靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00025053-RA_Salv |
SmilChr03G002335 |
bZIP | XP_057801256.1 |
MP00647 |
TCACGTGG |
9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 32 / 143 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G002809 |
Chr04 | NC_080390.1:44039218-44039225promoter 内 1352-1359 bp |
- | 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 44036052-44036576(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G004916 |
Chr01 | NC_080387.1:67197825-67197832promoter 内 1285-1292 bp |
- | 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 67193509-67195116(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003963 |
Chr04 | NC_080390.1:55127365-55127372promoter 内 1256-1263 bp |
+ | 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 55130110-55131123(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr07G002617 |
Chr07 | NC_080393.1:25264114-25264121promoter 内 1219-1226 bp |
+ | 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 25266896-25270760(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G000642 |
Chr03 | NC_080389.1:7074739-7074746promoter 内 1213-1220 bp |
+ | 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 7077527-7080412(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002385 |
Chr03 | NC_080389.1:37775627-37775634promoter 内 1208-1215 bp |
- | 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 37770658-37772841(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000623 |
Chr02 | NC_080388.1:9220491-9220498promoter 内 1184-1191 bp |
- | 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 9216415-9217681(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000098 |
Chr02 | NC_080388.1:1276510-1276517promoter 内 1173-1180 bp |
+ | 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 1271452-1273689(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr02G002896 |
Chr02 | NC_080388.1:49237132-49237139promoter 内 1127-1134 bp |
+ | 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 49240006-49243113(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G002400 |
Chr01 | NC_080387.1:41353121-41353128promoter 内 1057-1064 bp |
+ | 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 41356065-41357075(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr06G001800 |
Chr06 | NC_080392.1:21168824-21168831promoter 内 1014-1021 bp |
+ | 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 21171811-21173884(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G004693 |
Chr03 | NC_080389.1:64296190-64296197promoter 内 1011-1018 bp |
- | 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 64288398-64293207(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr06G002165 |
Chr06 | NC_080392.1:29785414-29785421promoter 内 952-959 bp |
+ | 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 29788463-29789267(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G002693 |
Chr05 | NC_080391.1:30650953-30650960promoter 内 942-949 bp |
- | 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 30645278-30647901(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003669 |
Chr05 | NC_080391.1:49645358-49645365promoter 内 928-935 bp |
- | 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 49641705-49642292(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G001244 |
Chr02 | NC_080388.1:22829370-22829377promoter 内 908-915 bp |
+ | 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 22832463-22836275(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G000050 |
Chr05 | NC_080391.1:230066-230073promoter 内 881-888 bp |
+ | 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 233186-234304(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G002616 |
Chr05 | NC_080391.1:29434703-29434710promoter 内 866-873 bp |
- | 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 29428360-29431575(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G001340 |
Chr05 | NC_080391.1:11812801-11812808promoter 内 823-830 bp |
+ | 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 11815979-11817212(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003489 |
Chr05 | NC_080391.1:46378368-46378375promoter 内 809-816 bp |
+ | 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 46381560-46381922(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G004457 |
Chr01 | NC_080387.1:62688576-62688583promoter 内 792-799 bp |
+ | 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 62691785-62695137(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G000452 |
Chr03 | NC_080389.1:4839211-4839218promoter 内 768-775 bp |
- | 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 4831555-4835985(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G001855 |
Chr04 | NC_080390.1:30191190-30191197promoter 内 767-774 bp |
- | 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 30186711-30187963(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G004526 |
Chr03 | NC_080389.1:63313229-63313236promoter 内 706-713 bp |
- | 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 63307850-63309941(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001735 |
Chr01 | NC_080387.1:31949564-31949571promoter 内 704-711 bp |
+ | 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 31952861-31954060(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr02G000129 |
Chr02 | NC_080388.1:1751052-1751059promoter 内 644-651 bp |
+ | 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 1754409-1755279(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003152 |
Chr04 | NC_080390.1:48122594-48122601promoter 内 592-599 bp |
+ | 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 48126003-48134453(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003061 |
Chr04 | NC_080390.1:47184626-47184633promoter 内 569-576 bp |
- | 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 47178145-47181201(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002104 |
Chr03 | NC_080389.1:32763886-32763893promoter 内 567-574 bp |
- | 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 32760324-32760459(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G001520 |
Chr05 | NC_080391.1:13920814-13920821promoter 内 566-573 bp |
+ | 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 13924249-13926447(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr06G001934 |
Chr06 | NC_080392.1:23554172-23554179promoter 内 516-523 bp |
- | 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 23545456-23550694(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G002236 |
Chr02 | NC_080388.1:39693542-39693549promoter 内 463-470 bp |
+ | 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 39697080-39698597(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G000826 |
Chr01 | NC_080387.1:17805254-17805261promoter 内 443-450 bp |
- | 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 17795788-17801703(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003697 |
Chr04 | NC_080390.1:53334394-53334401promoter 内 432-439 bp |
+ | 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 53337963-53340609(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G000857 |
Chr05 | NC_080391.1:6778058-6778065promoter 内 388-395 bp |
- | 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 6771295-6774452(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G005511 |
Chr02 | NC_080388.1:75231382-75231389promoter 内 379-386 bp |
+ | 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 75235004-75238347(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G002148 |
Chr01 | NC_080387.1:37470839-37470846promoter 内 354-361 bp |
+ | 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 37474486-37476248(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr03G000531 |
Chr03 | NC_080389.1:5687623-5687630promoter 内 354-361 bp |
+ | 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 5691270-5693390(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003490 |
Chr05 | NC_080391.1:46378368-46378375promoter 内 310-317 bp |
+ | 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 46382059-46384098(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr07G002065 |
Chr07 | NC_080393.1:18780079-18780086promoter 内 285-292 bp |
- | 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 18774292-18776370(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr01G000899 |
Chr01 | NC_080387.1:19056426-19056433promoter 内 269-276 bp |
+ | 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 19060158-19062455(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003413 |
Chr02 | NC_080388.1:55308671-55308678promoter 内 230-237 bp |
- | 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 55292135-55304907(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003605 |
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- | 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 52515660-52516559(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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- | 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 32538679-32544616(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
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+ | 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 2944236-2951268(+) |
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SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGG |
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Chr05 | NC_080391.1:54635036-54635043promoter 内 190-197 bp |
+ | 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 54638847-54640091(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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+ | 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 43282648-43284698(+) |
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+ | 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 3 | 63881075-63883595(+) |
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MP00647 |
CCACGTGG |