转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 23 / 147 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005102 Chr02 NC_080388.1:72563471-72563484promoter 内 3874-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72561030-72563357(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G000991 Chr01 NC_080387.1:20931020-20931033promoter 内 3841-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 20931180-20931512(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTATTTC
SmilChr03G002297 Chr03 NC_080389.1:36190243-36190256promoter 内 3797-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 36185510-36190052(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTTTAA
SmilChr03G001818 Chr03 NC_080389.1:24844659-24844672promoter 内 3796-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 24844864-24846175(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCCTGTT
SmilChr01G004992 Chr01 NC_080387.1:67951907-67951920promoter 内 3700-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 67952208-67955835(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G000477 Chr01 NC_080387.1:9784976-9784989promoter 内 3639-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9785338-9787272(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACAAAGTCAACAA
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31293407-31293420promoter 内 3618-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 31293790-31297449(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAATAGTCAACAG
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549200-2549213promoter 内 3570-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18819411-18819424promoter 内 3570-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18819842-18819997(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001058 Chr02 NC_080388.1:18827473-18827486promoter 内 3570-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18827904-18828059(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTC
SmilChr04G000307 Chr04 NC_080390.1:2836918-2836931promoter 内 3429-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2837490-2852308(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTTG
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2549200-2549213promoter 内 3186-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2545090-2548398(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTC
SmilChr02G001056 Chr02 NC_080388.1:18819411-18819424promoter 内 3186-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18820226-18823614(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTC
SmilChr02G000593 Chr02 NC_080388.1:8492512-8492525promoter 内 3035-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8493478-8565262(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACTAGGTCAACGG
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477773-35477786promoter 内 2676-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTAAAAGTCAACAC
SmilChr03G000755 Chr03 NC_080389.1:8637248-8637261promoter 内 2574-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8638675-8640067(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAACAT
SmilChr01G002279 Chr01 NC_080387.1:39580784-39580797promoter 内 2282-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 39582503-39591376(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTACGTT
SmilChr03G000508 Chr03 NC_080389.1:5481924-5481937promoter 内 2176-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5483749-5488480(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTTTCT
SmilChr02G002628 Chr02 NC_080388.1:45640264-45640277promoter 内 1743-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45635359-45638019(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAACAT
SmilChr04G000893 Chr04 NC_080390.1:11478729-11478742promoter 内 1605-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 11473334-11476346(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTGAAGTCAACGC
SmilChr01G001824 Chr01 NC_080387.1:33189828-33189841promoter 内 1261-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33184536-33187101(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAGAGTCAACGG
SmilChr03G004255 Chr03 NC_080389.1:61035107-61035120promoter 内 1182-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61037926-61042098(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAACTA
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033937-48033950promoter 内 705-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTATTTT
SmilChr04G000306 Chr04 NC_080390.1:2836918-2836931promoter 内 697-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 2830675-2833627(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAAAGA
SmilChr01G004383 Chr01 NC_080387.1:62007289-62007302promoter 内 662-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62010628-62013104(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTGTAC
SmilChr03G002604 Chr03 NC_080389.1:41426249-41426262promoter 内 613-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 41429637-41432804(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTAGGTCAACGG
SmilChr02G000986 Chr02 NC_080388.1:17340552-17340565promoter 内 495-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 17344058-17346016(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAACAT
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15457468-15457481promoter 内 435-448 bp - 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 15461034-15462749(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAACAT
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73880171-73880184promoter 内 291-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTCAAT
SmilChr03G001820 Chr03 NC_080389.1:24844659-24844672promoter 内 234-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 24848426-24858099(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCCTGTT
SmilChr02G000493 Chr02 NC_080388.1:6747774-6747787promoter 内 623-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 6751152-6755117(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAAGG
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75031747-75031760promoter 内 3937-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 75029459-75031696(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAATAGTCAACAC
SmilChr04G002023 Chr04 NC_080390.1:32808860-32808873promoter 内 2563-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 32805679-32807435(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCATGGTCAACGG
SmilChr04G000785 Chr04 NC_080390.1:9658436-9658449promoter 内 968-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 9652815-9655416(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCTAAGT
SmilChr02G000003 Chr02 NC_080388.1:25707-25720promoter 内 626-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 21172-22345(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAAGG
SmilChr02G005184 Chr02 NC_080388.1:73150572-73150585promoter 内 229-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 73145483-73146813(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCTAAGT
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