转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 21 / 141 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003753 Chr08 NC_080394.1:42632648-42632662promoter 内 1843-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 42634806-42635723(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCTGTCGGTGATGA
SmilChr04G004155 Chr04 NC_080390.1:56258138-56258152promoter 内 1538-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56252704-56255689(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCGTCGGTGGTGC
SmilChr02G005201 Chr02 NC_080388.1:73265262-73265276promoter 内 1517-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 73267746-73279949(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTCACCGACAGCT
SmilChr06G002841 Chr06 NC_080392.1:41181934-41181948promoter 内 1364-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41173428-41179311(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCACCGACAACG
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76051322-76051336promoter 内 1317-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGATGTCGGTGGAAG
SmilChr05G000054 Chr05 NC_080391.1:251466-251480promoter 内 1124-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 254343-255586(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCCGCCGACAACA
SmilChr05G002089 Chr05 NC_080391.1:21885584-21885598promoter 内 1100-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 21880892-21882697(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGTGGCGGTGGAGG
SmilChr07G003503 Chr07 NC_080393.1:39905761-39905775promoter 内 1068-1082 bp - 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39908694-39910141(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGCCACCGACATCT
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76051322-76051336promoter 内 1010-1024 bp + 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGACATCC
SmilChr05G000036 Chr05 NC_080391.1:171837-171851promoter 内 982-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 166051-168832(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGTCGGTGGTGT
SmilChr07G004476 Chr07 NC_080393.1:57313469-57313483promoter 内 814-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57308048-57310296(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCACCGACGAGG
SmilChr01G003108 Chr01 NC_080387.1:49893983-49893997promoter 内 799-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49889548-49890795(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCGTCGGTGGTGA
SmilChr02G000751 Chr02 NC_080388.1:12266331-12266345promoter 内 761-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12261593-12263105(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCACCG
SmilChr07G002707 Chr07 NC_080393.1:26453559-26453573promoter 内 624-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26456936-26459485(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGTGGCGGTGGAGG
SmilChr06G000849 Chr06 NC_080392.1:8045046-8045060promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8036458-8041672(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTTGTCGGCGGTGT
SmilChr05G002303 Chr05 NC_080391.1:24900935-24900949promoter 内 514-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24895899-24897462(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCGCCGACAATC
SmilChr02G004897 Chr02 NC_080388.1:70989540-70989554promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70984733-70986063(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGTGGCGGTGGAGG
SmilChr01G003628 Chr01 NC_080387.1:54824105-54824119promoter 内 468-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54817452-54820586(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCCCACCGACGAGG
SmilChr03G001377 Chr03 NC_080389.1:16298912-16298926promoter 内 334-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16302579-16304191(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTCGCCGACAACG
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54941634-54941648promoter 内 310-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCCCACCGACGAGG
SmilChr03G004649 Chr03 NC_080389.1:64041812-64041826promoter 内 288-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 64035093-64038113(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGACACCGACATCG
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1842074-1842088promoter 内 3-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCGTCGGTGGTGA
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15678129-15678143promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 15674776-15677238(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACAAGA
SmilChr06G003005 Chr06 NC_080392.1:42925059-42925073promoter 内 523-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 42916904-42921595(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTTGTCGGCGCCGG
SmilChr03G003076 Chr03 NC_080389.1:47782320-47782334promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 47781488-47782284(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGGCACCGACAACG
SmilChr03G002532 Chr03 NC_080389.1:40379325-40379339promoter 内 3506-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 40379820-40380477(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGCGTG
SmilChr04G003043 Chr04 NC_080390.1:46945230-46945244promoter 内 3102-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 46946129-46948705(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCCACCGACGTTG
SmilChr04G003172 Chr04 NC_080390.1:48390830-48390844promoter 内 3018-3032 bp + 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 48387346-48389861(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCCACCGACGTTG
SmilChr04G003308 Chr04 NC_080390.1:49817137-49817151promoter 内 2580-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 49818558-49827362(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTCACCGACAGTC
SmilChr05G003707 Chr05 NC_080391.1:50151185-50151199promoter 内 2500-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50141306-50149698(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACAAGA
SmilChr08G004614 Chr08 NC_080394.1:55693951-55693965promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55689100-55691831(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGCCCACCGACGCTG
SmilChr04G002364 Chr04 NC_080390.1:38123258-38123272promoter 内 1066-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 38126193-38127457(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACGTCGGTGGCCG
SmilChr03G000677 Chr03 NC_080389.1:7554189-7554203promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 7557187-7558956(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACAAGA
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54755507-54755521promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACAAGT
SmilChr01G002724 Chr01 NC_080387.1:45583463-45583477promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45581067-45582901(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTCCACCGACGACG
SmilChr06G000453 Chr06 NC_080392.1:3672969-3672983promoter 内 3396-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3673574-3675178(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCCACCGACACGA
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