转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 32 / 130 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4254431-4254443promoter 内 2740-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 4255692-4259229(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCA
SmilChr01G003463 Chr01 NC_080387.1:53207831-53207843promoter 内 2405-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 53209427-53212949(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATCAGAATATCCT
SmilChr02G000248 Chr02 NC_080388.1:3210601-3210613promoter 内 1670-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 3204946-3208282(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTTGA
SmilChr02G001252 Chr02 NC_080388.1:23017976-23017988promoter 内 1439-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 23020538-23023699(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCCAGAATATTCT
SmilChr03G000757 Chr03 NC_080389.1:8641103-8641115promoter 内 438-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 8644666-8646235(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCA
SmilChr03G001961 Chr03 NC_080389.1:28109639-28109651promoter 内 3941-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 28109699-28110847(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGAT
SmilChr03G001086 Chr03 NC_080389.1:12562800-12562812promoter 内 3927-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 12562874-12566305(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCTTTA
SmilChr02G003702 Chr02 NC_080388.1:58494741-58494753promoter 内 3915-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58486939-58494667(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCA
SmilChr01G004008 Chr01 NC_080387.1:58460476-58460488promoter 内 3908-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58453702-58460395(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTAAA
SmilChr02G005147 Chr02 NC_080388.1:72872110-72872122promoter 内 3031-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 72865368-72871152(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCA
SmilChr03G001776 Chr03 NC_080389.1:24218298-24218310promoter 内 2720-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 24214085-24217029(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCA
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50875629-50875641promoter 内 2683-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 50871331-50874323(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAAGAATATTCA
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1428906-1428918promoter 内 2476-2488 bp - 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1426595-1427393(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATCTGCC
SmilChr01G001299 Chr01 NC_080387.1:25856955-25856967promoter 内 1444-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 25859512-25865599(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGTATATTCTACT
SmilChr01G003419 Chr01 NC_080387.1:52828604-52828616promoter 内 1317-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 52831288-52834224(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGATT
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72872110-72872122promoter 内 1000-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 72875111-72879373(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGATT
SmilChr02G003141 Chr02 NC_080388.1:52438504-52438516promoter 内 686-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 52434287-52435201(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTATATTCTTGC
SmilChr02G004994 Chr02 NC_080388.1:71791592-71791604promoter 内 628-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 71784979-71788231(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCATATTCTCTT
SmilChr03G000039 Chr03 NC_080389.1:470724-470736promoter 内 418-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 465133-467153(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATCTGCC
SmilChr02G003703 Chr02 NC_080388.1:58494741-58494753promoter 内 305-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58498437-58502230(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCTTTA
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39196651-39196663promoter 内 3714-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATACGTAA
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39210257-39210269promoter 内 3714-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39210544-39212004(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATACGTAA
SmilChr01G002867 Chr01 NC_080387.1:47280725-47280737promoter 内 3514-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47278591-47280250(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCTTTA
SmilChr02G004565 Chr02 NC_080388.1:68171352-68171364promoter 内 3486-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68171867-68762800(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATACT
SmilChr02G003692 Chr02 NC_080388.1:58335324-58335336promoter 内 3464-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58332437-58334799(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGTTG
SmilChr02G000050 Chr02 NC_080388.1:668036-668048promoter 内 3463-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 668574-669670(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGGCT
SmilChr01G003988 Chr01 NC_080387.1:58307696-58307708promoter 内 3306-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58308391-58311924(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCA
SmilChr02G002625 Chr02 NC_080388.1:45596700-45596712promoter 内 3253-3265 bp + 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45591927-45595964(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTAAA
SmilChr02G005238 Chr02 NC_080388.1:73563442-73563454promoter 内 2635-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73564808-73566603(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTAGAATATACG
SmilChr02G004896 Chr02 NC_080388.1:70976190-70976202promoter 内 2222-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70977969-70979822(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGATT
SmilChr03G001962 Chr03 NC_080389.1:28109639-28109651promoter 内 2020-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 28111620-28116633(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGAT
SmilChr02G003423 Chr02 NC_080388.1:55442044-55442056promoter 内 1551-1563 bp - 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55436345-55439606(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAACGAATATTCA
SmilChr02G004038 Chr02 NC_080388.1:62705988-62706000promoter 内 1471-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62698756-62703470(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATCGAATATTCA
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73470354-73470366promoter 内 1424-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73465722-73467789(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTTGC
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57492893-57492905promoter 内 1418-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTGAG
SmilChr02G004798 Chr02 NC_080388.1:70179763-70179775promoter 内 1192-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70173582-70176966(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTCTA
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