靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00001046-RA_Salv |
SmilChr04G000070 |
bHLH | XP_057807324.1 |
MP00034 |
CCACGTGC |
9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 25 / 134 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000062 |
Chr02 | NC_080388.1:774122-774129promoter 内 1654-1661 bp |
+ | 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 776469-779675(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr02G002851 |
Chr02 | NC_080388.1:48677980-48677987promoter 内 1630-1637 bp |
- | 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 48680351-48684323(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G001665 |
Chr03 | NC_080389.1:21593613-21593620promoter 内 1602-1609 bp |
+ | 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 21587746-21591221(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G000627 |
Chr01 | NC_080387.1:14053319-14053326promoter 内 1524-1531 bp |
- | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 14049918-14050849(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G001537 |
Chr03 | NC_080389.1:19282253-19282260promoter 内 1521-1528 bp |
+ | 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 19275888-19279780(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G001940 |
Chr01 | NC_080387.1:34608165-34608172promoter 内 1470-1477 bp |
+ | 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 34587467-34605641(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr02G004335 |
Chr02 | NC_080388.1:65606740-65606747promoter 内 1468-1475 bp |
- | 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 65609273-65613562(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr04G001061 |
Chr04 | NC_080390.1:15181328-15181335promoter 内 1438-1445 bp |
- | 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 15183891-15184523(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G004453 |
Chr01 | NC_080387.1:62654799-62654806promoter 内 1421-1428 bp |
- | 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 62657379-62661525(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr05G000256 |
Chr05 | NC_080391.1:1963824-1963831promoter 内 1390-1397 bp |
- | 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 1949622-1961220(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr01G001277 |
Chr01 | NC_080387.1:25552883-25552890promoter 内 1386-1393 bp |
- | 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 25547347-25550275(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr05G002750 |
Chr05 | NC_080391.1:31726781-31726788promoter 内 1372-1379 bp |
+ | 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 31722956-31724159(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G001204 |
Chr03 | NC_080389.1:13875740-13875747promoter 内 1351-1358 bp |
- | 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 13878390-13879761(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr02G005402 |
Chr02 | NC_080388.1:74575052-74575059promoter 内 1350-1357 bp |
- | 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 74570398-74572408(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G000966 |
Chr03 | NC_080389.1:10883868-10883875promoter 内 1346-1353 bp |
+ | 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 10886523-10889652(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr02G001495 |
Chr02 | NC_080388.1:27899031-27899038promoter 内 1336-1343 bp |
+ | 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 27892569-27896373(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr02G001697 |
Chr02 | NC_080388.1:31279257-31279264promoter 内 1325-1332 bp |
+ | 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 31271023-31276588(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr04G002796 |
Chr04 | NC_080390.1:43824060-43824067promoter 内 1271-1278 bp |
- | 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 43820057-43821337(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G002097 |
Chr03 | NC_080389.1:32418290-32418297promoter 内 1259-1266 bp |
- | 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 32421032-32421138(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G000875 |
Chr01 | NC_080387.1:18622415-18622422promoter 内 1177-1184 bp |
+ | 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 18625239-18626543(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G004756 |
Chr03 | NC_080389.1:64657005-64657012promoter 内 1163-1170 bp |
- | 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 64659843-64659949(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G004605 |
Chr01 | NC_080387.1:64038704-64038711promoter 内 1153-1160 bp |
- | 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 64032425-64035863(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr02G000440 |
Chr02 | NC_080388.1:5723711-5723718promoter 内 1148-1155 bp |
+ | 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 5720759-5720865(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G002932 |
Chr03 | NC_080389.1:46067389-46067396promoter 内 1122-1129 bp |
+ | 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 46062193-46064517(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr05G002985 |
Chr05 | NC_080391.1:36397611-36397618promoter 内 1112-1119 bp |
- | 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 36400500-36402530(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr04G004121 |
Chr04 | NC_080390.1:56073073-56073080promoter 内 1098-1105 bp |
+ | 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 56075976-56078817(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G004559 |
Chr03 | NC_080389.1:63554572-63554579promoter 内 1065-1072 bp |
- | 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 63546477-63551643(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr02G001535 |
Chr02 | NC_080388.1:28598406-28598413promoter 内 1027-1034 bp |
- | 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 28601380-28601452(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr04G000180 |
Chr04 | NC_080390.1:1591232-1591239promoter 内 1027-1034 bp |
+ | 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 1594206-1597812(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr04G003434 |
Chr04 | NC_080390.1:50909961-50909968promoter 内 1017-1024 bp |
+ | 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 50902031-50906984(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G001952 |
Chr03 | NC_080389.1:27892831-27892838promoter 内 1004-1011 bp |
- | 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 27895828-27895934(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G004561 |
Chr03 | NC_080389.1:63554997-63555004promoter 内 986-993 bp |
- | 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 63558012-63560227(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr05G000785 |
Chr05 | NC_080391.1:6130925-6130932promoter 内 958-965 bp |
+ | 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 6126607-6127889(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
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Chr04 | NC_080390.1:22658763-22658770promoter 内 901-908 bp |
+ | 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 22661863-22663866(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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- | 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 741683-748259(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
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+ | 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 10987058-10988224(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G004455 |
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- | 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 62658194-62660437(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr01G003226 |
Chr01 | NC_080387.1:51036587-51036594promoter 内 797-804 bp |
- | 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 51030576-51033390(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
SmilChr03G004436 |
Chr03 | NC_080389.1:62477577-62477584promoter 内 772-779 bp |
- | 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 62480806-62484657(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
TCACGTGG |
SmilChr03G004023 |
Chr03 | NC_080389.1:59194409-59194416promoter 内 682-689 bp |
+ | 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 59197728-59199496(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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+ | 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 45364669-45371631(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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Chr05 | NC_080391.1:55366189-55366196promoter 内 662-669 bp |
+ | 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 55369528-55369854(+) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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- | 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 26818107-26819855(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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SMil_00001046-RA_Salv |
MP00034 |
CCACGTGA |
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CCACGTGA |
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MP00034 |
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+ | 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 2 | 1738801-1741524(-) |
SMil_00001046-RA_Salv |
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