转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 33 / 123 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002341 Chr01 NC_080387.1:40578894-40578908promoter 内 2114-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40574844-40577021(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTACAAAAATGGAAA
SmilChr03G000582 Chr03 NC_080389.1:6491355-6491369promoter 内 1578-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6493778-6499935(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAATGTGGCAG
SmilChr01G004098 Chr01 NC_080387.1:59437548-59437562promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59440008-59447385(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAAAGTAGAAT
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55207500-55207514promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55200909-55204784(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAATGTGGCAG
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35215304-35215318promoter 内 1183-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35210483-35212500(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTTGGGAC
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35215304-35215318promoter 内 1084-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCCAAAATGGATA
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13749792-13749806promoter 内 624-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13753169-13757650(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCCAAAATGGATA
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68408537-68408551promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATTCCTTTTTTGGCA
SmilChr01G001437 Chr01 NC_080387.1:28035840-28035854promoter 内 112-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 28031849-28031965(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAAGGAGA
SmilChr02G003983 Chr02 NC_080388.1:62072337-62072351promoter 内 49-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62076289-62077850(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTATTGGAA
SmilChr02G001193 Chr02 NC_080388.1:21958503-21958517promoter 内 2331-2345 bp + 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 6 21960173-21963698(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GACCAAAAAAAGAAA
SmilChr01G004966 Chr01 NC_080387.1:67769107-67769121promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 67769425-67778147(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53486318-53486332promoter 内 3668-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 53480965-53485999(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr02G005091 Chr02 NC_080388.1:72501073-72501087promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 72501103-72503096(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCTCAAAATGGCAA
SmilChr02G003335 Chr02 NC_080388.1:54593284-54593298promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 54593985-54596290(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTATTTTTGTAA
SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39596751-39596765promoter 内 2536-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 39592366-39595300(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACCAAAAATAGACA
SmilChr02G004004 Chr02 NC_080388.1:62374459-62374473promoter 内 2097-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 62376363-62378688(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTACTACTTTTGGAC
SmilChr02G001051 Chr02 NC_080388.1:18747486-18747500promoter 内 1947-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 18741084-18745446(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G001221 Chr01 NC_080387.1:24485248-24485262promoter 内 1873-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 24480972-24483134(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCTATTTTTGGAT
SmilChr01G005221 Chr01 NC_080387.1:69765216-69765230promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 69768191-69768685(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G003398 Chr01 NC_080387.1:52690074-52690088promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 52693139-52695815(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTACCATTTTTGGAT
SmilChr02G000849 Chr02 NC_080388.1:14414584-14414598promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14414925-14418249(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTAAATATGGAAA
SmilChr02G004200 Chr02 NC_080388.1:64310937-64310951promoter 内 3474-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 64310317-64310424(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGAGGT
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7390120-7390134promoter 内 1884-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 7392237-7393374(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCTAAAATGGATA
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60156034-60156048promoter 内 1857-1871 bp + 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 60149380-60153904(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGTTT
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69777848-69777862promoter 内 1729-1743 bp - 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 69780120-69781536(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATATTTAGAA
SmilChr02G001659 Chr02 NC_080388.1:30780492-30780506promoter 内 1294-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 30775413-30777799(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCTAAAATGGATA
SmilChr02G004205 Chr02 NC_080388.1:64310937-64310951promoter 内 1168-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 64313770-64316621(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACCTCAAAATGGAAA
SmilChr02G000848 Chr02 NC_080388.1:14414584-14414598promoter 内 1087-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14410321-14411684(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATATTTAGAA
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60376180-60376194promoter 内 300-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 60369218-60372493(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr02G002340 Chr02 NC_080388.1:41119932-41119946promoter 内 70-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 41115239-41116015(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTGGTTT
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75948294-75948308promoter 内 40-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 75941861-75944347(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G000009 Chr01 NC_080387.1:194731-194745promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 194760-197696(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G003944 Chr01 NC_080387.1:57771275-57771289promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57771304-57775906(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
SmilChr01G006182 Chr01 NC_080387.1:77343535-77343549promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 77343564-77346499(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACCAAAATGGAAA
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