转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 31 / 139 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16434286-16434297promoter 内 3259-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 16435028-16436925(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGACGACGTGGG
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9841551-9841562promoter 内 3058-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 9836147-9840619(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGCGACGTGGA
SmilChr04G002817 Chr04 NC_080390.1:44230387-44230398promoter 内 2900-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 44228394-44229297(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGCGACGTGGA
SmilChr01G002187 Chr01 NC_080387.1:37992885-37992896promoter 内 2778-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 37994108-37997497(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGCC
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53909429-53909440promoter 内 2773-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 53910657-53912621(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGT
SmilChr04G002540 Chr04 NC_080390.1:40665798-40665809promoter 内 1902-1913 bp - 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40667897-40668488(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCCG
SmilChr02G000139 Chr02 NC_080388.1:1865994-1866005promoter 内 1668-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 1868327-1870030(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCCG
SmilChr01G000692 Chr01 NC_080387.1:15534499-15534510promoter 内 1426-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 15537074-15537938(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGAGACGTGGC
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216338-39216349promoter 内 467-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 39211130-39212815(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACACGTGGC
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464400-67464411promoter 内 460-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 67459992-67460870(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCACGTCAGCA
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75003615-75003626promoter 内 395-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 75007221-75009530(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCCA
SmilChr02G003991 Chr02 NC_080388.1:62206863-62206874promoter 内 202-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 62210662-62215677(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGCCA
SmilChr04G001995 Chr04 NC_080390.1:32247356-32247367promoter 内 3922-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 32247435-32248851(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACACGTGGC
SmilChr03G003705 Chr03 NC_080389.1:56001632-56001643promoter 内 3921-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56001712-56007487(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCGACC
SmilChr04G000781 Chr04 NC_080390.1:9582157-9582168promoter 内 3912-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9582246-9584636(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCACCC
SmilChr01G001404 Chr01 NC_080387.1:27660428-27660439promoter 内 3799-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27652810-27660237(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr03G000171 Chr03 NC_080389.1:1880749-1880760promoter 内 3653-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1876652-1880412(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr03G004192 Chr03 NC_080389.1:60593542-60593553promoter 内 3526-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60594017-60600197(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACACGTGGC
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54227194-54227205promoter 内 3497-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54224244-54226701(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCCG
SmilChr02G000259 Chr02 NC_080388.1:3315883-3315894promoter 内 3467-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3316417-3319774(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGT
SmilChr01G004135 Chr01 NC_080387.1:59858889-59858900promoter 内 3451-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59859439-59869965(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGAT
SmilChr01G000486 Chr01 NC_080387.1:9932296-9932307promoter 内 3387-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9932910-9934484(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTCGACGTGGG
SmilChr03G000631 Chr03 NC_080389.1:6961928-6961939promoter 内 3299-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6962630-6966190(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr03G000632 Chr03 NC_080389.1:6967905-6967916promoter 内 3299-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6968607-6972166(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr03G000633 Chr03 NC_080389.1:6973881-6973892promoter 内 3297-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6974585-6978143(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr02G001089 Chr02 NC_080388.1:19608329-19608340promoter 内 3204-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19597287-19607543(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr03G000327 Chr03 NC_080389.1:3733007-3733018promoter 内 3141-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3733867-3734983(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58935827-58935838promoter 内 3061-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGACGACGTGGG
SmilChr01G004536 Chr01 NC_080387.1:63519498-63519509promoter 内 3031-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63520468-63524011(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGAGACGTGGC
SmilChr03G000172 Chr03 NC_080389.1:1887968-1887979promoter 内 2996-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1883212-1886974(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTCACGTGGC
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74239252-74239263promoter 内 2882-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGCGACGTGGG
SmilChr02G001433 Chr02 NC_080388.1:27040112-27040123promoter 内 2711-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27035597-27038833(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGCCG
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:114321-114332promoter 内 2526-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGCCC
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23682758-23682769promoter 内 2362-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23679351-23681130(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGCCG
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19618293-19618304promoter 内 2269-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19620025-19622912(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGT
SmilChr04G002972 Chr04 NC_080390.1:46084822-46084833promoter 内 2144-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 46086679-46089185(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGAT
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47682719-47682730promoter 内 2040-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47679646-47680769(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTCACGTGGC
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SmilChr03G001734 Chr03 NC_080389.1:23306952-23306963promoter 内 1701-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23309252-23310665(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGCGACGTGGA
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SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21498781-21498792promoter 内 838-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 21501944-21504123(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGCGACGTGGA