转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 25 / 119 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002005 Chr01 NC_080387.1:35572591-35572601promoter 内 3137-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 35571231-35571737(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGG
SmilChr01G006149 Chr01 NC_080387.1:76958802-76958812promoter 内 2890-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 76959913-76962545(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr02G003766 Chr02 NC_080388.1:59363764-59363774promoter 内 2868-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 59364897-59366076(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22027557-22027567promoter 内 2572-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 22024948-22026138(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAG
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20418307-20418317promoter 内 2506-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 20416119-20416822(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAG
SmilChr02G002185 Chr02 NC_080388.1:39064748-39064758promoter 内 2334-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 39059722-39063091(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
SmilChr01G002703 Chr01 NC_080387.1:45307688-45307698promoter 内 2311-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 45309378-45312842(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
SmilChr01G002183 Chr01 NC_080387.1:37961908-37961918promoter 内 1819-1829 bp - 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 37953853-37959736(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAAAG
SmilChr02G002869 Chr02 NC_080388.1:48881665-48881675promoter 内 1622-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 48884044-48887808(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220537-2220547promoter 内 1600-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 2216359-2218146(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63640185-63640195promoter 内 1576-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 63635851-63637770(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
SmilChr02G001628 Chr02 NC_080388.1:30232798-30232808promoter 内 1135-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 30235664-30237252(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAG
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38021416-38021426promoter 内 537-547 bp + 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 38015292-38017962(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAG
SmilChr01G005763 Chr01 NC_080387.1:73744118-73744128promoter 内 132-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 73730030-73740259(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGG
SmilChr01G005011 Chr01 NC_080387.1:68136830-68136840promoter 内 3846-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 68136985-68137404(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAACA
SmilChr01G005445 Chr01 NC_080387.1:71544962-71544972promoter 内 3670-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 71539560-71544641(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65440056-65440066promoter 内 3365-3375 bp - 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 65438511-65439430(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr01G001167 Chr01 NC_080387.1:23703910-23703920promoter 内 3014-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 23704897-23715789(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68851789-68851799promoter 内 2933-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 68852857-68853840(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr02G000554 Chr02 NC_080388.1:7775052-7775062promoter 内 2683-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 7773397-7773744(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr01G005021 Chr01 NC_080387.1:68195511-68195521promoter 内 2682-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 68190795-68194202(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAACA
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4806746-4806756promoter 内 2647-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 4808100-4810743(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43789311-43789321promoter 内 2635-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 43783503-43787955(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr01G000788 Chr01 NC_080387.1:17145088-17145098promoter 内 2488-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 17141217-17143585(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18189411-18189421promoter 内 2361-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 18186984-18187781(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr01G004876 Chr01 NC_080387.1:66851762-66851772promoter 内 2214-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 66853549-66854501(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTAAGTCAAAG
SmilChr01G004497 Chr01 NC_080387.1:63078690-63078700promoter 内 2076-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 63075848-63076775(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr01G006134 Chr01 NC_080387.1:76854345-76854355promoter 内 1878-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 76856468-76859505(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr02G003173 Chr02 NC_080388.1:52839752-52839762promoter 内 1636-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52836867-52837397(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGG
SmilChr01G003271 Chr01 NC_080387.1:51420305-51420315promoter 内 1083-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 51423223-51427377(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr02G003870 Chr02 NC_080388.1:60707211-60707221promoter 内 987-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 60710225-60712683(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
SmilChr01G004067 Chr01 NC_080387.1:59099073-59099083promoter 内 983-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 59095174-59096065(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAACA
SmilChr02G003027 Chr02 NC_080388.1:50973591-50973601promoter 内 967-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 50976625-50979219(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
SmilChr02G003880 Chr02 NC_080388.1:60865886-60865896promoter 内 749-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 60869138-60871414(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAAAG
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8077552-8077562promoter 内 720-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 8068297-8074281(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTTGT
SmilChr02G001957 Chr02 NC_080388.1:35312327-35312337promoter 内 517-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 35305803-35308853(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTAT
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