转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 35 / 129 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003564 Chr01 NC_080387.1:54231784-54231791promoter 内 3465-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54232320-54235647(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G002842 Chr01 NC_080387.1:46987979-46987986promoter 内 3464-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46988516-46992084(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G003135 Chr02 NC_080388.1:52369643-52369650promoter 内 3462-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52368541-52369111(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G005303 Chr02 NC_080388.1:73972531-73972538promoter 内 3462-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73969792-73971999(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G002981 Chr01 NC_080387.1:48741942-48741949promoter 内 3453-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48742490-48744446(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G002110 Chr02 NC_080388.1:37802232-37802239promoter 内 3451-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37789698-37801689(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G003857 Chr02 NC_080388.1:60367033-60367040promoter 内 3446-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60367588-60369177(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G003982 Chr02 NC_080388.1:62068203-62068210promoter 内 3445-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62068759-62071888(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G006076 Chr01 NC_080387.1:76211106-76211113promoter 内 3444-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76211663-76212899(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G001446 Chr01 NC_080387.1:28158632-28158639promoter 内 3439-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28159194-28169998(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G003443 Chr01 NC_080387.1:53000462-53000469promoter 内 3433-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53001030-53003259(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G000584 Chr01 NC_080387.1:12601949-12601956promoter 内 3431-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12599471-12601386(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G003269 Chr02 NC_080388.1:53942897-53942904promoter 内 3426-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53943472-53945305(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G005544 Chr01 NC_080387.1:72248999-72249006promoter 内 3420-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72249580-72252845(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001313 Chr01 NC_080387.1:26110171-26110178promoter 内 3419-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26102816-26109596(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23048878-23048885promoter 内 3416-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23049463-23051744(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G002515 Chr02 NC_080388.1:43653163-43653170promoter 内 3413-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43650178-43652582(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G000187 Chr01 NC_080387.1:3185918-3185925promoter 内 3398-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3183053-3185322(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G003459 Chr01 NC_080387.1:53161153-53161160promoter 内 3393-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53157546-53160552(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G002527 Chr01 NC_080387.1:43284259-43284266promoter 内 3383-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43278640-43283648(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G000883 Chr02 NC_080388.1:15225810-15225817promoter 内 3378-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15222287-15225194(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58378206-58378213promoter 内 3376-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58373232-58377588(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G005741 Chr01 NC_080387.1:73519190-73519197promoter 内 3373-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73519818-73521001(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G001112 Chr02 NC_080388.1:20026478-20026485promoter 内 3367-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20022826-20025851(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22548817-22548824promoter 内 3361-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22549457-22555678(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31265753-31265760promoter 内 3359-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1268738-1268745promoter 内 3352-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1269387-1271849(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001986 Chr01 NC_080387.1:35294275-35294282promoter 内 3347-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35291055-35293628(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33024891-33024898promoter 内 3345-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33020235-33024242(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G004415 Chr01 NC_080387.1:62297629-62297636promoter 内 3343-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62298287-62300829(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G002467 Chr01 NC_080387.1:42365465-42365472promoter 内 3339-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42366127-42368224(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr03G000366 Chr03 NC_080389.1:4093491-4093498promoter 内 3338-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4088674-4092835(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G000470 Chr01 NC_080387.1:9591961-9591968promoter 内 3336-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9592626-9605359(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr03G000040 Chr03 NC_080389.1:469376-469383promoter 内 3329-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 470048-471879(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33423403-33423410promoter 内 3326-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75735677-75735684promoter 内 3325-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
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