转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 37 / 138 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004583 Chr01 NC_080387.1:63868308-63868321promoter 内 95-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63872214-63875822(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTGTGT
SmilChr03G001430 Chr03 NC_080389.1:16971781-16971794promoter 内 7-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 16966140-16967800(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGGTTAGGTATTT
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16332729-16332742promoter 内 3980-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16332750-16336805(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGATTAGGTACAT
SmilChr02G004347 Chr02 NC_080388.1:65744182-65744195promoter 内 3961-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65742018-65744155(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTTTGT
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63451867-63451880promoter 内 3931-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63451937-63461276(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCATACCTAATCTA
SmilChr02G000101 Chr02 NC_080388.1:1296817-1296830promoter 内 3808-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1293366-1296637(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGATTAGGTAGAG
SmilChr01G006155 Chr01 NC_080387.1:76976174-76976187promoter 内 3774-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76976401-76977927(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGCCCAA
SmilChr01G006157 Chr01 NC_080387.1:76982247-76982260promoter 内 3774-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76982474-76984000(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGCCCAA
SmilChr02G000607 Chr02 NC_080388.1:8839162-8839175promoter 内 3692-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8839471-8846778(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAATTAGGTATAA
SmilChr02G000370 Chr02 NC_080388.1:4704576-4704589promoter 内 3688-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4699575-4704276(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGGTTAGGTATCA
SmilChr03G000776 Chr03 NC_080389.1:8843581-8843594promoter 内 3651-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8840478-8843244(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGGTTAGGTATTT
SmilChr03G002567 Chr03 NC_080389.1:40858424-40858437promoter 内 3648-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40858777-40859191(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTCAACCTAACATA
SmilChr01G005672 Chr01 NC_080387.1:72993658-72993671promoter 内 3621-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72994038-72995363(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAGAACCTAACTAT
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77415604-77415617promoter 内 3618-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 77415987-77416394(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGAACCTAACCCT
SmilChr03G002256 Chr03 NC_080389.1:35503486-35503499promoter 内 3386-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 35498895-35502884(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGTACCTAATTAT
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65518349-65518362promoter 内 3362-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAATCTT
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36937056-36937069promoter 内 3229-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGGTTAGGTATTT
SmilChr02G000682 Chr02 NC_080388.1:10767400-10767413promoter 内 3184-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10765274-10766596(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTTTAT
SmilChr02G001914 Chr02 NC_080388.1:34446058-34446071promoter 内 3181-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34443481-34445251(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTCACCTAACCAC
SmilChr02G004003 Chr02 NC_080388.1:62368737-62368750promoter 内 3181-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62357810-62367930(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAGTTAGGTTACA
SmilChr01G004225 Chr01 NC_080387.1:60617718-60617731promoter 内 3171-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60618548-60619246(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAATTAGGTATGA
SmilChr02G002171 Chr02 NC_080388.1:38919316-38919329promoter 内 3144-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 38920173-38920694(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGTTAGGTAGTC
SmilChr01G004781 Chr01 NC_080387.1:66001144-66001157promoter 内 3124-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 66002021-66005290(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTAACCTT
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54578225-54578238promoter 内 2925-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGGCACCTAACCAT
SmilChr02G001253 Chr02 NC_080388.1:23029353-23029366promoter 内 2897-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23024564-23028262(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGTTAGGTAGTC
SmilChr03G001613 Chr03 NC_080389.1:20523893-20523906promoter 内 2877-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20525017-20526193(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACTACCTAACATT
SmilChr02G000696 Chr02 NC_080388.1:11093794-11093807promoter 内 2876-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11091561-11092682(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACTACCTAACATT
SmilChr01G004648 Chr01 NC_080387.1:64562746-64562759promoter 内 2859-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64561144-64561617(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTTCCA
SmilChr01G005035 Chr01 NC_080387.1:68297652-68297665promoter 内 2820-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68294367-68296484(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAATCTA
SmilChr02G000603 Chr02 NC_080388.1:8808031-8808044promoter 内 2765-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8805790-8806808(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACTACCTAACATT
SmilChr03G001761 Chr03 NC_080389.1:24027918-24027931promoter 内 2742-2755 bp - 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24029177-24030433(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTTACCTAATTAT
SmilChr01G002464 Chr01 NC_080387.1:42339990-42340003promoter 内 2738-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42337723-42338740(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACTACCTAACATT
SmilChr03G000157 Chr03 NC_080389.1:1721606-1721619promoter 内 2582-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1713154-1720200(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACCCACCTAACATC
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4254254-4254267promoter 内 2563-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4255692-4259229(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTAGTTAGGTAGTG
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8808031-8808044promoter 内 2506-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8809526-8811807(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGTTAGGTAGTC
SmilChr01G002496 Chr01 NC_080387.1:42762891-42762904promoter 内 2503-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42756988-42761406(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGGACCTAACAAC
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9219182-9219195promoter 内 2487-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9216415-9217681(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGGACCTAACAAC
SmilChr02G001037 Chr02 NC_080388.1:18467698-18467711promoter 内 2448-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18466052-18466158(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGTCTCC
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SmilChr02G004488 Chr02 NC_080388.1:67393488-67393501promoter 内 1933-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67389325-67391433(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGGTTAGGTATTT
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