转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 25 / 140 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004885 Chr02 NC_080388.1:70935866-70935880promoter 内 301-315 bp + 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 70929384-70932180(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAATATTT
SmilChr01G004102 Chr01 NC_080387.1:59504943-59504957promoter 内 9-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 59491484-59500965(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGAGGTTGGTGAAA
SmilChr01G002992 Chr01 NC_080387.1:48837075-48837089promoter 内 3706-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 48837370-48838063(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTGGTTAGGTGAAA
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65639054-65639068promoter 内 3669-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 65639386-65639457(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTTCG
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55161043-55161057promoter 内 3427-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 55155753-55160483(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACATGTTAGGTGAGT
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12458865-12458879promoter 内 3020-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 12459846-12461298(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAATGGTAGGTGAGT
SmilChr01G003019 Chr01 NC_080387.1:49211333-49211347promoter 内 2916-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49208276-49210262(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGATGTAGGTGACC
SmilChr01G006081 Chr01 NC_080387.1:76272175-76272189promoter 内 2705-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 76273471-76278930(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAAATTTT
SmilChr03G003921 Chr03 NC_080389.1:58308069-58308083promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 58306075-58306776(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCTACCTAATATTT
SmilChr03G000425 Chr03 NC_080389.1:4628663-4628677promoter 内 2647-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 4630017-4632066(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTAAAA
SmilChr02G001171 Chr02 NC_080388.1:21538187-21538201promoter 内 1813-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 21533955-21536013(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGGAGTTAGGTGCGA
SmilChr02G005027 Chr02 NC_080388.1:72011149-72011163promoter 内 1631-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72013519-72015456(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTTACCTAATTTGC
SmilChr01G005414 Chr01 NC_080387.1:71371401-71371415promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 71366512-71368771(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGAATTAGGTCGAA
SmilChr03G001209 Chr03 NC_080389.1:13931791-13931805promoter 内 892-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 13927972-13928696(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTCACCTAATTTTA
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42792117-42792131promoter 内 604-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 42786737-42788734(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGTCACCTACCACCT
SmilChr02G002322 Chr02 NC_080388.1:40881485-40881499promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40885050-40888334(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGACT
SmilChr02G000674 Chr02 NC_080388.1:10435127-10435141promoter 内 285-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10438843-10440022(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTAAATTAGGTAAAA
SmilChr03G002001 Chr03 NC_080389.1:29772155-29772169promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 29770411-29772112(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTACTCATT
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26033375-26033389promoter 内 3785-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTACACCTAATTTTG
SmilChr01G006100 Chr01 NC_080387.1:76485819-76485833promoter 内 3775-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76486045-76487897(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAAATTGA
SmilChr02G005117 Chr02 NC_080388.1:72675981-72675995promoter 内 3770-3784 bp + 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72672090-72675764(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACTACTT
SmilChr01G002856 Chr01 NC_080387.1:47134689-47134703promoter 内 3633-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47135057-47139130(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTCACCTAACACCT
SmilChr03G002098 Chr03 NC_080389.1:32445881-32445895promoter 内 3550-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32446332-32448539(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATATTAGGTGAAT
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49037947-49037961promoter 内 3260-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49038688-49045424(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCCACCAAATTTTT
SmilChr03G003018 Chr03 NC_080389.1:47088496-47088510promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47089331-47090095(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATATTAGGTGAAT
SmilChr02G002321 Chr02 NC_080388.1:40881485-40881499promoter 内 3134-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40878014-40880632(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTCACCTAATTTTA
SmilChr03G002613 Chr03 NC_080389.1:41532962-41532976promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41530122-41532042(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATATTAGGTAAAA
SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73632436-73632450promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73633384-73638666(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTAAATTAGGTGAGT
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22304310-22304324promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTAATTCCA
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22287420-22287434promoter 内 2924-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTAATTCCA
SmilChr01G004343 Chr01 NC_080387.1:61597299-61597313promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 61598473-61602049(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAATATGG
SmilChr01G002026 Chr01 NC_080387.1:35812816-35812830promoter 内 2767-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35814050-35815205(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTCACCTAATTTTA
SmilChr03G000157 Chr03 NC_080389.1:1721605-1721619promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1713154-1720200(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAACATCC
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7398182-7398196promoter 内 2390-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7399793-7400930(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGAGTTAGGTGCAA
SmilChr03G001907 Chr03 NC_080389.1:26689172-26689186promoter 内 2367-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 26690806-26691552(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGATGTAGGTGAGA
SmilChr02G002039 Chr02 NC_080388.1:36707370-36707384promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 36709088-36711111(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAATTTAA
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SmilChr03G001768 Chr03 NC_080389.1:24159228-24159242promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 24161474-24163357(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTATATTAGGTGAGA
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