转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 25 / 134 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000062 Chr02 NC_080388.1:774122-774129promoter 内 1654-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 776469-779675(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G002851 Chr02 NC_080388.1:48677980-48677987promoter 内 1630-1637 bp - 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 48680351-48684323(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001665 Chr03 NC_080389.1:21593613-21593620promoter 内 1602-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 21587746-21591221(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G000627 Chr01 NC_080387.1:14053319-14053326promoter 内 1524-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 14049918-14050849(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G001537 Chr03 NC_080389.1:19282253-19282260promoter 内 1521-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 19275888-19279780(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34608165-34608172promoter 内 1470-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G004335 Chr02 NC_080388.1:65606740-65606747promoter 内 1468-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 65609273-65613562(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001061 Chr04 NC_080390.1:15181328-15181335promoter 内 1438-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 15183891-15184523(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62654799-62654806promoter 内 1421-1428 bp - 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 62657379-62661525(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G000256 Chr05 NC_080391.1:1963824-1963831promoter 内 1390-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 1949622-1961220(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr01G001277 Chr01 NC_080387.1:25552883-25552890promoter 内 1386-1393 bp - 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 25547347-25550275(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr05G002750 Chr05 NC_080391.1:31726781-31726788promoter 内 1372-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 31722956-31724159(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13875740-13875747promoter 内 1351-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 13878390-13879761(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G005402 Chr02 NC_080388.1:74575052-74575059promoter 内 1350-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 74570398-74572408(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G000966 Chr03 NC_080389.1:10883868-10883875promoter 内 1346-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 10886523-10889652(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G001495 Chr02 NC_080388.1:27899031-27899038promoter 内 1336-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 27892569-27896373(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr02G001697 Chr02 NC_080388.1:31279257-31279264promoter 内 1325-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 31271023-31276588(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G002796 Chr04 NC_080390.1:43824060-43824067promoter 内 1271-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 43820057-43821337(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G002097 Chr03 NC_080389.1:32418290-32418297promoter 内 1259-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 32421032-32421138(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G000875 Chr01 NC_080387.1:18622415-18622422promoter 内 1177-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 18625239-18626543(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G004756 Chr03 NC_080389.1:64657005-64657012promoter 内 1163-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 64659843-64659949(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr01G004605 Chr01 NC_080387.1:64038704-64038711promoter 内 1153-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 64032425-64035863(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G000440 Chr02 NC_080388.1:5723711-5723718promoter 内 1148-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 5720759-5720865(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G002932 Chr03 NC_080389.1:46067389-46067396promoter 内 1122-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 46062193-46064517(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G002985 Chr05 NC_080391.1:36397611-36397618promoter 内 1112-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 36400500-36402530(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56073073-56073080promoter 内 1098-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 56075976-56078817(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr03G004559 Chr03 NC_080389.1:63554572-63554579promoter 内 1065-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 63546477-63551643(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28598406-28598413promoter 内 1027-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 28601380-28601452(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G000180 Chr04 NC_080390.1:1591232-1591239promoter 内 1027-1034 bp + 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 1594206-1597812(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr04G003434 Chr04 NC_080390.1:50909961-50909968promoter 内 1017-1024 bp + 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 50902031-50906984(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G001952 Chr03 NC_080389.1:27892831-27892838promoter 内 1004-1011 bp - 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 27895828-27895934(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G004561 Chr03 NC_080389.1:63554997-63555004promoter 内 986-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 63558012-63560227(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr05G000785 Chr05 NC_080391.1:6130925-6130932promoter 内 958-965 bp + 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 6126607-6127889(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr04G001393 Chr04 NC_080390.1:22658763-22658770promoter 内 901-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 22661863-22663866(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGA
SmilChr06G000104 Chr06 NC_080392.1:738542-738549promoter 内 860-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 741683-748259(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
SmilChr03G000969 Chr03 NC_080389.1:10991386-10991393promoter 内 832-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 10987058-10988224(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGG
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