转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 34 / 136 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000953 Chr01 NC_080387.1:20168474-20168481promoter 内 559-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 20171916-20171987(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G001640 Chr06 NC_080392.1:18492049-18492056promoter 内 443-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 18495607-18500657(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G002016 Chr01 NC_080387.1:35736820-35736827promoter 内 415-422 bp - 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 35732175-35733241(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G000514 Chr04 NC_080390.1:5642050-5642057promoter 内 381-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 5645670-5657433(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G002193 Chr06 NC_080392.1:30389529-30389536promoter 内 81-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 30393449-30402632(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G000499 Chr06 NC_080392.1:4104992-4104999promoter 内 78-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 4100519-4101076(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G001289 Chr07 NC_080393.1:9920195-9920202promoter 内 64-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 4 9924132-9926203(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5040396-5040403promoter 内 3962-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 5034119-5040364(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G001401 Chr04 NC_080390.1:22791645-22791652promoter 内 3942-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 22791704-22792840(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G004344 Chr03 NC_080389.1:61727929-61727936promoter 内 3941-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 61727989-61734910(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G004002 Chr04 NC_080390.1:55370553-55370560promoter 内 3933-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 55365419-55370492(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G002331 Chr06 NC_080392.1:33773692-33773699promoter 内 3888-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 33773805-33791814(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36662050-36662057promoter 内 3883-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 36662168-36662685(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003515 Chr05 NC_080391.1:46967959-46967966promoter 内 3832-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 46964579-46967797(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18817541-18817548promoter 内 3741-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 18817801-18819608(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003317 Chr05 NC_080391.1:43445202-43445209promoter 内 3713-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 43437991-43444921(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G000542 Chr03 NC_080389.1:5887696-5887703promoter 内 3654-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 5888043-5890586(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G004124 Chr07 NC_080393.1:52927836-52927843promoter 内 3559-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 52928278-52931702(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36932489-36932496promoter 内 3551-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 36932939-36935810(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70544537-70544544promoter 内 3546-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 70542168-70544089(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G004343 Chr03 NC_080389.1:61727929-61727936promoter 内 3535-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 61724727-61727470(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G001542 Chr07 NC_080393.1:12540703-12540710promoter 内 3500-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 12533866-12540209(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G001554 Chr03 NC_080389.1:19583680-19583687promoter 内 3486-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 19584195-19587310(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G001505 Chr07 NC_080393.1:12010927-12010934promoter 内 3458-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 12004082-12010391(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G003670 Chr03 NC_080389.1:55543281-55543288promoter 内 3448-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 55533617-55542735(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G001830 Chr02 NC_080388.1:33316629-33316636promoter 内 3392-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 33311729-33316027(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38388897-38388904promoter 内 3366-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 38389532-38392060(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003661 Chr05 NC_080391.1:49334047-49334054promoter 内 3353-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 49329933-49333406(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G000506 Chr05 NC_080391.1:3930694-3930701promoter 内 3349-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 3929977-3930049(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003877 Chr04 NC_080390.1:54635274-54635281promoter 内 3337-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 54634544-54634617(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18489171-18489178promoter 内 3336-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 18489836-18489909(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53800975-53800982promoter 内 3264-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 53801712-53804937(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G000514 Chr05 NC_080391.1:3960000-3960007promoter 内 3236-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 3956303-3959242(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45804511-45804518promoter 内 3223-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 45805289-45808881(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G000064 Chr04 NC_080390.1:575649-575656promoter 内 3179-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 576471-586022(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G000581 Chr01 NC_080387.1:12298173-12298180promoter 内 3175-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 12292868-12297354(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G001107 Chr08 NC_080394.1:8589454-8589461promoter 内 3072-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 3 8590383-8594571(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
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