转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 31 / 140 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003985 Chr01 NC_080387.1:58286753-58286767promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 58287581-58288554(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGGTCAAA
SmilChr02G000408 Chr02 NC_080388.1:5049036-5049050promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5049985-5053905(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCACCTAATTCTT
SmilChr01G003062 Chr01 NC_080387.1:49501058-49501072promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49495889-49500098(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGTTGAAA
SmilChr01G002863 Chr01 NC_080387.1:47221111-47221125promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 47222088-47227943(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTGGTAGGTGAAT
SmilChr03G000085 Chr03 NC_080389.1:977748-977762promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 974330-976714(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAAGTAGGTGACG
SmilChr02G000392 Chr02 NC_080388.1:4865177-4865191promoter 内 2798-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4860053-4863988(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCACCTAATTCTT
SmilChr01G000462 Chr01 NC_080387.1:9472641-9472655promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9461883-9471237(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCACACCTAATTTAG
SmilChr02G005221 Chr02 NC_080388.1:73425208-73425222promoter 内 2296-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 73426913-73431663(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAACCCCA
SmilChr01G001623 Chr01 NC_080387.1:30312209-30312223promoter 内 2184-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30314026-30315456(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATACACCTAACTCTC
SmilChr03G000823 Chr03 NC_080389.1:9427785-9427799promoter 内 2170-2184 bp - 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9424805-9425968(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTTATTAGGTGAGC
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30312209-30312223promoter 内 2083-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30308143-30310305(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGAGTTAGGTGTAT
SmilChr02G001964 Chr02 NC_080388.1:35451571-35451585promoter 内 1878-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 35453694-35454591(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGGAGTAGGTGACA
SmilChr02G003789 Chr02 NC_080388.1:59529274-59529288promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59531507-59532062(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTATTAGGTGGGC
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28235791-28235805promoter 内 1697-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28238095-28239268(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATACACCTAACTCTC
SmilChr02G000226 Chr02 NC_080388.1:2948938-2948952promoter 内 1609-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2945403-2946560(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGGTAGAT
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71027058-71027072promoter 内 1334-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 71029725-71030812(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGATATTAGGTGGCG
SmilChr01G004683 Chr01 NC_080387.1:64907624-64907638promoter 内 1260-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 64910365-64911638(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGGATTAGGTGAAA
SmilChr03G000590 Chr03 NC_080389.1:6564494-6564508promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 6567244-6570284(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATACACCTAACTCTC
SmilChr02G001044 Chr02 NC_080388.1:18509174-18509188promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 18501069-18506418(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATAGGTAGGTGATG
SmilChr01G000218 Chr01 NC_080387.1:3791628-3791642promoter 内 1118-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3794511-3799399(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAGAGGTAGGTGATG
SmilChr01G003875 Chr01 NC_080387.1:57020535-57020549promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 57023740-57024237(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAATTTAGGTGGAG
SmilChr01G003983 Chr01 NC_080387.1:58286753-58286767promoter 内 721-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 58281499-58283487(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTGACCTAATTTCT
SmilChr02G002723 Chr02 NC_080388.1:47083090-47083104promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 47086453-47091132(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAATTAGTTGAAA
SmilChr03G000456 Chr03 NC_080389.1:4857303-4857317promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4860679-4863481(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGCCAACTAATTTTG
SmilChr02G003787 Chr02 NC_080388.1:59529274-59529288promoter 内 620-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59522829-59525907(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAATAAAA
SmilChr02G004902 Chr02 NC_080388.1:71027058-71027072promoter 内 285-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 71021125-71023356(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGCCACCTAATATCC
SmilChr01G001462 Chr01 NC_080387.1:28424918-28424932promoter 内 254-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28428665-28432876(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTAAATTTA
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10009923-10009937promoter 内 1946-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 10003354-10007882(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGGTATAC
SmilChr01G005314 Chr01 NC_080387.1:70397072-70397086promoter 内 90-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 70392116-70393175(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATCACCTAATTTTC
SmilChr03G002631 Chr03 NC_080389.1:41779463-41779477promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 41777927-41778795(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAAGTAGGTGATA
SmilChr01G003981 Chr01 NC_080387.1:58261294-58261308promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 58262175-58264660(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAATTAGGTGGAT
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47436910-47436924promoter 内 2071-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 47438840-47442897(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGAATTAGGTAAAT
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47436910-47436924promoter 内 1589-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 47431042-47434512(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTTACCTAATTCTA
SmilChr02G001459 Chr02 NC_080388.1:27290424-27290438promoter 内 1535-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 27292890-27294003(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCAGGTAGGTGAAG
SmilChr02G001463 Chr02 NC_080388.1:27324094-27324108promoter 内 1535-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 27326560-27327765(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCAGGTAGGTGAAG
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74126845-74126859promoter 内 1055-1069 bp - 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 74123288-74123913(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGAAGTAGGTGATG
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