转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 33 / 146 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000336 Chr06 NC_080392.1:2522619-2522637promoter 内 1257-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2525363-2527050(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr07G003691 Chr07 NC_080393.1:44439141-44439159promoter 内 1187-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44433640-44436345(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAAAGGAAATGC
SmilChr01G001773 Chr01 NC_080387.1:32644342-32644360promoter 内 1185-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 32647158-32649996(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr05G002050 Chr05 NC_080391.1:21360207-21360225promoter 内 1175-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 21363033-21363104(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr07G004670 Chr07 NC_080393.1:59627573-59627591promoter 内 1163-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59619483-59624753(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr02G004791 Chr02 NC_080388.1:70110573-70110591promoter 内 1130-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 70113444-70114579(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCATTTCCTTTTTTGGTAA
SmilChr02G005360 Chr02 NC_080388.1:74316136-74316154promoter 内 1074-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 74319063-74320542(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr03G003595 Chr03 NC_080389.1:54590612-54590630promoter 内 1037-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54584497-54587666(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr08G002307 Chr08 NC_080394.1:21734454-21734472promoter 内 1027-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 21737428-21740790(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAATAGAAATAT
SmilChr05G001715 Chr05 NC_080391.1:16420383-16420401promoter 内 1025-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16423359-16426134(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAAAGGAAATGC
SmilChr03G002141 Chr03 NC_080389.1:33356461-33356479promoter 内 1013-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 33343375-33353491(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTGCTATTTTTGGTAA
SmilChr03G002450 Chr03 NC_080389.1:38882033-38882051promoter 内 986-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38885048-38885557(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTATGGAAA
SmilChr04G002560 Chr04 NC_080390.1:40904329-40904347promoter 内 911-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40907419-40910282(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAAGGGAAATGA
SmilChr02G002915 Chr02 NC_080388.1:49470412-49470430promoter 内 899-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49464290-49467328(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCATTTCCTTTTTTGGTAA
SmilChr04G002942 Chr04 NC_080390.1:45716009-45716027promoter 内 741-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45711964-45712767(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7243214-7243232promoter 内 696-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7246519-7247247(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr05G004203 Chr05 NC_080391.1:55911693-55911711promoter 内 678-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55904834-55908388(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TAACCAAAAAAAGAAAAAA
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8004097-8004115promoter 内 668-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7985576-8000782(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCATTTCCTTTTTTGGTAA
SmilChr07G001420 Chr07 NC_080393.1:11038733-11038751promoter 内 615-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 11042119-11046190(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr06G000590 Chr06 NC_080392.1:5084265-5084283promoter 内 614-632 bp + 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5079450-5080896(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCATTTCCTTTTTTGGTAA
SmilChr01G000155 Chr01 NC_080387.1:2637315-2637333promoter 内 605-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2640711-2643362(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAACGGAAATGA
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9969497-9969515promoter 内 584-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTATGGAAA
SmilChr08G000671 Chr08 NC_080394.1:4978094-4978112promoter 内 498-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4971863-4974609(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr08G001638 Chr08 NC_080394.1:13584512-13584530promoter 内 495-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13588018-13589874(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTTTCCATTTTGGGCTA
SmilChr01G005437 Chr01 NC_080387.1:71500739-71500757promoter 内 421-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71504319-71509382(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr03G003290 Chr03 NC_080389.1:51015680-51015698promoter 内 317-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51019364-51019993(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCATTTCCTTTTTTGGTAA
SmilChr01G003301 Chr01 NC_080387.1:51700348-51700366promoter 内 310-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51694329-51696675(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTATGGAAA
SmilChr03G002407 Chr03 NC_080389.1:38259096-38259114promoter 内 304-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38262793-38265735(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTATGGAAA
SmilChr03G004223 Chr03 NC_080389.1:60792160-60792178promoter 内 265-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60786613-60788442(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACCAAAAAAGGAAATGC
SmilChr03G000702 Chr03 NC_080389.1:7836449-7836467promoter 内 219-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7840231-7841332(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CACTTTCCTTTTATGGAAA
SmilChr01G004170 Chr01 NC_080387.1:60195567-60195585promoter 内 216-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60188254-60191800(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr07G001002 Chr07 NC_080393.1:7281440-7281458promoter 内 184-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7285257-7287896(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAATAGAAATAT
SmilChr08G004235 Chr08 NC_080394.1:51771940-51771958promoter 内 159-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51767118-51768116(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
SmilChr08G004491 Chr08 NC_080394.1:54534225-54534243promoter 内 90-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54538136-54540667(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TGTCCCAAAAAGGAAAAAA
SmilChr04G001871 Chr04 NC_080390.1:30513877-30513895promoter 内 65-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30505369-30509959(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCATAAAAGGAAAGTG
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