转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 24 / 133 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22745710-22745724promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22737791-22741754(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATATCTTATCCAAT
SmilChr01G005391 Chr01 NC_080387.1:71199092-71199106promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 6 71200238-71205838(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTTCTTATCCATA
SmilChr03G000990 Chr03 NC_080389.1:11229974-11229988promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 5 11233068-11237833(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCATT
SmilChr03G000516 Chr03 NC_080389.1:5566658-5566672promoter 内 1437-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 5569222-5570204(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCATT
SmilChr01G003200 Chr01 NC_080387.1:50788734-50788748promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 50786783-50788603(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTTTCTTATCCAAA
SmilChr02G000918 Chr02 NC_080388.1:15898439-15898453promoter 内 3487-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 15898953-15902329(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGGGATAAGGGTTT
SmilChr01G004025 Chr01 NC_080387.1:58658148-58658162promoter 内 3417-3431 bp - 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 58656647-58657578(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGTAG
SmilChr01G002767 Chr01 NC_080387.1:46068241-46068255promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 46068997-46071935(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCATCCTTATCTCCT
SmilChr02G004732 Chr02 NC_080388.1:69563570-69563584promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 69555676-69561726(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCATTCTTATCCTTT
SmilChr03G000541 Chr03 NC_080389.1:5871706-5871720promoter 内 1652-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 5874055-5878153(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCATT
SmilChr02G004050 Chr02 NC_080388.1:62838151-62838165promoter 内 1089-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 62833526-62835253(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGAATCA
SmilChr02G000917 Chr02 NC_080388.1:15898439-15898453promoter 内 988-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 15893831-15895440(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAACCCTTATCCCTA
SmilChr01G000824 Chr01 NC_080387.1:17781834-17781848promoter 内 910-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 17774833-17778757(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTCCTTATCCCTT
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60376062-60376076promoter 内 418-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 60369218-60372493(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAGGATAAGTTTGT
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76051937-76051951promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 76046944-76048345(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGCTGA
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59005726-59005740promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 59005986-59006474(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAATCTTATCCGGT
SmilChr01G001413 Chr01 NC_080387.1:27724925-27724939promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 27725212-27727241(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGACAAA
SmilChr01G005730 Chr01 NC_080387.1:73440177-73440191promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 73440485-73444604(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTTA
SmilChr01G000847 Chr01 NC_080387.1:18314237-18314251promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 18314551-18321642(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTACCCTTATCTTTT
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314237-18314251promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 18312378-18313818(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGTAG
SmilChr01G003661 Chr01 NC_080387.1:55033076-55033090promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 55031026-55032654(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGTAG
SmilChr01G000422 Chr01 NC_080387.1:8482294-8482308promoter 内 2999-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 8472285-8481306(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGTAG
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71494938-71494952promoter 内 2809-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 71491638-71493760(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAGATAAGGTAAT
SmilChr01G006000 Chr01 NC_080387.1:75591015-75591029promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 75581816-75589798(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGAAAAT
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75547888-75547902promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 75543753-75546641(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGAAAAT
SmilChr01G003293 Chr01 NC_080387.1:51621631-51621645promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 51622951-51629226(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGGAAAT
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76051937-76051951promoter 内 2620-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 76053318-76053403(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAGCCTTATCTTTT
SmilChr01G002086 Chr01 NC_080387.1:36848616-36848630promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 36845998-36846987(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAACTTATCCATA
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8455181-8455195promoter 内 2133-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 8457049-8457720(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGATTCTTATCCAAA
SmilChr02G002428 Chr02 NC_080388.1:42266343-42266357promoter 内 2052-2066 bp + 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 42268292-42268364(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATGGATAAGGTTCT
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76051937-76051951promoter 内 1932-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 76054006-76058197(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAGCCTTATCTTTT
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16851738-16851752promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 16853812-16854899(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCTTTT
SmilChr02G003536 Chr02 NC_080388.1:56505857-56505871promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 56508006-56515167(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATTCCTTATCTACT
SmilChr01G002843 Chr01 NC_080387.1:47004509-47004523promoter 内 1723-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 46996758-47002245(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTAGATAAGGGAGG
SmilChr03G000152 Chr03 NC_080389.1:1646596-1646610promoter 内 1669-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 1640738-1644278(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAACGTTATCCATT
SmilChr01G000481 Chr01 NC_080387.1:9888737-9888751promoter 内 1447-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 9891291-9892341(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATGTCTTATCCAAA
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