转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 24 / 119 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6989201-6989211promoter 内 3026-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 6981145-6988236(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr01G002872 Chr01 NC_080387.1:47320104-47320114promoter 内 3025-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47317702-47319138(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TAAAGTCAACC
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958120-31958130promoter 内 2965-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATCAGTCAACG
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18426746-18426756promoter 内 2868-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18427879-18429114(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GATGGTCAACG
SmilChr01G004354 Chr01 NC_080387.1:61728791-61728801promoter 内 2844-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61727024-61727644(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TAAAGTCAACC
SmilChr02G000952 Chr02 NC_080388.1:16561383-16561393promoter 内 2653-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16562731-16563586(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATCAGTCAACG
SmilChr02G000954 Chr02 NC_080388.1:16571755-16571765promoter 内 2588-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16569435-16570352(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATCAGTCAACG
SmilChr01G002540 Chr01 NC_080387.1:43449061-43449071promoter 内 2569-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43450493-43453062(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GATGGTCAACG
SmilChr01G001888 Chr01 NC_080387.1:33991596-33991606promoter 内 2471-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33986408-33990076(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATCAGTCAACG
SmilChr01G001838 Chr01 NC_080387.1:33322678-33322688promoter 内 2294-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33316125-33320981(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68620620-68620630promoter 内 2155-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GATGGTCAACG
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45794088-45794098promoter 内 1919-1929 bp + 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45796170-45797467(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GATGGTCAACG
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61728791-61728801promoter 内 1860-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61726229-61726660(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TAAAGTCAACC
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668854-68668864promoter 内 1777-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 68671078-68671149(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCGAGTCAACG
SmilChr01G003373 Chr01 NC_080387.1:52434640-52434650promoter 内 1712-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52436929-52438863(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421806-64421816promoter 内 1426-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr02G003278 Chr02 NC_080388.1:54076594-54076604promoter 内 1227-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54072679-54073830(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTCGT
SmilChr01G002763 Chr01 NC_080387.1:46030109-46030119promoter 内 1223-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46032887-46037175(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCA
SmilChr02G002991 Chr02 NC_080388.1:50580391-50580401promoter 内 1154-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 50574042-50577554(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTCGT
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2583474-2583484promoter 内 995-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834221promoter 内 957-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 66837255-66837328(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCGAGTCAACG
SmilChr01G001829 Chr01 NC_080387.1:33234401-33234411promoter 内 879-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33227865-33231289(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCA
SmilChr02G001851 Chr02 NC_080388.1:33734737-33734747promoter 内 808-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33737930-33738989(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAT
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834221promoter 内 639-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCGAGTCAACG
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73880172-73880182promoter 内 292-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCA
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39157655-39157665promoter 内 46-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTGAG
SmilChr01G003211 Chr01 NC_080387.1:50885382-50885392promoter 内 3931-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 8 50882790-50885322(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTTTC
SmilChr01G001825 Chr01 NC_080387.1:33197785-33197795promoter 内 1983-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 8 33194132-33195777(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCC
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22637450-22637460promoter 内 465-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 22633016-22633924(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTAGA
SmilChr01G001200 Chr01 NC_080387.1:24170071-24170081promoter 内 3524-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 24160292-24169604(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAACC
SmilChr01G004259 Chr01 NC_080387.1:60853952-60853962promoter 内 3148-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 60854805-60856481(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAACC
SmilChr01G001389 Chr01 NC_080387.1:27299639-27299649promoter 内 1387-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 27294933-27297035(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCC
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55348304-55348314promoter 内 632-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 55351673-55352897(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAACC
SmilChr02G001223 Chr02 NC_080388.1:22492644-22492654promoter 内 1119-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 22480981-22489772(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTTTC
SmilChr02G003441 Chr02 NC_080388.1:55689005-55689015promoter 内 3174-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 55684467-55688188(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGAAGTCAACG
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43053310-43053320promoter 内 2939-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 43054372-43064125(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTTCC
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SmilChr02G001735 Chr02 NC_080388.1:31892583-31892593promoter 内 1574-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 31887148-31890166(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
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