转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 35 / 128 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005924 Chr01 NC_080387.1:75043042-75043056promoter 内 1093-1107 bp + 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 75045950-75047871(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGCCACCGCCG
SmilChr01G005579 Chr01 NC_080387.1:72514098-72514112promoter 内 1067-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 72517032-72519273(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGACGA
SmilChr03G000760 Chr03 NC_080389.1:8685865-8685879promoter 内 1058-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 8688808-8713050(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr01G000004 Chr01 NC_080387.1:134205-134219promoter 内 725-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 137481-141573(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGTGG
SmilChr07G001711 Chr07 NC_080393.1:14492007-14492021promoter 内 709-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 14495299-14496084(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCG
SmilChr01G004909 Chr01 NC_080387.1:67123223-67123237promoter 内 703-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 67126521-67126717(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGCCACCGCCG
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74124994-74125008promoter 内 292-306 bp - 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 74118531-74121299(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCG
SmilChr05G003322 Chr05 NC_080391.1:43526663-43526677promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 43521927-43522733(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCT
SmilChr01G000896 Chr01 NC_080387.1:19007215-19007229promoter 内 3952-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 19007264-19008454(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCT
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61367155-61367169promoter 内 3730-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGTGG
SmilChr05G002952 Chr05 NC_080391.1:35641234-35641248promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35641737-35653228(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr03G000451 Chr03 NC_080389.1:4823871-4823885promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4824378-4825594(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr03G001717 Chr03 NC_080389.1:23043553-23043567promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 23041773-23043060(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCTCCGCCGCCG
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59228774-59228788promoter 内 3469-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59227164-59228256(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr01G002578 Chr01 NC_080387.1:43924433-43924447promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43922847-43923888(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr05G001999 Chr05 NC_080391.1:20711916-20711930promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20709488-20711170(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGAGGAGG
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073101-35073115promoter 内 3200-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35073902-35076549(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTCGG
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13448534-13448548promoter 内 3122-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCG
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9880150-9880164promoter 内 3093-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9875624-9879256(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr01G002926 Chr01 NC_080387.1:48030130-48030144promoter 内 3076-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 48031055-48031829(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr03G002373 Chr03 NC_080389.1:37359113-37359127promoter 内 3048-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37360066-37361268(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr05G003028 Chr05 NC_080391.1:37892919-37892933promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37893907-37895207(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCCT
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63302345-63302359promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63300237-63301258(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr01G002891 Chr01 NC_080387.1:47600845-47600859promoter 内 2761-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 47591308-47599619(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGACGA
SmilChr02G001864 Chr02 NC_080388.1:33884670-33884684promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 33882997-33883389(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGAGT
SmilChr02G005296 Chr02 NC_080388.1:73930334-73930348promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 73931642-73942575(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr05G003502 Chr05 NC_080391.1:46678531-46678545promoter 内 2667-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 46679865-46686703(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCG
SmilChr04G002488 Chr04 NC_080390.1:39741335-39741349promoter 内 2641-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 39742695-39744325(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr01G000966 Chr01 NC_080387.1:20501877-20501891promoter 内 2595-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20503283-20504971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCGT
SmilChr05G000533 Chr05 NC_080391.1:4080301-4080315promoter 内 2541-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4077156-4078855(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr01G004778 Chr01 NC_080387.1:65954405-65954419promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 65956063-65956945(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTACCACCGCCG
SmilChr02G000212 Chr02 NC_080388.1:2762068-2762082promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 2754567-2760417(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr05G001703 Chr05 NC_080391.1:16227553-16227567promoter 内 2307-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 16229247-16231023(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCG
SmilChr04G003580 Chr04 NC_080390.1:52215352-52215366promoter 内 2232-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52217121-52219403(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAAGG
SmilChr06G003289 Chr06 NC_080392.1:45447819-45447833promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 45449609-45453974(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCGT
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