转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 34 / 147 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001654 Chr01 NC_080387.1:30606909-30606923promoter 内 2162-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30601165-30605084(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCGGGTTAGGTAC
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61694579-61694593promoter 内 2145-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61690687-61692737(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGTATAGTTAGGTCG
SmilChr02G004984 Chr02 NC_080388.1:71727479-71727493promoter 内 2102-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71729378-71732730(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTTGGC
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50995199-50995213promoter 内 2021-2035 bp - 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50997179-51002895(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACAACTAC
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69058067-69058081promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69053031-69056012(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTATCTA
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49185971-49185985promoter 内 1677-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCAAGTTAGGTTT
SmilChr03G001536 Chr03 NC_080389.1:19267990-19268004promoter 内 1672-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19261872-19265675(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTCACAT
SmilChr01G002499 Chr01 NC_080387.1:42823091-42823105promoter 内 1463-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42825629-42827924(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCCGCGC
SmilChr02G004288 Chr02 NC_080388.1:65216970-65216984promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65213280-65214389(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTCCTTG
SmilChr03G002704 Chr03 NC_080389.1:42983205-42983219promoter 内 1388-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42985818-42986925(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTATGAGTTAGGTGC
SmilChr04G000737 Chr04 NC_080390.1:8844213-8844227promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8840391-8841553(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCGGGTTAGGTAC
SmilChr02G005210 Chr02 NC_080388.1:73333954-73333968promoter 内 1323-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 73330538-73331290(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAAATGTTAGGTTA
SmilChr02G005202 Chr02 NC_080388.1:73289728-73289742promoter 内 1283-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 73286223-73287024(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAAATGTTAGGTTA
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27190786-27190800promoter 内 1261-1275 bp - 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27187377-27188060(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTCATAGTTAGGCCG
SmilChr01G005886 Chr01 NC_080387.1:74771252-74771266promoter 内 1236-1250 bp + 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74774017-74848538(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAGAATTAGGTAG
SmilChr03G002702 Chr03 NC_080389.1:42983205-42983219promoter 内 1197-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42980343-42980415(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCACCTAACTCATAC
SmilChr01G000947 Chr01 NC_080387.1:20050114-20050128promoter 内 1171-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 20052944-20053937(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACATTTGC
SmilChr01G000678 Chr01 NC_080387.1:14997364-14997378promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14991419-14994451(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTTGACT
SmilChr04G001849 Chr04 NC_080390.1:30149519-30149533promoter 内 1059-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30152461-30154423(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATTTGT
SmilChr01G004717 Chr01 NC_080387.1:65374052-65374066promoter 内 1037-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65377016-65378790(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACCCACGT
SmilChr03G002498 Chr03 NC_080389.1:39794846-39794860promoter 内 866-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39788471-39791725(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCCGCGC
SmilChr03G001174 Chr03 NC_080389.1:13494614-13494628promoter 内 840-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13497775-13500713(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTAGAGTTAGGTTT
SmilChr03G001173 Chr03 NC_080389.1:13484306-13484320promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13487472-13490429(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTAGAGTTAGGTTT
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19654971-19654985promoter 内 832-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19658140-19659509(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GACAGAGTTAGGTCA
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9065132-9065146promoter 内 803-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9068330-9069128(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCCTAGC
SmilChr04G001820 Chr04 NC_080390.1:29696122-29696136promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29699327-29702229(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTAGAGTTAGGTTT
SmilChr01G001533 Chr01 NC_080387.1:29351852-29351866promoter 内 717-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29345473-29348582(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGTCAGTTAGGCAA
SmilChr02G002764 Chr02 NC_080388.1:47703879-47703893promoter 内 660-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47698071-47700552(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGCCTAACTTGGCG
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70814264-70814278promoter 内 658-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70809376-70810935(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCCATTT
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71264198-71264212promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71267571-71269699(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTTAATT
SmilChr01G000202 Chr01 NC_080387.1:3478411-3478425promoter 内 599-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3470653-3475023(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGGAAGTTAGGCTT
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7872543-7872557promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 7864881-7869100(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGTTGGTTAGGTGG
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40010727-40010741promoter 内 440-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACCTAAGTTAGGTCC
SmilChr04G000279 Chr04 NC_080390.1:2557580-2557594promoter 内 415-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2549172-2554008(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTTCCGA
SmilChr01G003690 Chr01 NC_080387.1:55266988-55267002promoter 内 399-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55270590-55273486(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTCTCT
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