转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 29 / 123 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3342291-3342305promoter 内 2688-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 3337044-3340992(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATTCCATTTTTGGAG
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57555173-57555187promoter 内 3384-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 57551499-57554570(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G005800 Chr01 NC_080387.1:74070506-74070520promoter 内 468-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 74074039-74077240(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCATATATGGAAA
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4674671-4674685promoter 内 9-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 4670000-4670693(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCTATTTTTGGAA
SmilChr02G002085 Chr02 NC_080388.1:37434442-37434456promoter 内 3261-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 37435182-37436929(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACTATTTTTGGAT
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56218080-56218094promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 56216197-56217312(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGTT
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63450680-63450694promoter 内 2744-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63451937-63461276(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAAAATAGAAG
SmilChr02G003927 Chr02 NC_080388.1:61344388-61344402promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 61346105-61348946(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATACCAAAATGGAAA
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63450680-63450694promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63446682-63448963(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCTATTTTTGGAA
SmilChr02G001115 Chr02 NC_080388.1:20106786-20106800promoter 内 1798-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 20108989-20111043(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAAAATGGTAG
SmilChr02G003501 Chr02 NC_080388.1:56218080-56218094promoter 内 1685-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 56215152-56215778(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGTT
SmilChr02G002086 Chr02 NC_080388.1:37434442-37434456promoter 内 1371-1385 bp - 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 37437072-37456117(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACTATTTTTGGAT
SmilChr01G001593 Chr01 NC_080387.1:30011535-30011549promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 30004775-30008026(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCATATATGGAAA
SmilChr02G005244 Chr02 NC_080388.1:73604941-73604955promoter 内 3984-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73603363-73604938(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCAAAAATGGCAG
SmilChr02G003043 Chr02 NC_080388.1:51223308-51223322promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51223339-51229024(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCCAAAAATAGTAA
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52400964-52400978promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCCAAAAATAGTAA
SmilChr01G005312 Chr01 NC_080387.1:70372570-70372584promoter 内 2719-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 70373852-70374457(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCCATTTTTGGGG
SmilChr03G001065 Chr03 NC_080389.1:12369409-12369423promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12365522-12368042(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCTATTTTTGGAA
SmilChr02G003392 Chr02 NC_080388.1:55042116-55042130promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55038555-55040511(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCCATTTTTGGGG
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12972991-12973005promoter 内 1882-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACCAAAATGGCAA
SmilChr01G003155 Chr01 NC_080387.1:50336007-50336021promoter 内 1438-1452 bp - 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50338570-50344717(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTTTTTTTGGAC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091027-5091041promoter 内 911-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATTCCATTTTTGGGA
SmilChr01G004593 Chr01 NC_080387.1:63929333-63929347promoter 内 748-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63923355-63926094(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTCCAAAAGGGGAAG
SmilChr02G001870 Chr02 NC_080388.1:33976286-33976300promoter 内 122-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33980165-33981871(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTGGTAA
SmilChr01G005528 Chr01 NC_080387.1:72147502-72147516promoter 内 2281-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 72142532-72145796(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAATAGTAA
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44534762-44534776promoter 内 3848-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 44534915-44543927(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCTGGCT
SmilChr02G004805 Chr02 NC_080388.1:70240326-70240340promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 70221396-70239893(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATACAAAAATGGCAA
SmilChr02G003807 Chr02 NC_080388.1:59688830-59688844promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 59689897-59692100(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTCTTTTTGGTT
SmilChr02G002247 Chr02 NC_080388.1:39907296-39907310promoter 内 2444-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 39908853-39912236(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCAAAAAGGGTAA
SmilChr02G003733 Chr02 NC_080388.1:58970645-58970659promoter 内 2419-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 58964002-58969077(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCTAAAAATGGAAA
SmilChr01G001851 Chr01 NC_080387.1:33438655-33438669promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33435244-33436787(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTCTTTTTGGTT
SmilChr02G002776 Chr02 NC_080388.1:47830928-47830942promoter 内 1924-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 47833005-47834022(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTTCCATTTTTGGGA
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13076325-13076339promoter 内 1344-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 13071779-13073682(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCCCAAAAAAAGAAA
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69503430-69503444promoter 内 457-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 69506974-69508217(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCCCAAAAAAAGAAA
SmilChr02G005393 Chr02 NC_080388.1:74531708-74531722promoter 内 322-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 74535387-74537827(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTTGTAT
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SmilChr01G004333 Chr01 NC_080387.1:61467519-61467533promoter 内 922-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61463145-61464454(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTTGTTT