转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 26 / 147 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003977 Chr01 NC_080387.1:58225999-58226012promoter 内 716-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 58229284-58236430(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCTGATT
SmilChr02G003816 Chr02 NC_080388.1:59786453-59786466promoter 内 696-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59781262-59783161(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTTTCC
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48544244-48544257promoter 内 637-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGAAAAGTCAACAT
SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76758738-76758751promoter 内 405-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 76762334-76763963(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTATGGTCAACGC
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8471410-8471423promoter 内 355-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8461382-8467777(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTGCT
SmilChr03G001238 Chr03 NC_080389.1:14279774-14279787promoter 内 296-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14283479-14283974(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCAAAGTCAACAA
SmilChr01G002602 Chr01 NC_080387.1:44224059-44224072promoter 内 240-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44219221-44220311(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTATGGTCAACGC
SmilChr01G000483 Chr01 NC_080387.1:9895446-9895459promoter 内 1099-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 9898348-9899628(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGCA
SmilChr02G001468 Chr02 NC_080388.1:27409444-27409457promoter 内 3842-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 27407029-27409298(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTATT
SmilChr02G004746 Chr02 NC_080388.1:69672937-69672950promoter 内 3537-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 69666491-69672486(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTATTGT
SmilChr01G001876 Chr01 NC_080387.1:33771700-33771713promoter 内 3147-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 33772554-33773888(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTCAAAGTCAACAC
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22726954-22726967promoter 内 2288-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 22717250-22725254(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATAAAGTCAACAA
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5570796-5570809promoter 内 1996-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 5572801-5575096(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGAT
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27409444-27409457promoter 内 1564-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 27403928-27407020(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTATT
SmilChr04G000257 Chr04 NC_080390.1:2345869-2345882promoter 内 727-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 2341092-2342608(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTTGTTT
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14604450-14604463promoter 内 645-658 bp - 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 14598107-14601107(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTATT
SmilChr04G002407 Chr04 NC_080390.1:38640281-38640294promoter 内 3898-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 38637944-38640191(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGATGAGTCAACGG
SmilChr02G001890 Chr02 NC_080388.1:34190797-34190810promoter 内 3737-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34191061-34193024(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTAAGT
SmilChr03G002873 Chr03 NC_080389.1:45408348-45408361promoter 内 2778-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 45395002-45407138(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGCA
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301552-6301565promoter 内 2675-2688 bp - 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 6297501-6300239(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTATT
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34586433-34586446promoter 内 2357-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34588077-34591403(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGGTAGTCAACGC
SmilChr01G005265 Chr01 NC_080387.1:70112374-70112387promoter 内 1929-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70114446-70115342(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTCAT
SmilChr01G005301 Chr01 NC_080387.1:70295627-70295640promoter 内 1262-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70298366-70299252(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTCGGC
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922644-15922657promoter 内 709-722 bp - 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15917647-15919365(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTACTTA
SmilChr03G004424 Chr03 NC_080389.1:62402621-62402634promoter 内 431-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62396982-62399064(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGAGGGTCAACGA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70744276-70744289promoter 内 3928-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTACAGTCAACGC
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64873535-64873548promoter 内 3899-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64873637-64876958(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTATT
SmilChr01G002839 Chr01 NC_080387.1:46977883-46977896promoter 内 3869-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46978015-46979552(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAATAGTCAACAG
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31897056-31897069promoter 内 3563-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31897494-31903418(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGCAAAGTCAACAC
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50588774-50588787promoter 内 3352-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCATTAG
SmilChr04G002564 Chr04 NC_080390.1:40966133-40966146promoter 内 3320-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40961969-40965465(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAACAT
SmilChr04G001411 Chr04 NC_080390.1:22966787-22966800promoter 内 3216-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22967572-22969579(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGCA
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2320713-2320726promoter 内 3198-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2321516-2326040(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCATGAT
SmilChr04G002864 Chr04 NC_080390.1:44751881-44751894promoter 内 3177-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44752705-44755034(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTACTTA
SmilChr01G001875 Chr01 NC_080387.1:33771700-33771713promoter 内 3166-3179 bp - 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33767560-33770878(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGAC
SmilChr02G000212 Chr02 NC_080388.1:2761327-2761340promoter 内 3078-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2754567-2760417(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTCCA
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SmilChr01G002793 Chr01 NC_080387.1:46446245-46446258promoter 内 251-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46437765-46442508(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTTGCA