转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 33 / 146 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002055 Chr02 NC_080388.1:36942856-36942869promoter 内 1158-1171 bp + 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36945699-36946691(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCTTTGACTTTGA
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27426386-27426399promoter 内 1114-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 27429273-27430251(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCTTTGACTTTAG
SmilChr04G003087 Chr04 NC_080390.1:47475500-47475513promoter 内 1072-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47471279-47472584(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr03G002743 Chr03 NC_080389.1:43588141-43588154promoter 内 1062-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43591080-43592390(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G004999 Chr01 NC_080387.1:68030411-68030424promoter 内 944-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 68025025-68027367(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22360233-22360246promoter 内 813-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22363421-22371155(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAACTGT
SmilChr01G006182 Chr01 NC_080387.1:77340315-77340328promoter 内 752-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 77343564-77346499(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAGTA
SmilChr01G001016 Chr01 NC_080387.1:21333099-21333112promoter 内 745-758 bp + 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21322126-21329856(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAACTGT
SmilChr05G000062 Chr05 NC_080391.1:289152-289165promoter 内 646-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 292507-301400(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTTTT
SmilChr04G000855 Chr04 NC_080390.1:10821535-10821548promoter 内 641-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10817802-10818188(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr03G000702 Chr03 NC_080389.1:7836864-7836877promoter 内 634-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7840231-7841332(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr02G001736 Chr02 NC_080388.1:31934247-31934260promoter 内 599-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 31937649-31939943(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr01G001494 Chr01 NC_080387.1:28766941-28766954promoter 内 570-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28770372-28774508(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGTTGACTTTTA
SmilChr01G005188 Chr01 NC_080387.1:69585755-69585768promoter 内 554-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 69589202-69590147(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr04G003756 Chr04 NC_080390.1:53832038-53832051promoter 内 548-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53827652-53828598(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCTTTGACTTTTA
SmilChr02G004857 Chr02 NC_080388.1:70721465-70721478promoter 内 314-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 70711405-70717791(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTTTAG
SmilChr01G004925 Chr01 NC_080387.1:67315470-67315483promoter 内 252-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 67319219-67327902(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAGTA
SmilChr04G000640 Chr04 NC_080390.1:7269269-7269282promoter 内 248-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7273022-7275924(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCGTTGACCATCG
SmilChr02G002680 Chr02 NC_080388.1:46390948-46390961promoter 内 59-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46384041-46387019(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTAAAGTCAAAGGT
SmilChr02G003282 Chr02 NC_080388.1:54135363-54135376promoter 内 2981-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 54133913-54134356(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACTCA
SmilChr02G003283 Chr02 NC_080388.1:54135363-54135376promoter 内 2447-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 54136917-54140515(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGTTGACTTTAA
SmilChr01G000483 Chr01 NC_080387.1:9895445-9895458promoter 内 1098-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 9898348-9899628(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTGTTGACTTTGC
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31897057-31897070promoter 内 3564-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 31897494-31903418(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAAAGTCAACACA
SmilChr01G004238 Chr01 NC_080387.1:60710055-60710068promoter 内 3511-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 60710545-60711123(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACTCA
SmilChr01G004237 Chr01 NC_080387.1:60710055-60710068promoter 内 3492-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 60709018-60709559(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGTTGACTTTAA
SmilChr04G001411 Chr04 NC_080390.1:22966786-22966799promoter 内 3215-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 22967572-22969579(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTGTTGACTTTGC
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75032555-75032568promoter 内 3129-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 75029459-75031696(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAACTGA
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60710055-60710068promoter 内 3038-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 60708292-60709105(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGTTGACTTTAA
SmilChr05G000051 Chr05 NC_080391.1:235878-235891promoter 内 2313-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 237566-239845(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGTC
SmilChr01G004239 Chr01 NC_080387.1:60710055-60710068promoter 内 2037-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 60712019-60715266(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAAAGTCAACTCA
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710055-60710068promoter 内 2015-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 60707062-60708082(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAGTTGACTTTAA
SmilChr03G000425 Chr03 NC_080389.1:4626733-4626746promoter 内 717-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 4630017-4632066(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTACTC
SmilChr01G005431 Chr01 NC_080387.1:71469813-71469826promoter 内 3855-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 71469959-71473519(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGTTTGACTTTTT
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353304-72353317promoter 内 3567-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 72353738-72354907(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACGTTGACTTGAC
SmilChr02G004189 Chr02 NC_080388.1:64220643-64220656promoter 内 3430-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 64203209-64220085(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAGTTGACTTGTT
SmilChr04G004115 Chr04 NC_080390.1:56058000-56058013promoter 内 3207-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56052787-56057219(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGCGTTGACCTATG
SmilChr04G000540 Chr04 NC_080390.1:6003218-6003231promoter 内 3003-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 6001304-6002233(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGTTTGACTTTTA
SmilChr04G003483 Chr04 NC_080390.1:51280650-51280663promoter 内 2944-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 51281707-51292148(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACATA
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SmilChr03G001573 Chr03 NC_080389.1:19868075-19868088promoter 内 2076-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 19863081-19866163(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGTTTGACTTTTA
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