转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 29 / 167 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002129 Chr08 NC_080394.1:19170115-19170135promoter 内 3886-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19170230-19175271(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAAAATGGATAAACTTAAA
SmilChr05G003205 Chr05 NC_080391.1:41051143-41051163promoter 内 3876-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 41046674-41051038(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTTTCTTATCCTCAAATCT
SmilChr01G003558 Chr01 NC_080387.1:54195914-54195934promoter 内 3860-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54196055-54198940(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTCATCTTATCCACTCTATT
SmilChr07G002755 Chr07 NC_080393.1:27313572-27313592promoter 内 3728-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27313845-27322525(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAACCTTATCATTTTCTTG
SmilChr07G004027 Chr07 NC_080393.1:51382786-51382806promoter 内 3641-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51379048-51382446(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCATCTTTATCCATGACTTT
SmilChr03G000542 Chr03 NC_080389.1:5887666-5887686promoter 内 3624-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5888043-5890586(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCCTTCTCCTCTATGCC
SmilChr03G001847 Chr03 NC_080389.1:25406187-25406207promoter 内 3536-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25406652-25407376(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGCACCTTATCCAGTTCACG
SmilChr04G003550 Chr04 NC_080390.1:51859035-51859055promoter 内 3472-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51859564-51863084(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATTATTATCCATTTCATC
SmilChr03G001580 Chr03 NC_080389.1:19960904-19960924promoter 内 3379-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19957268-19960302(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTAAAGATAAGGCTGCG
SmilChr07G003018 Chr07 NC_080393.1:31226569-31226589promoter 内 3349-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31224933-31225937(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAAAAAGGATAAGCACCAT
SmilChr07G002864 Chr07 NC_080393.1:28796266-28796286promoter 内 3176-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28797091-28801672(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGTGTTTGGATAAAGATATG
SmilChr01G003591 Chr01 NC_080387.1:54457592-54457612promoter 内 3051-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54458542-54509308(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGTGTATGGATAAAGATGGA
SmilChr01G003592 Chr01 NC_080387.1:54457592-54457612promoter 内 3039-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54458554-54462410(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGTGTATGGATAAAGATGGA
SmilChr04G003864 Chr04 NC_080390.1:54565860-54565880promoter 内 3034-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54562327-54564913(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTACTTATCCACTTTGTA
SmilChr05G003863 Chr05 NC_080391.1:52188360-52188380promoter 内 2901-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52183320-52187280(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10326068-10326088promoter 内 2861-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10327208-10331622(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTCCTTATCCACATGTTG
SmilChr06G002027 Chr06 NC_080392.1:26308489-26308509promoter 内 2815-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26305249-26307323(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTCGGAGTGGATAAGCCGGGA
SmilChr04G000611 Chr04 NC_080390.1:6900515-6900535promoter 内 2759-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6897804-6899293(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTTTTATCCAGATTTCT
SmilChr03G003163 Chr03 NC_080389.1:49014403-49014423promoter 内 2650-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49012268-49013072(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAGTTTGGATAAAAAAAGA
SmilChr06G002765 Chr06 NC_080392.1:40255565-40255585promoter 内 2564-2584 bp + 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40257002-40260600(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGAAATGGATAAGAGTGAA
SmilChr06G000378 Chr06 NC_080392.1:2944048-2944068promoter 内 2501-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2939512-2942568(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTTATCAATACCATT
SmilChr01G003334 Chr01 NC_080387.1:52047683-52047703promoter 内 2439-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52049245-52052647(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAAGTCTTATCCAATCTGTC
SmilChr03G003378 Chr03 NC_080389.1:52120115-52120135promoter 内 2371-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52121745-52127255(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATGATGTGGATAATGAAGAA
SmilChr02G002765 Chr02 NC_080388.1:47713798-47713818promoter 内 2294-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47711545-47712111(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACATTCTTATCCAAGACTTG
SmilChr03G003068 Chr03 NC_080389.1:47636086-47636106promoter 内 2293-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47637794-47638543(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTCGGAGTGGATAAGCCGGGA
