靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00001298-RA_Salv |
SmilChr05G001961 |
MIKC_MADS | XP_057766054.1 |
MP00077 |
TTCCAAAAATGGAAA |
9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 33 / 123 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002341 |
Chr01 | NC_080387.1:40578894-40578908promoter 内 2114-2128 bp |
- | 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 40574844-40577021(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
GTACAAAAATGGAAA |
SmilChr03G000582 |
Chr03 | NC_080389.1:6491355-6491369promoter 内 1578-1592 bp |
+ | 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 6493778-6499935(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCCAAATGTGGCAG |
SmilChr01G004098 |
Chr01 | NC_080387.1:59437548-59437562promoter 内 1541-1555 bp |
+ | 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 59440008-59447385(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCCAAAAGTAGAAT |
SmilChr01G003679 |
Chr01 | NC_080387.1:55207500-55207514promoter 内 1271-1285 bp |
- | 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 55200909-55204784(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCCAAATGTGGCAG |
SmilChr01G001982 |
Chr01 | NC_080387.1:35215304-35215318promoter 内 1183-1197 bp |
+ | 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 35210483-35212500(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TATCCATTTTGGGAC |
SmilChr01G001983 |
Chr01 | NC_080387.1:35215304-35215318promoter 内 1084-1098 bp |
+ | 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 35218221-35220823(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
GTCCCAAAATGGATA |
SmilChr03G001194 |
Chr03 | NC_080389.1:13749792-13749806promoter 内 624-638 bp |
+ | 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 13753169-13757650(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
GTCCCAAAATGGATA |
SmilChr01G005047 |
Chr01 | NC_080387.1:68408537-68408551promoter 内 212-226 bp |
+ | 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 68401320-68404762(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
ATTCCTTTTTTGGCA |
SmilChr01G001437 |
Chr01 | NC_080387.1:28035840-28035854promoter 内 112-126 bp |
- | 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 28031849-28031965(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TGCCAAAAAAGGAGA |
SmilChr02G003983 |
Chr02 | NC_080388.1:62072337-62072351promoter 内 49-63 bp |
- | 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 62076289-62077850(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTATTGGAA |
SmilChr02G001193 |
Chr02 | NC_080388.1:21958503-21958517promoter 内 2331-2345 bp |
+ | 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 6 | 21960173-21963698(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
GACCAAAAAAAGAAA |
SmilChr01G004966 |
Chr01 | NC_080387.1:67769107-67769121promoter 内 3683-3697 bp |
+ | 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 4 | 67769425-67778147(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr02G003224 |
Chr02 | NC_080388.1:53486318-53486332promoter 内 3668-3682 bp |
- | 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 4 | 53480965-53485999(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr02G005091 |
Chr02 | NC_080388.1:72501073-72501087promoter 内 3971-3985 bp |
+ | 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 72501103-72503096(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TCCTCAAAATGGCAA |
SmilChr02G003335 |
Chr02 | NC_080388.1:54593284-54593298promoter 内 3300-3314 bp |
- | 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 54593985-54596290(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCTATTTTTGTAA |
SmilChr01G002280 |
Chr01 | NC_080387.1:39596751-39596765promoter 内 2536-2550 bp |
- | 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 39592366-39595300(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TACCAAAAATAGACA |
SmilChr02G004004 |
Chr02 | NC_080388.1:62374459-62374473promoter 内 2097-2111 bp |
- | 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 62376363-62378688(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTACTACTTTTGGAC |
SmilChr02G001051 |
Chr02 | NC_080388.1:18747486-18747500promoter 内 1947-1961 bp |
- | 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 18741084-18745446(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr01G001221 |
Chr01 | NC_080387.1:24485248-24485262promoter 内 1873-1887 bp |
+ | 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 24480972-24483134(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CTTCTATTTTTGGAT |
SmilChr01G005221 |
Chr01 | NC_080387.1:69765216-69765230promoter 内 1026-1040 bp |
+ | 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 69768191-69768685(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr01G003398 |
Chr01 | NC_080387.1:52690074-52690088promoter 内 936-950 bp |
- | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 3 | 52693139-52695815(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CTACCATTTTTGGAT |
SmilChr02G000849 |
Chr02 | NC_080388.1:14414584-14414598promoter 内 3660-3674 bp |
+ | 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 14414925-14418249(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCTAAATATGGAAA |
SmilChr02G004200 |
Chr02 | NC_080388.1:64310937-64310951promoter 内 3474-3488 bp |
+ | 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 64310317-64310424(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTGAGGT |
SmilChr02G000536 |
Chr02 | NC_080388.1:7390120-7390134promoter 内 1884-1898 bp |
+ | 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 7392237-7393374(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCCTAAAATGGATA |
