靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007655-RA_Salv |
SmilChr04G003745 |
C2H2 | XP_057809144.1 |
MP00416 |
TGTAGTAG |
9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 35 / 129 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003564 |
Chr01 | NC_080387.1:54231784-54231791promoter 内 3465-3472 bp |
+ | 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54232320-54235647(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G002842 |
Chr01 | NC_080387.1:46987979-46987986promoter 内 3464-3471 bp |
- | 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 46988516-46992084(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G003135 |
Chr02 | NC_080388.1:52369643-52369650promoter 内 3462-3469 bp |
- | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52368541-52369111(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G005303 |
Chr02 | NC_080388.1:73972531-73972538promoter 内 3462-3469 bp |
+ | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 73969792-73971999(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G002981 |
Chr01 | NC_080387.1:48741942-48741949promoter 内 3453-3460 bp |
+ | 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48742490-48744446(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G002110 |
Chr02 | NC_080388.1:37802232-37802239promoter 内 3451-3458 bp |
- | 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37789698-37801689(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G003857 |
Chr02 | NC_080388.1:60367033-60367040promoter 内 3446-3453 bp |
- | 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60367588-60369177(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G003982 |
Chr02 | NC_080388.1:62068203-62068210promoter 内 3445-3452 bp |
- | 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62068759-62071888(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G006076 |
Chr01 | NC_080387.1:76211106-76211113promoter 内 3444-3451 bp |
+ | 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76211663-76212899(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G001446 |
Chr01 | NC_080387.1:28158632-28158639promoter 内 3439-3446 bp |
+ | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28159194-28169998(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G003443 |
Chr01 | NC_080387.1:53000462-53000469promoter 内 3433-3440 bp |
- | 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53001030-53003259(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G000584 |
Chr01 | NC_080387.1:12601949-12601956promoter 内 3431-3438 bp |
+ | 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12599471-12601386(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G003269 |
Chr02 | NC_080388.1:53942897-53942904promoter 内 3426-3433 bp |
- | 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53943472-53945305(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G005544 |
Chr01 | NC_080387.1:72248999-72249006promoter 内 3420-3427 bp |
- | 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 72249580-72252845(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G001313 |
Chr01 | NC_080387.1:26110171-26110178promoter 内 3419-3426 bp |
+ | 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 26102816-26109596(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G001255 |
Chr02 | NC_080388.1:23048878-23048885promoter 内 3416-3423 bp |
+ | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23049463-23051744(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G002515 |
Chr02 | NC_080388.1:43653163-43653170promoter 内 3413-3420 bp |
+ | 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 43650178-43652582(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G000187 |
Chr01 | NC_080387.1:3185918-3185925promoter 内 3398-3405 bp |
+ | 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3183053-3185322(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G003459 |
Chr01 | NC_080387.1:53161153-53161160promoter 内 3393-3400 bp |
- | 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53157546-53160552(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G002527 |
Chr01 | NC_080387.1:43284259-43284266promoter 内 3383-3390 bp |
- | 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 43278640-43283648(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G000883 |
Chr02 | NC_080388.1:15225810-15225817promoter 内 3378-3385 bp |
- | 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 15222287-15225194(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G003693 |
Chr02 | NC_080388.1:58378206-58378213promoter 内 3376-3383 bp |
- | 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58373232-58377588(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G005741 |
Chr01 | NC_080387.1:73519190-73519197promoter 内 3373-3380 bp |
+ | 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 73519818-73521001(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G001112 |
Chr02 | NC_080388.1:20026478-20026485promoter 内 3367-3374 bp |
+ | 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 20022826-20025851(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G001102 |
Chr01 | NC_080387.1:22548817-22548824promoter 内 3361-3368 bp |
+ | 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22549457-22555678(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G001698 |
Chr01 | NC_080387.1:31265753-31265760promoter 内 3359-3366 bp |
+ | 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31262793-31265118(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G000073 |
Chr01 | NC_080387.1:1268738-1268745promoter 内 3352-3359 bp |
- | 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1269387-1271849(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G001986 |
Chr01 | NC_080387.1:35294275-35294282promoter 内 3347-3354 bp |
- | 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 35291055-35293628(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G001816 |
Chr02 | NC_080388.1:33024891-33024898promoter 内 3345-3352 bp |
+ | 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33020235-33024242(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G004415 |
Chr01 | NC_080387.1:62297629-62297636promoter 内 3343-3350 bp |
+ | 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62298287-62300829(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G002467 |
Chr01 | NC_080387.1:42365465-42365472promoter 内 3339-3346 bp |
- | 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42366127-42368224(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr03G000366 |
Chr03 | NC_080389.1:4093491-4093498promoter 内 3338-3345 bp |
+ | 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4088674-4092835(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G000470 |
Chr01 | NC_080387.1:9591961-9591968promoter 内 3336-3343 bp |
- | 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9592626-9605359(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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Chr03 | NC_080389.1:469376-469383promoter 内 3329-3336 bp |
- | 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 470048-471879(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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Chr01 | NC_080387.1:33423403-33423410promoter 内 3326-3333 bp |
- | 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33424078-33425991(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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Chr02 | NC_080388.1:75735677-75735684promoter 内 3325-3332 bp |
+ | 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75736353-75739430(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
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Chr01 | NC_080387.1:26809310-26809317promoter 内 3320-3327 bp |
- | 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 26809991-26810948(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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Chr01 | NC_080387.1:66189116-66189123promoter 内 3313-3320 bp |
- | 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 66186585-66188435(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G003422 |
Chr02 | NC_080388.1:55433145-55433152promoter 内 3313-3320 bp |
- | 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55428480-55432464(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G004262 |
Chr01 | NC_080387.1:60892913-60892920promoter 内 3308-3315 bp |
- | 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60893606-60895376(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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Chr01 | NC_080387.1:3859566-3859573promoter 内 3306-3313 bp |
- | 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3854243-3858878(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
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Chr02 | NC_080388.1:10767285-10767292promoter 内 3305-3312 bp |
+ | 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10765274-10766596(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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Chr03 | NC_080389.1:3174383-3174390promoter 内 3304-3311 bp |
+ | 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3171369-3173693(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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- | 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 68340382-68343054(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G003271 |
Chr01 | NC_080387.1:51422520-51422527promoter 内 3298-3305 bp |
+ | 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51423223-51427377(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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SmilChr02G004348 |
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- | 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 65748711-65757383(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G005140 |
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- | 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 72823848-72828130(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G004398 |
Chr02 | NC_080388.1:66333975-66333982promoter 内 3293-3300 bp |
- | 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 66329075-66333274(-) |
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MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G000394 |
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- | 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8104758-8108148(-) |
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MP00416 |
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SmilChr02G004536 |
Chr02 | NC_080388.1:67939662-67939669promoter 内 3291-3298 bp |
+ | 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 67930185-67938959(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |