转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 24 / 140 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003224 Chr03 NC_080389.1:49907984-49907998promoter 内 2265-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49909720-49910844(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAACATCT
SmilChr01G005243 Chr01 NC_080387.1:69959150-69959164promoter 内 2223-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 69960928-69962883(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAGTTAGGTGGGC
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4433100-4433114promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 4420914-4431237(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAACATCT
SmilChr03G001169 Chr03 NC_080389.1:13451173-13451187promoter 内 1999-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 13453175-13453895(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATAATTAGGTAAGA
SmilChr02G000726 Chr02 NC_080388.1:11797380-11797394promoter 内 1846-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 11793787-11795239(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTGACCTAATTTTT
SmilChr01G002760 Chr01 NC_080387.1:45999327-45999341promoter 内 1581-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 46001747-46006775(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGGAGTAGGTGAGG
SmilChr01G002018 Chr01 NC_080387.1:35759820-35759834promoter 内 1535-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 35762286-35763974(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTTAT
SmilChr02G001376 Chr02 NC_080388.1:26027720-26027734promoter 内 1192-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 26030529-26038866(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTGTTAGGTGGAA
SmilChr02G003402 Chr02 NC_080388.1:55162441-55162455promoter 内 870-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 55165572-55168835(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTAATAATT
SmilChr01G005244 Chr01 NC_080387.1:69959150-69959164promoter 内 661-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 69962490-69962883(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAGTTAGGTGGGC
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64832194-64832208promoter 内 513-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 64835682-64837584(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCACACCTAATTTAT
SmilChr03G001541 Chr03 NC_080389.1:19316382-19316396promoter 内 358-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 19308598-19312753(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTGTTAGGTGGAA
SmilChr03G002968 Chr03 NC_080389.1:46457626-46457640promoter 内 198-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 46461429-46465359(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTGTTAGGTGGAA
SmilChr01G005650 Chr01 NC_080387.1:72891899-72891913promoter 内 109-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 72886878-72888021(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGTTGAAA
SmilChr01G001843 Chr01 NC_080387.1:33374620-33374634promoter 内 72-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 33369833-33370705(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTACCTAATATTT
SmilChr01G003728 Chr01 NC_080387.1:55592418-55592432promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55592726-55594756(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTCTA
SmilChr01G003727 Chr01 NC_080387.1:55592418-55592432promoter 内 3463-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55588948-55591894(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGAATTTGGTGAAA
SmilChr02G002325 Chr02 NC_080388.1:40924485-40924499promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40925363-40926307(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAATTAGTTGGAC
SmilChr02G000622 Chr02 NC_080388.1:9217623-9217637promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 9212839-9216753(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATCACCTACCTCTC
SmilChr02G005376 Chr02 NC_080388.1:74437118-74437132promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74431320-74436234(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCAACTAATTTTC
SmilChr02G001344 Chr02 NC_080388.1:25047025-25047039promoter 内 3065-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25039731-25046103(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTACACCTAATTTCA
SmilChr01G005553 Chr01 NC_080387.1:72364134-72364148promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 72359681-72363081(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTATTAGGTGAAA
SmilChr03G000687 Chr03 NC_080389.1:7678401-7678415promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 7679494-7680619(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCTACCTAATTATT
SmilChr02G005237 Chr02 NC_080388.1:73560714-73560728promoter 内 2793-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 73555437-73559520(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGCCAACTAATTTTT
SmilChr02G000879 Chr02 NC_080388.1:15160748-15160762promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 15140088-15159501(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAATTAGGTAACA
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42039784-42039798promoter 内 2729-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42041056-42044875(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGTTGAAA
SmilChr01G001952 Chr01 NC_080387.1:34731467-34731481promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34727999-34729986(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCAACTAATTTTT
SmilChr01G001578 Chr01 NC_080387.1:29808541-29808555promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 29805559-29806959(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCCAACTAATTTTT
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61711664-61711678promoter 内 2192-2206 bp + 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 61704822-61709869(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTCTA
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479892-38479906promoter 内 2028-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGCTACCTAATTTCT
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69778034-69778048promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 69780120-69781536(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTACCTAATTAAC
SmilChr02G002430 Chr02 NC_080388.1:42312701-42312715promoter 内 1557-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42315145-42315468(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGGTC
SmilChr03G001578 Chr03 NC_080389.1:19944496-19944510promoter 内 1405-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19947092-19951504(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTGACCTAATTATC
SmilChr02G001420 Chr02 NC_080388.1:26822576-26822590promoter 内 1266-1280 bp - 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 26818107-26819855(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGTTGAAA
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42660759-42660773promoter 内 1189-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTAAGTTGGTGAAA
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