SmilChr02G003842 |
Chr02 | NC_080388.1:60156034-60156048promoter 内 1857-1871 bp |
+ | 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 60149380-60153904(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTGGTTT |
SmilChr02G004759 |
Chr02 | NC_080388.1:69777848-69777862promoter 内 1729-1743 bp |
- | 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 69780120-69781536(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATATTTAGAA |
SmilChr02G001659 |
Chr02 | NC_080388.1:30780492-30780506promoter 内 1294-1308 bp |
- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 30775413-30777799(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTCCTAAAATGGATA |
SmilChr02G004205 |
Chr02 | NC_080388.1:64310937-64310951promoter 内 1168-1182 bp |
+ | 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 64313770-64316621(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
ACCTCAAAATGGAAA |
SmilChr02G000848 |
Chr02 | NC_080388.1:14414584-14414598promoter 内 1087-1101 bp |
+ | 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 14410321-14411684(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATATTTAGAA |
SmilChr02G003858 |
Chr02 | NC_080388.1:60376180-60376194promoter 内 300-314 bp |
- | 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 60369218-60372493(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr02G002340 |
Chr02 | NC_080388.1:41119932-41119946promoter 内 70-84 bp |
+ | 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 41115239-41116015(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
TTTCCATTTTGGTTT |
SmilChr01G006041 |
Chr01 | NC_080387.1:75948294-75948308promoter 内 40-54 bp |
- | 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 2 | 75941861-75944347(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G000009 |
Chr01 | NC_080387.1:194731-194745promoter 内 3972-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 194760-197696(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr01G003944 |
Chr01 | NC_080387.1:57771275-57771289promoter 内 3972-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 57771304-57775906(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr01G006182 |
Chr01 | NC_080387.1:77343535-77343549promoter 内 3972-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 77343564-77346499(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
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Chr02 | NC_080388.1:46137237-46137251promoter 内 3972-3986 bp |
- | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 46134287-46137222(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr02G003249 |
Chr02 | NC_080388.1:53751353-53751367promoter 内 3972-3986 bp |
- | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 53745143-53751338(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr02G004914 |
Chr02 | NC_080388.1:71126178-71126192promoter 内 3872-3886 bp |
+ | 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 71126307-71126386(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
CACTCAAAATGGAAA |
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+ | 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 64432894-64434159(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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+ | 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 71123696-71125947(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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+ | 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 44692520-44697875(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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- | 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 64264351-64266280(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
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ATTCCATTTTTGGGT |
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- | 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 5059402-5060775(-) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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+ | 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 37583204-37586022(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G004773 |
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+ | 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 65922954-65924552(+) |
SMil_00001298-RA_Salv |
MP00077 |
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SmilChr01G004046 |
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+ | 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 58898460-58898936(-) |
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MP00077 |
TTTCCATATTTAGAA |
SmilChr02G003294 |
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+ | 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 54216229-54221417(+) |
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SmilChr02G004915 |
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+ | 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 71127287-71131478(+) |
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SmilChr01G001323 |
Chr01 | NC_080387.1:26264016-26264030promoter 内 2793-2807 bp |
+ | 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 26265224-26266468(+) |
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AAACCAAAATGGAAA |
SmilChr01G003972 |
Chr01 | NC_080387.1:58159966-58159980promoter 内 2763-2777 bp |
+ | 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.0/ 100 | 1 | 58156146-58158742(-) |
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