转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 35 / 119 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003018 Chr02 NC_080388.1:50887002-50887012promoter 内 699-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50876103-50883710(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTCT
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45148203-45148213promoter 内 627-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 45151577-45154195(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAC
SmilChr02G002141 Chr02 NC_080388.1:38536174-38536184promoter 内 587-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 38539588-38540729(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTCT
SmilChr02G003656 Chr02 NC_080388.1:57943662-57943672promoter 内 566-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57947097-57947936(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGAGGTCAACG
SmilChr02G001347 Chr02 NC_080388.1:25181427-25181437promoter 内 559-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25177889-25177995(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAC
SmilChr02G002298 Chr02 NC_080388.1:40556214-40556224promoter 内 406-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40559809-40561749(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTG
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31318719-31318729promoter 内 59-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 31322661-31326472(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGAAGTCAAAG
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64382542-64382552promoter 内 2047-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 64377780-64380598(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34585326-34585336promoter 内 1250-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 34588077-34591403(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTAG
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64285250-64285260promoter 内 402-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 4 64288849-64296311(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTCT
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64382542-64382552promoter 内 3801-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 64380776-64382352(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr01G002322 Chr01 NC_080387.1:40293999-40294009promoter 内 3460-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 40287385-40293468(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr02G000914 Chr02 NC_080388.1:15870085-15870095promoter 内 2596-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 15850486-15868690(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTCT
SmilChr02G000915 Chr02 NC_080388.1:15870085-15870095promoter 内 2577-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 15852719-15868671(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTCT
SmilChr01G004178 Chr01 NC_080387.1:60229381-60229391promoter 内 1912-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 60222171-60227302(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGTT
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53244883-53244893promoter 内 739-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 53248145-53250479(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G002045 Chr01 NC_080387.1:36195244-36195254promoter 内 3936-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 36195309-36197167(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G002031 Chr01 NC_080387.1:35891068-35891078promoter 内 3786-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35889237-35890863(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12938371-12938381promoter 内 3745-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 12938627-12948947(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40122183-40122193promoter 内 3399-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40115931-40121591(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr02G002481 Chr02 NC_080388.1:43206001-43206011promoter 内 3202-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 43206800-43209621(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
SmilChr02G002796 Chr02 NC_080388.1:48056525-48056535promoter 内 3067-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 48039990-48055601(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTAAGTCAACC
SmilChr01G004693 Chr01 NC_080387.1:64981862-64981872promoter 内 2803-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64983060-64985774(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTTA
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301554-6301564promoter 内 2676-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 6297501-6300239(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTTA
SmilChr01G004079 Chr01 NC_080387.1:59211176-59211186promoter 内 2578-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 59212599-59214259(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
SmilChr02G000061 Chr02 NC_080388.1:777827-777837promoter 内 2578-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 776342-776414(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53891589-53891599promoter 内 2268-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 53893322-53895242(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G005613 Chr01 NC_080387.1:72661612-72661622promoter 内 2260-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72657981-72659881(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G005554 Chr01 NC_080387.1:72375429-72375439promoter 内 2189-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72370681-72373627(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACAGTCAACT
SmilChr01G004692 Chr01 NC_080387.1:64981862-64981872promoter 内 1880-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64979087-64979751(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr01G001959 Chr01 NC_080387.1:34845288-34845298promoter 内 1739-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 34847550-34851223(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTTA
SmilChr01G001967 Chr01 NC_080387.1:35022625-35022635promoter 内 1734-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35024892-35028614(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTTA
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25604882-25604892promoter 内 1551-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25600152-25602442(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AATAGTCAACT
SmilChr01G004624 Chr01 NC_080387.1:64260716-64260726promoter 内 366-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64264351-64266280(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50309933-50309943promoter 内 233-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 50313701-50316532(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAACA
SmilChr01G002800 Chr01 NC_080387.1:46488385-46488395promoter 内 195-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 46492191-46494360(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTATT
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