转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 25 / 164 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44603117-44603131promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44605203-44609089(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr08G001503 Chr08 NC_080394.1:12183854-12183868promoter 内 1537-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12180097-12181404(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGGAGGTAGGTAAG
SmilChr07G003374 Chr07 NC_080393.1:36423935-36423949promoter 内 1478-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 36420969-36421426(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr06G000689 Chr06 NC_080392.1:6091618-6091632promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 6094334-6106175(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAGGGGTAGGTGGA
SmilChr04G003989 Chr04 NC_080390.1:55309202-55309216promoter 内 1085-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55303192-55306300(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTCCCC
SmilChr05G003306 Chr05 NC_080391.1:43319097-43319111promoter 内 1025-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 43322073-43323024(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCAACCAACTC
SmilChr07G003950 Chr07 NC_080393.1:50002125-50002139promoter 内 739-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 49991609-49998877(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGGAGTAGGTGGG
SmilChr04G003991 Chr04 NC_080390.1:55309202-55309216promoter 内 578-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55312625-55317541(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGAAGTAGGTGAG
SmilChr05G003398 Chr05 NC_080391.1:45019020-45019034promoter 内 524-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 45022497-45023153(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCAAGAT
SmilChr02G004786 Chr02 NC_080388.1:70018433-70018447promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70022017-70025989(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTAACAC
SmilChr01G005883 Chr01 NC_080387.1:74761265-74761279promoter 内 377-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 74756461-74757655(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G003202 Chr06 NC_080392.1:44870332-44870346promoter 内 8-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44864869-44866353(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCATAGGTAGGTGGG
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58073286-58073300promoter 内 2813-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 58067179-58072112(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTAAAT
SmilChr06G002192 Chr06 NC_080392.1:30392985-30392999promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 30378961-30390403(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCACCG
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28629908-28629922promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 28621910-28625969(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAATGGTAGGTGTG
SmilChr06G002193 Chr06 NC_080392.1:30392985-30392999promoter 内 3537-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 30393449-30402632(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTAGG
SmilChr05G003638 Chr05 NC_080391.1:48770061-48770075promoter 内 2107-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 48767218-48768181(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTACCCA
SmilChr01G001321 Chr01 NC_080387.1:26229686-26229700promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 26231873-26232954(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCAACTACCAACCC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091092-5091106promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5085337-5087951(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCCACCC
SmilChr06G003102 Chr06 NC_080392.1:43862409-43862423promoter 内 772-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 43865638-43871940(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCTTGT
SmilChr01G001362 Chr01 NC_080387.1:26973062-26973076promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 26968437-26969269(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTAGA
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72750408-72750422promoter 内 3750-3764 bp + 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72746687-72750171(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTTTAC
SmilChr05G000680 Chr05 NC_080391.1:5183665-5183679promoter 内 3450-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5184216-5184288(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAGGTAGGTAGA
SmilChr03G003604 Chr03 NC_080389.1:54682677-54682691promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54683474-54684649(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAGGTAGGTGGA
SmilChr03G003625 Chr03 NC_080389.1:54921568-54921582promoter 内 3133-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54922436-54923545(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAGGTAGGTGGA
SmilChr06G003120 Chr06 NC_080392.1:44026807-44026821promoter 内 3046-3060 bp + 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44019043-44025866(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCAATTA
SmilChr01G001835 Chr01 NC_080387.1:33288173-33288187promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 33283408-33287189(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTGGGTAGGTAGA
SmilChr05G000681 Chr05 NC_080391.1:5183665-5183679promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5185231-5185303(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAGGTAGGTAGA
SmilChr03G004182 Chr03 NC_080389.1:60537281-60537295promoter 内 1624-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60539658-60542483(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGTTGGTAGGTAGA
SmilChr05G000682 Chr05 NC_080391.1:5183665-5183679promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5186139-5191450(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAGGTAGGTAGA
SmilChr04G003835 Chr04 NC_080390.1:54403186-54403200promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54390377-54400338(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAAA
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71215268-71215282promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGTGGTAGGTGGT
SmilChr07G004447 Chr07 NC_080393.1:57095728-57095742promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 57094348-57094899(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTTATA
SmilChr07G004465 Chr07 NC_080393.1:57236420-57236434promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 57237263-57237814(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTTATA
SmilChr02G005490 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 75070422-75071967(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCAAGC
SmilChr05G003260 Chr05 NC_080391.1:42128148-42128162promoter 内 1987-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 42125225-42126148(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr05G003259 Chr05 NC_080391.1:42118588-42118602promoter 内 1984-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 42115662-42116585(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 856-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 75075904-75082376(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTTGGGTAGGTGGA
SmilChr07G002522 Chr07 NC_080393.1:23912954-23912968promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 23909002-23912885(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTTGGGTAGGTGGG
SmilChr01G000715 Chr01 NC_080387.1:16037191-16037205promoter 内 3912-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 16037280-16040077(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr02G001754 Chr02 NC_080388.1:32291831-32291845promoter 内 3809-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 32292023-32295229(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCATTCT
SmilChr05G000090 Chr05 NC_080391.1:502017-502031promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 499024-501589(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50115809-50115823promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 50116382-50117713(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr07G001734 Chr07 NC_080393.1:14735964-14735978promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 14732124-14735102(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGGGGTAGGTGGT
SmilChr07G001735 Chr07 NC_080393.1:14735964-14735978promoter 内 2224-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 14737741-14750976(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCCCCCC
SmilChr03G003934 Chr03 NC_080389.1:58397188-58397202promoter 内 1581-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 58399608-58400327(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAAG
SmilChr08G002146 Chr08 NC_080394.1:19334778-19334792promoter 内 1412-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 19331378-19332203(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGTAGGTAGGTGGT
SmilChr06G002738 Chr06 NC_080392.1:39641293-39641307promoter 内 1372-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 39643922-39644277(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G003933 Chr03 NC_080389.1:58397188-58397202promoter 内 1345-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 58393342-58394546(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAAACA
SmilChr02G005489 Chr02 NC_080388.1:75072759-75072773promoter 内 1320-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 75065089-75070092(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCAAGC