转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 23 / 139 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004832 Chr01 NC_080387.1:66451979-66451992promoter 内 77-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 66455903-66457952(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr01G005913 Chr01 NC_080387.1:74966444-74966457promoter 内 3313-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 74967132-74968905(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCTCCGTCCAA
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64423461-64423474promoter 内 3081-3094 bp - 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 64424381-64430938(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829314-55829327promoter 内 2795-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 55830520-55832866(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr01G000775 Chr01 NC_080387.1:16873755-16873768promoter 内 2525-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 16869258-16872292(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr01G002653 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 2157-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44839835-44842467(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G002659 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 1723-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44841936-44842033(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G002658 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 1373-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44841605-44841683(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G002657 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 1190-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44841411-44841500(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr05G001576 Chr05 NC_080391.1:14429883-14429896promoter 内 1091-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 14432793-14434284(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTTCACCGTCCAA
SmilChr01G002656 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 835-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44841020-44841145(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G003673 Chr01 NC_080387.1:55166915-55166928promoter 内 717-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 55170199-55171722(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCCGT
SmilChr01G002655 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 476-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44840703-44840786(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G002654 Chr01 NC_080387.1:44844298-44844311promoter 内 340-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 44840508-44840650(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr05G003929 Chr05 NC_080391.1:53057297-53057310promoter 内 3813-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 53057485-53059626(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTCCACCGTCCAA
SmilChr05G001542 Chr05 NC_080391.1:14128357-14128370promoter 内 3722-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 14125695-14128091(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGACGGTGGGGG
SmilChr01G001993 Chr01 NC_080387.1:35327177-35327190promoter 内 2854-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 35328324-35336128(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGACCCT
SmilChr05G001543 Chr05 NC_080391.1:14128357-14128370promoter 内 2334-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 14130024-14133923(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCCCACCGTCACC
SmilChr01G004530 Chr01 NC_080387.1:63486388-63486401promoter 内 2227-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 63482028-63484627(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr02G004148 Chr02 NC_080388.1:63810891-63810904promoter 内 2083-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 63804244-63808986(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCCCACCGTCACC
SmilChr04G001909 Chr04 NC_080390.1:31188315-31188328promoter 内 1827-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 31178524-31186154(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGACGGTGGCAG
SmilChr01G004831 Chr01 NC_080387.1:66451872-66451885promoter 内 1698-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 66440004-66449582(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGGCGGTGGAGA
SmilChr03G002443 Chr03 NC_080389.1:38826209-38826222promoter 内 1316-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 38828894-38831374(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGGCGGTGGAGA
SmilChr01G005056 Chr01 NC_080387.1:68492456-68492469promoter 内 831-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 68486364-68489299(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTCGACGGTGGTGG
SmilChr04G001911 Chr04 NC_080390.1:31188367-31188380promoter 内 587-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 31191781-31196299(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCCGT
SmilChr07G000694 Chr07 NC_080393.1:4753551-4753564promoter 内 533-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 4757019-4766167(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTGCACCGTCCAA
SmilChr01G001992 Chr01 NC_080387.1:35327177-35327190promoter 内 156-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 35321960-35323345(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGGGTCGGTGGAGC
SmilChr05G001106 Chr05 NC_080391.1:9179571-9179584promoter 内 3676-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9179896-9182932(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGGCGGTGGAGA
SmilChr05G001232 Chr05 NC_080391.1:10415504-10415517promoter 内 3539-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 10407889-10415055(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGGCGGTGGAGA
SmilChr01G004642 Chr01 NC_080387.1:64456744-64456757promoter 内 3281-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64457464-64462184(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr05G003477 Chr05 NC_080391.1:46156109-46156122promoter 内 3110-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46154175-46155231(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69096725-69096738promoter 内 3017-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69091695-69095754(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr01G000845 Chr01 NC_080387.1:18296256-18296269promoter 内 2955-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 18297302-18299187(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58525513-58525526promoter 内 2877-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTGCACCGTCCAA
SmilChr05G001105 Chr05 NC_080391.1:9179571-9179584promoter 内 2777-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9177029-9178360(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCTC
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SmilChr03G000485 Chr03 NC_080389.1:5172639-5172652promoter 内 1255-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5175385-5177046(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGTGCAGA