转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 38 / 138 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003251 Chr02 NC_080388.1:53809745-53809759promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53804462-53809122(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACAAAATT
SmilChr07G001493 Chr07 NC_080393.1:11833169-11833183promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11829642-11832520(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACATATTG
SmilChr06G001347 Chr06 NC_080392.1:14033160-14033174promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14029161-14032477(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr01G001294 Chr01 NC_080387.1:25766161-25766175promoter 内 3292-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25766870-25771005(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATTACCGTTT
SmilChr01G001414 Chr01 NC_080387.1:27731317-27731331promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27727711-27730601(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACTTTTAC
SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55175572-55175586promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55172598-55174848(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr02G004655 Chr02 NC_080388.1:68969061-68969075promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68969815-68971557(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr05G002008 Chr05 NC_080391.1:20761518-20761532promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20760633-20760735(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCATAAT
SmilChr03G002338 Chr03 NC_080389.1:36856703-36856717promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36855823-36855895(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr05G003877 Chr05 NC_080391.1:52347161-52347175promoter 内 3090-3104 bp - 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52348072-52349376(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCCTATAAT
SmilChr05G003845 Chr05 NC_080391.1:51895640-51895654promoter 内 3088-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51896553-51897752(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCCTATAAT
SmilChr02G001969 Chr02 NC_080388.1:35629447-35629461promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35626482-35628523(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr08G002883 Chr08 NC_080394.1:28714954-28714968promoter 内 2955-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28716000-28716542(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr05G002177 Chr05 NC_080391.1:23216087-23216101promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23206755-23214957(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr03G003689 Chr03 NC_080389.1:55793028-55793042promoter 内 2790-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55794239-55796165(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCGATTCA
SmilChr04G002579 Chr04 NC_080390.1:41156097-41156111promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41157445-41162504(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr02G003651 Chr02 NC_080388.1:57908490-57908504promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57887944-57907095(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAAACAGACCGTTG
SmilChr06G001635 Chr06 NC_080392.1:18323854-18323868promoter 内 2549-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18325306-18330759(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr08G002212 Chr08 NC_080394.1:20091898-20091912promoter 内 2546-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20086975-20090457(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAATCACAACCGTTG
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975063-16975077promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16976740-16977351(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGTTGA
SmilChr05G002902 Chr05 NC_080391.1:34870139-34870153promoter 内 2207-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34871933-34875574(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTTATTAACCGTTG
SmilChr07G000164 Chr07 NC_080393.1:999260-999274promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1001223-1003961(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAATCCC
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24196665-24196679promoter 内 1959-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCATCCT
SmilChr06G001598 Chr06 NC_080392.1:17728619-17728633promoter 内 1889-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17725904-17726521(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAATCTCG
SmilChr05G001570 Chr05 NC_080391.1:14352890-14352904promoter 内 1847-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14347853-14350750(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr01G003788 Chr01 NC_080387.1:56268782-56268796promoter 内 1840-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56263367-56266635(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTTATTAACCGTTG
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73016063-73016077promoter 内 1800-1814 bp + 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 73018264-73019041(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTTATTAACCGTTG
SmilChr08G003740 Chr08 NC_080394.1:42344748-42344762promoter 内 1736-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 42347013-42349132(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGGATGCAACCGTTG
SmilChr01G001211 Chr01 NC_080387.1:24341036-24341050promoter 内 1722-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24343315-24345554(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr03G003464 Chr03 NC_080389.1:53051496-53051510promoter 内 1661-1675 bp + 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53053836-53056129(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTGTGGACCGTTG
SmilChr06G000025 Chr06 NC_080392.1:268845-268859promoter 内 1550-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 271296-275883(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCAAATAGACCGTTG
SmilChr01G000299 Chr01 NC_080387.1:5888859-5888873promoter 内 1374-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5891486-5897014(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTATTTGC
SmilChr07G004199 Chr07 NC_080393.1:54044186-54044200promoter 内 1350-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54032445-54041549(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAACCGGACCGTTG
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46338297-46338311promoter 内 1067-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46341231-46342816(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
SmilChr02G004723 Chr02 NC_080388.1:69484482-69484496promoter 内 1047-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69476382-69481542(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAATAACA
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