转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 30 / 121 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004662 Chr02 NC_080388.1:69014700-69014714promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 69014722-69016535(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGAGCAGATCTGGA
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1820415-1820429promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 1820479-1822311(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGAG
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49038460-49038474promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 49038688-49045424(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGCCCAGATCTGAG
SmilChr04G001773 Chr04 NC_080390.1:29141239-29141253promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 29139439-29140649(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGGTTGA
SmilChr01G000993 Chr01 NC_080387.1:20954460-20954474promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 20955086-20964596(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGCCCAGATCTGAG
SmilChr04G000534 Chr04 NC_080390.1:5924384-5924398promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 5925066-5927924(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGCGA
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13516619-13516633promoter 内 3257-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 13514420-13515889(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATCTAGATCTGTA
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25404524-25404538promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 25400788-25403469(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGCCCAGATCTGAG
SmilChr02G000977 Chr02 NC_080388.1:17068350-17068364promoter 内 2047-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 17070304-17071308(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGATACC
SmilChr05G001235 Chr05 NC_080391.1:10465956-10465970promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 10468091-10474523(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCTTCGGATCTGAG
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16725667-16725681promoter 内 1693-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 16722822-16723373(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGAAACG
SmilChr04G000247 Chr04 NC_080390.1:2234934-2234948promoter 内 1679-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 2231171-2232626(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGTATAC
SmilChr04G002981 Chr04 NC_080390.1:46235844-46235858promoter 内 1457-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 46238388-46242612(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGCGA
SmilChr04G003851 Chr04 NC_080390.1:54489045-54489059promoter 内 847-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 54492199-54495611(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCGGATCTAGACTC
SmilChr04G002952 Chr04 NC_080390.1:45853312-45853326promoter 内 282-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 45841750-45849607(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGCAGATCTGTT
SmilChr03G002175 Chr03 NC_080389.1:33798442-33798456promoter 内 151-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 33788937-33794606(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAGCAGATCTGGA
SmilChr01G002413 Chr01 NC_080387.1:41500792-41500806promoter 内 3756-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41501037-41504490(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGGAATCC
SmilChr03G001537 Chr03 NC_080389.1:19280037-19280051promoter 内 3730-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 19275888-19279780(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTACGGATCTGAG
SmilChr03G000430 Chr03 NC_080389.1:4668551-4668565promoter 内 3699-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4666578-4668263(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGAG
SmilChr03G002383 Chr03 NC_080389.1:37616474-37616488promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 37615262-37616005(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCTCGC
SmilChr03G001913 Chr03 NC_080389.1:26781549-26781563promoter 内 3501-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26778138-26781063(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAATGT
SmilChr04G003392 Chr04 NC_080390.1:50465171-50465185promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50465951-50467991(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGCCTAGATCTGAG
SmilChr03G001522 Chr03 NC_080389.1:18659407-18659421promoter 内 3159-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 18657009-18658579(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAATGT
SmilChr03G002785 Chr03 NC_080389.1:44340720-44340734promoter 内 3108-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44337958-44339841(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAACTC
SmilChr01G005723 Chr01 NC_080387.1:73398997-73399011promoter 内 2832-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73393875-73397842(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTGTG
SmilChr02G001005 Chr02 NC_080388.1:17737223-17737237promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17735893-17735999(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGCCTA
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58876385-58876399promoter 内 2616-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTCAA
SmilChr04G002721 Chr04 NC_080390.1:42831272-42831286promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42832779-42833339(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTAAG
SmilChr04G001067 Chr04 NC_080390.1:15276516-15276530promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15278070-15289778(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCTAGATCTATG
SmilChr04G001976 Chr04 NC_080390.1:32020017-32020031promoter 内 2439-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32021579-32022190(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTCTGGATCTGAA
SmilChr03G004674 Chr03 NC_080389.1:64175093-64175107promoter 内 2200-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64176894-64183309(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATCTAGATCTGCT
SmilChr05G000554 Chr05 NC_080391.1:4178375-4178389promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4180253-4181336(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTATGGATCTGAC
SmilChr02G003964 Chr02 NC_080388.1:61797027-61797041promoter 内 1845-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61791360-61794885(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTGTG
SmilChr01G005981 Chr01 NC_080387.1:75474310-75474324promoter 内 1743-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75468432-75472066(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTAAG
SmilChr02G002380 Chr02 NC_080388.1:41710457-41710471promoter 内 1632-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41706311-41708102(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAAACTT
SmilChr01G004752 Chr01 NC_080387.1:65694718-65694732promoter 内 1423-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 65687230-65692154(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCGAGATCTGGA
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65520549-65520563promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGAACAGATCTGGG
SmilChr01G005955 Chr01 NC_080387.1:75238552-75238566promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75241474-75243017(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTAAG
SmilChr01G005998 Chr01 NC_080387.1:75568891-75568905promoter 内 986-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75564120-75565890(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTAAG
SmilChr04G000729 Chr04 NC_080390.1:8615980-8615994promoter 内 944-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8619037-8620930(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACCCTGGATCTGAG
SmilChr04G000232 Chr04 NC_080390.1:2058364-2058378promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2061428-2063247(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTACCTAGATCTGGT
SmilChr02G000527 Chr02 NC_080388.1:7245410-7245424promoter 内 875-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7248536-7248813(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGGCTGGATCTGAT
SmilChr03G003022 Chr03 NC_080389.1:47122164-47122178promoter 内 812-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47115833-47118989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAATTGGATCTGAA
SmilChr01G005925 Chr01 NC_080387.1:75061698-75061712promoter 内 774-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75057005-75058485(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAACTCT
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50266517-50266531promoter 内 662-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAAACGGATCTGAA
SmilChr04G003391 Chr04 NC_080390.1:50465171-50465185promoter 内 588-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50458881-50461772(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCAT
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70898434-70898448promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 70892558-70894994(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCGGATCTAGATAT
SmilChr02G001165 Chr02 NC_080388.1:21296479-21296493promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21300150-21300222(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCAT
SmilChr01G006013 Chr01 NC_080387.1:75724267-75724281promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75719970-75720495(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGCTAG
SmilChr03G001682 Chr03 NC_080389.1:22167562-22167576promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22171415-22173315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGAAAC