转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003439; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005108-RA_Salv SmilChr03G003439 bHLH XP_057798243.1 MP00195 TTAGCAACTTGCAT

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 6878 个候选靶基因 第 24 / 138 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005370 Chr02 NC_080388.1:74400062-74400075promoter 内 2132-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 74374767-74398206(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CAGCAAGTTGGAGA
SmilChr02G004350 Chr02 NC_080388.1:65759072-65759085promoter 内 1998-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 65761075-65764167(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGGCAAGTTGAATG
SmilChr03G000491 Chr03 NC_080389.1:5261289-5261302promoter 内 1950-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5263340-5269150(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTAACAACTTGCCA
SmilChr03G000704 Chr03 NC_080389.1:7847446-7847459promoter 内 1885-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7849562-7854237(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CATTCAACTTGCCC
SmilChr02G000651 Chr02 NC_080388.1:9844615-9844628promoter 内 1874-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9842430-9842501(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGAAAA
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6383862-6383875promoter 内 1870-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGATTC
SmilChr01G002590 Chr01 NC_080387.1:44025005-44025018promoter 内 1769-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 44021752-44022786(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGACAAGTTGACGC
SmilChr03G000548 Chr03 NC_080389.1:5945730-5945743promoter 内 1742-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5940181-5943484(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTATCAACTTGCAA
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33707890-33707903promoter 内 1633-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCGGCAACTTGAGC
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9844615-9844628promoter 内 1606-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9840881-9842233(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGAAAA
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72275365-72275378promoter 内 1554-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCAGCAACTTGTTC
SmilChr03G000796 Chr03 NC_080389.1:9103628-9103641promoter 内 1473-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9106156-9111638(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTAACAACTTGCCA
SmilChr02G005449 Chr02 NC_080388.1:74849168-74849181promoter 内 1455-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 74843521-74846635(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAATCAACTTGCCA
SmilChr02G002711 Chr02 NC_080388.1:46968327-46968340promoter 内 1344-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46963126-46965683(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AGAGCAACTTGTAC
SmilChr02G000100 Chr02 NC_080388.1:1289885-1289898promoter 内 1280-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 1292606-1292941(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TATTCCACTTGCAT
SmilChr03G003487 Chr03 NC_080389.1:53450576-53450589promoter 内 800-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53445101-53447388(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 AAAGCAACTTGCAA
SmilChr02G002731 Chr02 NC_080388.1:47224008-47224021promoter 内 730-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47227279-47232620(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CCTCCAACTTGCTT
SmilChr03G001680 Chr03 NC_080389.1:22085620-22085633promoter 内 729-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22076687-22082361(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGATTC
SmilChr01G004176 Chr01 NC_080387.1:60217737-60217750promoter 内 689-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60221049-60221173(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGGCAACTTGACG
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7872548-7872561promoter 内 540-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7864881-7869100(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGGTTA
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4755399-4755412promoter 内 464-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 4758936-4763213(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GATCCAACTTGCCG
SmilChr01G004177 Chr01 NC_080387.1:60217737-60217750promoter 内 432-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 60221306-60221392(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGGCAACTTGACG
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64386037-64386050promoter 内 303-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGATAT
SmilChr01G000656 Chr01 NC_080387.1:14623101-14623114promoter 内 298-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14614324-14619411(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGATTC
SmilChr01G000602 Chr01 NC_080387.1:13100291-13100304promoter 内 255-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13104037-13106969(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAATCAACTTGCCA
SmilChr03G000490 Chr03 NC_080389.1:5261289-5261302promoter 内 249-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5256145-5257550(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGTTAA
SmilChr02G001018 Chr02 NC_080388.1:17953589-17953602promoter 内 192-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17957398-17959035(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAATCCACTTGCAA
SmilChr01G003078 Chr01 NC_080387.1:49610178-49610191promoter 内 3534-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 7 49610645-49613660(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGACAACTTGCCA
SmilChr01G003077 Chr01 NC_080387.1:49610178-49610191promoter 内 2827-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 6 49605095-49609017(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGTCAT
SmilChr01G006000 Chr01 NC_080387.1:75591054-75591067promoter 内 2732-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 75581816-75589798(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGGAAT
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75547927-75547940promoter 内 2702-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 75543753-75546641(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGGAAT
SmilChr01G001252 Chr01 NC_080387.1:25162669-25162682promoter 内 2282-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 25164388-25164972(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGCGAG
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34491861-34491874promoter 内 3941-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 34491921-34493051(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGAACAACTTGCAA
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7046904-7046917promoter 内 3660-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 7047245-7048232(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGGCCAACTTGACT
SmilChr01G002820 Chr01 NC_080387.1:46759664-46759677promoter 内 3292-3305 bp + 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 46760373-46763928(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGTGCAACTTGTAT
SmilChr03G001796 Chr03 NC_080389.1:24571861-24571874promoter 内 3007-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 24572855-24575792(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TACGCCACTTGCAG
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18158827-18158840promoter 内 2785-2798 bp - 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 18157552-18157624(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCTACAACTTGCGC
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58139511-58139524promoter 内 2473-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 58134832-58137996(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTTGAAGA
SmilChr02G001729 Chr02 NC_080388.1:31781774-31781787promoter 内 2317-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 31783458-31786897(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACACCAACTTGCTA
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31083362-31083375promoter 内 2314-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 31080667-31081688(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGAAAT
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21006518-21006531promoter 内 2296-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 21008223-21009296(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGCGAG
SmilChr02G003414 Chr02 NC_080388.1:55335369-55335382promoter 内 2223-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 55337147-55338223(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TACGCCACTTGCAG
SmilChr02G004268 Chr02 NC_080388.1:64886012-64886025promoter 内 2170-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64887843-64905621(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCAACAACTTGCAA
SmilChr03G002468 Chr03 NC_080389.1:39154979-39154992promoter 内 2159-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 39156821-39158471(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTACAAGTTGCCAA
SmilChr01G005730 Chr01 NC_080387.1:73438597-73438610promoter 内 2113-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 73440485-73444604(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGTTGA
SmilChr03G000817 Chr03 NC_080389.1:9341192-9341205promoter 内 2080-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 9336319-9339284(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGCAAGTTGACTT
SmilChr03G002716 Chr03 NC_080389.1:43119935-43119948promoter 内 1743-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 43114938-43117690(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTGCAAGTTGGATG
SmilChr02G005498 Chr02 NC_080388.1:75130359-75130372promoter 内 1367-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75132993-75137687(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCAACAACTTGCAA
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54777115-54777128promoter 内 1082-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 54766824-54774209(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CCGCAAGTTGGTCT
SmilChr01G005694 Chr01 NC_080387.1:73225377-73225390promoter 内 565-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 73216336-73221954(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGGGCAACTTGAAT