转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 32 / 151 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002965 Chr04 NC_080390.1:46021988-46022000promoter 内 2487-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 46016086-46020486(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGAGTAGGTAAC
SmilChr04G003828 Chr04 NC_080390.1:54373327-54373339promoter 内 2430-2442 bp + 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54368726-54371768(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCGGTAGGTGAG
SmilChr01G001603 Chr01 NC_080387.1:30194368-30194380promoter 内 2120-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30196249-30197151(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTGAT
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49473826-49473838promoter 内 2081-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGTTAGGTAAC
SmilChr03G001192 Chr03 NC_080389.1:13727405-13727417promoter 内 1781-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 13723941-13725197(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTACA
SmilChr03G003052 Chr03 NC_080389.1:47415048-47415060promoter 内 1464-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47411397-47412523(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAACTTT
SmilChr03G001917 Chr03 NC_080389.1:26870668-26870680promoter 内 1202-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26862241-26867881(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCACT
SmilChr01G005125 Chr01 NC_080387.1:69053958-69053970promoter 内 1193-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69056766-69059958(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCATT
SmilChr01G002062 Chr01 NC_080387.1:36453829-36453841promoter 内 1039-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 36456791-36460998(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTAGTAGGTAAA
SmilChr05G000223 Chr05 NC_080391.1:1744508-1744520promoter 内 1005-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1738801-1741524(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCTTC
SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21498805-21498817promoter 内 862-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21501944-21504123(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGGGTTAGGTAAG
SmilChr04G001397 Chr04 NC_080390.1:22772168-22772180promoter 内 752-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22767711-22768931(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAGTAGGTAGA
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72193299-72193311promoter 内 652-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72196648-72208636(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCTCC
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72215365-72215377promoter 内 652-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72218714-72221703(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCTCC
SmilChr04G002769 Chr04 NC_080390.1:43485711-43485723promoter 内 611-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43489101-43494377(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTCC
SmilChr03G003051 Chr03 NC_080389.1:47415048-47415060promoter 内 482-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 47410249-47411541(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAACTTT
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30194368-30194380promoter 内 473-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30188781-30190852(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTTC
SmilChr04G003539 Chr04 NC_080390.1:51734436-51734448promoter 内 337-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 51738100-51739835(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCACC
SmilChr01G003803 Chr01 NC_080387.1:56419690-56419702promoter 内 2514-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 56415007-56418215(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAGTTAGGTAAA
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23647310-23647322promoter 内 2484-2496 bp - 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 23644815-23645805(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTAGC
SmilChr05G000240 Chr05 NC_080391.1:1838061-1838073promoter 内 3960-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 1838102-1840714(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCACC
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35732432-35732444promoter 内 3947-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 35732486-35733390(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACTAT
SmilChr01G005492 Chr01 NC_080387.1:71840101-71840113promoter 内 3893-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71834680-71840005(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAC
SmilChr03G001616 Chr03 NC_080389.1:20568009-20568021promoter 内 2639-2651 bp - 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 20563838-20566659(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACTAT
SmilChr02G005446 Chr02 NC_080388.1:74825670-74825682promoter 内 2477-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 74827194-74828545(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAACATT
SmilChr01G003871 Chr01 NC_080387.1:56956384-56956396promoter 内 2446-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 56957939-56961038(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAGTTAGGTAAA
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23638865-23638877promoter 内 1728-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 23641138-23643741(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTAGTAGGTAGG
SmilChr04G004083 Chr04 NC_080390.1:55880395-55880407promoter 内 1058-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 55874993-55877464(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATTAGGTAAG
SmilChr04G003557 Chr04 NC_080390.1:51950225-51950237promoter 内 1048-1060 bp + 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 51953178-51959851(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTATT
SmilChr01G004033 Chr01 NC_080387.1:58760012-58760024promoter 内 928-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 58763085-58767136(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAC
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033610-48033622promoter 内 378-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 48037233-48039898(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTATT
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52821276-52821288promoter 内 246-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 52825031-52826664(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCGGTAGGTAAC
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71215268-71215280promoter 内 34-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71211241-71211313(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGT
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22547234-22547246promoter 内 15-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 22542391-22543260(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTAGC
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46350067-46350079promoter 内 3968-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 46350100-46352683(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTGGTAGGTGGT
SmilChr02G002534 Chr02 NC_080388.1:44051967-44051979promoter 内 3542-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44045881-44051520(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTTAT
SmilChr01G004562 Chr01 NC_080387.1:63701401-63701413promoter 内 3514-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 63701888-63703925(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTTAGGTAAA
SmilChr01G000512 Chr01 NC_080387.1:10461701-10461713promoter 内 3374-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10458916-10461086(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTAGC
SmilChr01G001945 Chr01 NC_080387.1:34658618-34658630promoter 内 3152-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34653462-34657781(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTATT
SmilChr04G003952 Chr04 NC_080390.1:55083309-55083321promoter 内 3131-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55080439-55082451(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATAGTAGGTAAC
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SmilChr03G002837 Chr03 NC_080389.1:44911178-44911190promoter 内 2808-2820 bp - 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44912371-44919831(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGTTAGGTAAA
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SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60552051-60552063promoter 内 1634-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60548645-60549696(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATTTT
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SmilChr02G004104 Chr02 NC_080388.1:63348448-63348460promoter 内 1221-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 63344953-63345680(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACTAT