 NC_080393.1:59312185-59312199promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59304323-59310431(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTCCGCCGACAATA
SmilChr08G002011 Chr08 NC_080394.1:17869174-17869188promoter 内 2206-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 17870969-17874254(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCTGCCGACATTT
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