转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 24 / 123 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001963 Chr02 NC_080388.1:35457712-35457726promoter 内 711-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35451519-35454436(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCTTTGACTTTTAT
SmilChr02G002289 Chr02 NC_080388.1:40435316-40435330promoter 内 706-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40431150-40432035(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTTTTGACTTTTGC
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60481491-60481505promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60477960-60478183(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACCTTGACTTGGTT
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53115863-53115877promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCCTTGACTTTTAA
SmilChr01G006110 Chr01 NC_080387.1:76636340-76636354promoter 内 584-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 76639757-76649941(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACGTTGACTTCTCA
SmilChr01G000162 Chr01 NC_080387.1:2698388-2698402promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2701871-2702522(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAAAAAGTCAATGGA
SmilChr01G000041 Chr01 NC_080387.1:658340-658354promoter 内 337-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 653350-654690(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTCTTGACTTTGAG
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55770327-55770341promoter 内 313-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55759079-55766653(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CATCAAGTCAACGCA
SmilChr01G004748 Chr01 NC_080387.1:65651021-65651035promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65644932-65647233(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACAAAGTCAACAAG
SmilChr02G002702 Chr02 NC_080388.1:46866461-46866475promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46859463-46862670(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACAAGTCAAGGTA
SmilChr02G001051 Chr02 NC_080388.1:18749329-18749343promoter 内 104-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18741084-18745446(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCTTTGACTTTTAT
SmilChr01G000008 Chr01 NC_080387.1:178106-178120promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 7 170625-174523(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCGTTGACTCTGCG
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31010476-31010490promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 31008781-31009443(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACGTTGACTTCGAA
SmilChr01G001682 Chr01 NC_080387.1:31010476-31010490promoter 内 1186-1200 bp - 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 31013291-31016406(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGAAGTCAACGTC
SmilChr01G005832 Chr01 NC_080387.1:74328773-74328787promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 74331639-74338489(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGACAAGTCAACAAA
SmilChr01G002169 Chr01 NC_080387.1:37793389-37793403promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 37793240-37793311(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGAAAGTCAAAACC
SmilChr01G003079 Chr01 NC_080387.1:49621123-49621137promoter 内 3516-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 49617313-49620652(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATTTTGACTTTGTT
SmilChr01G001561 Chr01 NC_080387.1:29625323-29625337promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 29627009-29628114(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACGTTGACCATCCC
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64833790-64833804promoter 内 2109-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 64835682-64837584(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCGTTGACTACTTT
SmilChr01G002482 Chr01 NC_080387.1:42558218-42558232promoter 内 1623-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 42554436-42555854(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAAAGAA
SmilChr02G000728 Chr02 NC_080388.1:11826919-11826933promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 11829332-11830760(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCCAAGTCAACCAT
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64286078-64286092promoter 内 1230-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 64288849-64296311(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCCTTGACTTGTCA
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33443841-33443855promoter 内 998-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 33438179-33440852(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAGAGTCAACGAA
SmilChr01G001680 Chr01 NC_080387.1:31010476-31010490promoter 内 817-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 31005862-31007306(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACGTTGACTTCGAA
SmilChr01G003676 Chr01 NC_080387.1:55177041-55177055promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 55180477-55184096(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAAAACT
SmilChr02G004436 Chr02 NC_080388.1:66745825-66745839promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 66749520-66753009(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCACAAGTCAACCAA
SmilChr01G003172 Chr01 NC_080387.1:50527990-50528004promoter 内 3977-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 50522332-50527980(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAACTAC
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76961830-76961844promoter 内 3850-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 76960132-76961693(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGCAAGTCAACAAC
SmilChr02G002127 Chr02 NC_080388.1:38090837-38090851promoter 内 3699-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 38091139-38092294(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCCAAGTCAACCCC
SmilChr02G004435 Chr02 NC_080388.1:66745825-66745839promoter 内 3329-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 66741004-66745167(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGGTTGACTTGTGC
SmilChr01G001229 Chr01 NC_080387.1:24575666-24575680promoter 内 2971-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 24569064-24574650(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCTTTGACTTTCAA
SmilChr01G001160 Chr01 NC_080387.1:23563697-23563711promoter 内 2691-2705 bp + 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 23565007-23582155(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACTTTGACTTGTTT
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63458296-63458310promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63455483-63456929(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCAAAGTCAAAAGT
SmilChr01G005023 Chr01 NC_080387.1:68207458-68207472promoter 内 2602-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 68202894-68206073(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAAAAGTCAACATT
SmilChr01G000295 Chr01 NC_080387.1:5827637-5827651promoter 内 2262-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 5823879-5825912(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCAAAGTCAAAAGT
SmilChr01G004582 Chr01 NC_080387.1:63861713-63861727promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63856577-63859827(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATAAAAGTCAAGGAG
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