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2041299-2041319promoter 内 2213-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2037174-2039531(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTCCTTATCCACGCTTTT
SmilChr06G001563 Chr06 NC_080392.1:17050068-17050088promoter 内 2194-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17051875-17054232(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTCCTTATCCACGCTTTT
SmilChr06G000936 Chr06 NC_080392.1:8964483-8964503promoter 内 2076-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8953676-8962578(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGAAATTGGATAATAATGGT
SmilChr06G002696 Chr06 NC_080392.1:38883217-38883237promoter 内 2062-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38879766-38881298(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTCCTTATCCACGCTTTT
SmilChr02G002766 Chr02 NC_080388.1:47713798-47713818promoter 内 2011-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47715788-47725114(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGTCTTGGATAAGAATGTA
SmilChr01G002486 Chr01 NC_080387.1:42582872-42582892promoter 内 1960-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42576465-42580851(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTGAAGTGGATAAGTACGTG
SmilChr05G004301 Chr05 NC_080391.1:56714875-56714895promoter 内 1919-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56716957-56720601(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAATCCTTATCCGGATTGCA
SmilChr01G005322 Chr01 NC_080387.1:70447404-70447424promoter 内 1714-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70442007-70445137(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAGCCTTATCCTCATAATA
SmilChr02G000293 Chr02 NC_080388.1:3717488-3717508promoter 内 1642-1662 bp - 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3710868-3715149(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGATTTTCAGATAAGGAGGAG
SmilChr05G003048 Chr05 NC_080391.1:38265559-38265579promoter 内 1551-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38268009-38269190(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr03G001005 Chr03 NC_080389.1:11384313-11384333promoter 内 1548-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11386766-11389946(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCCTTCTCCTCTATGCC
SmilChr06G000391 Chr06 NC_080392.1:3128027-3128047promoter 内 1457-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3123050-3125503(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGACAAGGATAAGGACAAG
SmilChr02G003328 Chr02 NC_080388.1:54537423-54537443promoter 内 1445-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54528113-54534887(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTAATGTGGATAAAAATAAA
SmilChr05G003554 Chr05 NC_080391.1:47447926-47447946promoter 内 1435-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47437199-47445380(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr04G000005 Chr04 NC_080390.1:85817-85837promoter 内 1309-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 80344-83145(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGCTGAGGATAAGGTGAAA
SmilChr04G002476 Chr04 NC_080390.1:39594675-39594695promoter 内 1249-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39597427-39606981(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr05G003661 Chr05 NC_080391.1:49336308-49336328promoter 内 1079-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49329933-49333406(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATTCTTATCCGTGTTCTT
SmilChr02G002929 Chr02 NC_080388.1:49748450-49748470promoter 内 1077-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49751374-49755603(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTGAGTGGATAAAGATACT
SmilChr06G001330 Chr06 NC_080392.1:13808254-13808274promoter 内 992-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13802924-13805265(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGGATTATTATCCAATCTCTG
SmilChr01G001161 Chr01 NC_080387.1:23603912-23603932promoter 内 940-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23606973-23612688(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAACCTTATCTATTTTTCC
SmilChr05G001523 Chr05 NC_080391.1:13940098-13940118promoter 内 887-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13943212-13947443(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr04G002309 Chr04 NC_080390.1:37395537-37395557promoter 内 846-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37390072-37392402(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr07G001320 Chr07 NC_080393.1:10140235-10140255promoter 内 806-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10143430-10143798(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTATTAGATAAGGTGGAG
SmilChr01G001311 Chr01 NC_080387.1:26062566-26062586promoter 内 691-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26065876-26072227(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCAACCTTCTCCAATTCATC
SmilChr02G000294 Chr02 NC_080388.1:3717488-3717508promoter 内 673-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3720816-3723614(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCTCCTTATCTGAAAATCT