转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 37 / 164 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001109 Chr08 NC_080394.1:8616526-8616540promoter 内 904-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 8597803-8613443(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTAGA
SmilChr01G005714 Chr01 NC_080387.1:73354209-73354223promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 73346682-73351095(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTGGGGTAGGTGAA
SmilChr07G004368 Chr07 NC_080393.1:56234219-56234233promoter 内 781-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56237439-56240528(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr05G003003 Chr05 NC_080391.1:37163420-37163434promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37166728-37172051(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCCTT
SmilChr04G001511 Chr04 NC_080390.1:24895679-24895693promoter 内 554-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24891208-24892246(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGGTTGG
SmilChr07G001760 Chr07 NC_080393.1:14910882-14910896promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14900270-14907400(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGGTTGG
SmilChr02G002309 Chr02 NC_080388.1:40714597-40714611promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40702226-40711114(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCAACCAACTC
SmilChr02G003982 Chr02 NC_080388.1:62065117-62065131promoter 内 359-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 62068759-62071888(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGAGGTAGGTGCC
SmilChr07G001040 Chr07 NC_080393.1:7624339-7624353promoter 内 233-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7618368-7620585(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCATC
SmilChr05G000121 Chr05 NC_080391.1:950771-950785promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 946289-946994(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGAGTAGGTGGA
SmilChr04G003113 Chr04 NC_080390.1:47675938-47675952promoter 内 200-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 47679739-47684114(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTTGGTGCA
SmilChr02G002260 Chr02 NC_080388.1:40036355-40036369promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40040158-40046431(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCAACCAACTC
SmilChr02G005049 Chr02 NC_080388.1:72218892-72218906promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72222697-72225713(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCATC
SmilChr03G000970 Chr03 NC_080389.1:11001119-11001133promoter 内 138-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10995564-10997270(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAAGTAGGTGGG
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 104-118 bp + 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 66831346-66832990(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCATACT
SmilChr01G003306 Chr01 NC_080387.1:51740965-51740979promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51744962-51753039(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTAAGTAGGTGGG
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12522452-12522466promoter 内 3324-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 12517283-12521789(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGTAGGTAGGTTGG
SmilChr03G002447 Chr03 NC_080389.1:38864524-38864538promoter 内 596-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 38858640-38861133(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAAGGTAGGTGGC
SmilChr01G002748 Chr01 NC_080387.1:45807676-45807690promoter 内 150-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 45802255-45803839(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCATTCT
SmilChr01G001300 Chr01 NC_080387.1:25904600-25904614promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 25904615-25910368(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCACCCT
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65627971-65627985promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 65626950-65627840(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAACCC
SmilChr07G003371 Chr07 NC_080393.1:36390894-36390908promoter 内 3591-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 36391304-36395612(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACGTGGTAGGTAGA
SmilChr02G001809 Chr02 NC_080388.1:32915385-32915399promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32912619-32914846(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCAACTACCAATCA
SmilChr02G003264 Chr02 NC_080388.1:53923208-53923222promoter 内 3219-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53920424-53922440(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGTTGGG
SmilChr07G001750 Chr07 NC_080393.1:14834154-14834168promoter 内 2958-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 14826030-14833125(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAAAAC
SmilChr06G002382 Chr06 NC_080392.1:34644418-34644432promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 34645663-34646493(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTACTTC
SmilChr01G000673 Chr01 NC_080387.1:14873508-14873522promoter 内 2751-2765 bp + 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 14871104-14872272(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTACTTC
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33742702-33742716promoter 内 1088-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33738165-33739803(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGATGGTAGGTATG
SmilChr07G003065 Chr07 NC_080393.1:32156253-32156267promoter 内 736-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32150444-32153002(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTCTGT
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50220133-50220147promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50212510-50216624(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCTCT
SmilChr08G000736 Chr08 NC_080394.1:5461583-5461597promoter 内 317-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5450491-5457913(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCAAATA
SmilChr06G001822 Chr06 NC_080392.1:21412184-21412198promoter 内 312-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 21405989-21408509(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATGAAGTAGGTGGG
SmilChr01G005930 Chr01 NC_080387.1:75082384-75082398promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75081009-75082346(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G002143 Chr07 NC_080393.1:19597824-19597838promoter 内 3897-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19597928-19599830(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTGGT
SmilChr03G003506 Chr03 NC_080389.1:53666079-53666093promoter 内 3852-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53666228-53668962(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCCAC
SmilChr03G003505 Chr03 NC_080389.1:53656532-53656546promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53656692-53659401(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCCAC
SmilChr02G000207 Chr02 NC_080388.1:2733312-2733326promoter 内 3767-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2733546-2736218(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAAAGTAGGTGGG
SmilChr07G003743 Chr07 NC_080393.1:45623079-45623093promoter 内 3761-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45623319-45633964(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCCCCGG
SmilChr03G000044 Chr03 NC_080389.1:491824-491838promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 487964-491580(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCAGTAC
SmilChr05G001828 Chr05 NC_080391.1:18312438-18312452promoter 内 3713-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18307738-18312164(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTAGGTAGGTGAT
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SmilChr02G002490 Chr02 NC_080388.1:43317257-43317271promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43317695-43323564(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCATCAT
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8192733-8192747promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8193205-8194763(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGGTAAA
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SmilChr03G004565 Chr03 NC_080389.1:63579097-63579111promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63579932-63587672(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTTGGTAGTTGAA
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