转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 22 / 138 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001558 Chr03 NC_080389.1:19654961-19654973promoter 内 3187-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 19644373-19654159(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACGTT
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24729751-24729763promoter 内 3125-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 24730627-24732489(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGGTCAACGAA
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50762298-50762310promoter 内 2313-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 50759571-50760622(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTGAC
SmilChr02G003176 Chr02 NC_080388.1:52886042-52886054promoter 内 1741-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52888302-52888943(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTGAC
SmilChr03G000882 Chr03 NC_080389.1:10018390-10018402promoter 内 1649-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 10011657-10016050(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTAAT
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17239576-17239588promoter 内 1445-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 17235549-17237032(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTACC
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19654961-19654973promoter 内 822-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 19658140-19659509(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTGAC
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46515978-46515990promoter 内 447-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 46519532-46525194(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACCCCT
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58966864-58966876promoter 内 116-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58960737-58962991(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGGTCAACGAA
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74785825-74785837promoter 内 3653-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACAGTCAACCGT
SmilChr01G001238 Chr01 NC_080387.1:24792083-24792095promoter 内 3641-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 24792443-24794315(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGGTCAACGAA
SmilChr03G000695 Chr03 NC_080389.1:7759713-7759725promoter 内 3366-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 7757822-7759090(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACGTT
SmilChr02G005438 Chr02 NC_080388.1:74785825-74785837promoter 内 2974-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 74783142-74784810(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGGTTGACTGTG
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43053308-43053320promoter 内 2937-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43054372-43064125(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTCC
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24792083-24792095promoter 内 2730-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 24788419-24790824(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACCGAA
SmilChr02G002365 Chr02 NC_080388.1:41450022-41450034promoter 内 2615-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 41451408-41452333(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGGTCAACGGA
SmilChr01G001208 Chr01 NC_080387.1:24298877-24298889promoter 内 2405-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 24300473-24301747(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACCCGA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57225152-57225164promoter 内 2369-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAACGGT
SmilChr01G001721 Chr01 NC_080387.1:31683531-31683543promoter 内 2269-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 31685263-31686471(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACGTT
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085114-62085126promoter 内 1724-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAACGCT
SmilChr03G003243 Chr03 NC_080389.1:50327373-50327385promoter 内 1665-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50329709-50331573(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACGTT
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29619713-29619725promoter 内 1207-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 29622507-29624733(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTCTG
SmilChr02G005437 Chr02 NC_080388.1:74785825-74785837promoter 内 1062-1074 bp - 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 74777892-74782898(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGGTTGACTGTG
SmilChr03G000487 Chr03 NC_080389.1:5191800-5191812promoter 内 981-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5194820-5202987(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGGTCAACGGA
SmilChr02G002967 Chr02 NC_080388.1:50192839-50192851promoter 内 653-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50182192-50189503(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAAGTCAACGAC
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880365-16880377promoter 内 637-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTCTG
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12437273-12437285promoter 内 440-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTCTG
SmilChr01G004532 Chr01 NC_080387.1:63498946-63498958promoter 内 267-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63493513-63495224(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTATA
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37868213-37868225promoter 内 162-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTCTG
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56654271-56654283promoter 内 2280-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 56655992-56661823(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTAAC
SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35985454-35985466promoter 内 2580-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 35982980-35984045(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACTACT
SmilChr02G003679 Chr02 NC_080388.1:58163061-58163073promoter 内 2220-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 58159880-58161292(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTGTA
SmilChr02G003680 Chr02 NC_080388.1:58163061-58163073promoter 内 1774-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 58165288-58170625(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACAGTCAACGAA
SmilChr03G001214 Chr03 NC_080389.1:13962009-13962021promoter 内 1668-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 13949030-13959688(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACCGCC
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69860787-69860799promoter 内 1437-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 69863351-69865064(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTGAG
SmilChr01G004472 Chr01 NC_080387.1:62819199-62819211promoter 内 1360-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 62821840-62825865(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACGAT
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